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昨天，笔者给大家推送了一篇稿件——天秀！华人学者同一天发表6篇nature！，其中第四篇文章讲述的是FLL2蛋白在体内能够促进FCA发生相分离，进而诱导特定RNA的3’末端进行加工。这篇文章不仅揭示了RNA的3’末端加工的新机制，而且为相分离在体内发挥重要功能提供有力证据，加深人们对相分离发挥功能机制的理解。 相分离这个概念近两年来一直活跃在各大主刊中，它的重要性毋庸置疑。 笔者曾经预测和探讨过它的火爆——今年上半年发了三十几篇CNS，这个热点你真的得关注了！，也曾经对相分离的概念进行剖析——一个月发了8篇主刊，这个概念要火了，感兴趣的科研同行们可以看看。 今天我们不讲文章的具体内容，只讲讲串联整个文章中生物信息学预测网站的使用。在这篇文章中，idea主要来源是作者通过预测，发现FCA和FLL2具有高度无序区和朊病毒样结构域（PrLDs），而含有这两个区域的蛋白极易发生相变，因此作者后续就通过实验验证FCA和FLL2的相变过程。除了提供了文章的idea，作者在文章中总共展现了6个预测图，分别如下： 在文章中，作者明确指出：这些高度无序区和朊病毒样结构域（PrLDs）是分别通过D2P2和PLAAC网站预测出来的。 下面我给大家展示一些这两个网站的用法，以最后一个图FY蛋白为例。首先是无序区预测网站D2P2，网址为http:///search。 进入网站首页，可以看到该网站相当简洁，在Format栏中有多种不同的选项，这里我们选择FASTA格式，随后在搜索栏中输入FY蛋白的序列。 点击Find Proteins，会出现如下图所示的预测图，在Predicted Disorder Agreement中就是FY蛋白的无序区展示，其中青色区域表示无序区。在图中标号3的区域表示该蛋白的WD结构域重复序列，总共有6个，选中该区域可以查看该区域的氨基酸起始位置，同时该预测图可以保存在SVG或者PNG格式。 除此之外，这些无序区的具体序列是可以查询的，将页面下拉，可以看到有三个选项，第一个为Sequence，即是查询的蛋白序列；第二个为Disorder Regions，在这里可以看到无序区的具体氨基酸的起始位置。 第三个为SCOP Domains，显示的是目的蛋白的结构域信息。 接下来是朊病毒样结构域（PrLDs）预测网站FLAAC，网址为http://plaac.wi./.进入后，在搜索栏输入FY的蛋白序列，注意需要FASTA格式。
点击Run Analysis，获得PrLDs预测结果，在下方蛋白序列中，标红的氨基酸区域即为PrLDs区域。
最后，结合D2P2和PLAAC两个网站的预测结果就可以获得文章中所展示的图。这两个网站是不是很好用，赶快试试吧，趁着相变研究如火如荼，我们也找一两个高端的课题研究研究吧。 |
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