随着现代生物学的发展,以组织或细胞群为研究对象,分析多种细胞的平均基因表达水平已经不能满足科研需求。 单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing, scRNA-seq)是指在单个细胞水平对其mRNA进行高通量测序的一项新技术,原理是将分离的单个细胞中微量的mRNA通过扩增后再进行高通量测序。 单细胞转录组测序能够有效解决组织样本细胞异质性以及被常规RNA-seq掩盖的细胞群内的转录组异质性难题,有助于发现新的稀有细胞类型,并深入了解细胞生长过程中的表达调控机制。 值此派森诺成立8周年之际,联合10x Genomics推出单细胞转录组整体解决方案。 基于10x Genomics ChromiumTM系统,利用油包水的微反应体系,通过序列标签(cell barcode和UMI)区别群体中的不同细胞和转录本,获得单细胞水平的基因表达谱,可实现数千甚至上万个单细胞群体分析,解决常规scRNA-seq方法在通量或扩展性方面存在的不足,为单细胞研究开拓新的思路。 派森诺优势 01 实验周期短 专业的技术人员,6分钟内快速完成上万个细胞封装,一天内完成80000个细胞的细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增以及建库整个过程。 02 捕获效率高 精准的实验操作可使单个细胞捕获效率高达65%,真实再现每个细胞的RNA表达情况。 03 专业分析快 派森诺资深专业单细胞生信分析团队,从数据下机只需短短几天,即可完成全部分析内容,分析内容业内领先,售后服务贴心。 04 项目经验多 多次成功完成动物细胞、植物细胞的单细胞测序;强势推动肿瘤细胞异质性、免疫细胞群体检测以及胚胎发育等研究。 技术原理 10x Genomics仪器小巧,但功能强大,具有通量高、灵活性强、流程简单、技术性能高、单个细胞制备成本低等优势,其技术核心是油滴包裹的凝胶珠(GEM),该系统有75万种barcoded beads,每个bead上有40-80万探针。 利用8通道的微流体“双十字”交叉系统,将含barcode的凝胶珠(Gel Beads)、细胞和酶的混合物、油三者混合,形成GEMs。 GEMs形成后,细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量barcode序列,随后mRNA逆转录产生带有Barcode和UMI信息的cDNA,再构建标准测序文库。 建库流程 油滴破碎,cDNA为模板进行PCR扩增,然后进行cDNA打断、加测序接头P5及测序引物R1等传统二代测序的建库过程单细胞转录组测序。 10x Genomics单细胞转录组测序分析内容展示 01 分析流程 02 聚类分析 03 差异分析和富集结果 10x Genomics单细胞转录组测序样品要求 派森诺提供携带10x Genomics一起上门建库服务,由于10x Genomics对样本要求较高,各位师生可以提前样品检测: 样品总量:细胞悬浮液,一个样本细胞起始量约 5x105个; 样品浓度:7x105—1.2x106/ml; 细胞活性:活细胞数在 80% 以上; 细胞大小:小于 40 μm; 细胞培养基及缓冲液不能含有 Ca2+ 和 Mg2+ 等影响酶活性的物质; 组织一般需要新鲜标本,不可冷冻,植物细胞需制成原生质体。 小贴士 1.样品来源可以是动物、植物等,组织和细胞都需要优化方案确保细胞解离成单细胞; 2.建议的洗涤方案是用含有0.04% BSA的1X PBS来沉淀和重悬细胞两次; 3.建议使用宽枪头重悬。 派森诺成立8周年,初心不变,始终以严谨的科学态度,专业的测序技术,贴心的产品服务,和广大师生共同探索科研之路。 派森诺生物
|
|