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派森诺成立八周年|联合10x Genomics推出单细胞转录组整体解决方案

 生物_医药_科研 2019-07-10

随着现代生物学的发展,以组织或细胞群为研究对象,分析多种细胞的平均基因表达水平已经不能满足科研需求。

单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing, scRNA-seq)是指在单个细胞水平对其mRNA进行高通量测序的一项新技术,原理是将分离的单个细胞中微量的mRNA通过扩增后再进行高通量测序。

单细胞转录组测序能够有效解决组织样本细胞异质性以及被常规RNA-seq掩盖的细胞群内的转录组异质性难题,有助于发现新的稀有细胞类型,并深入了解细胞生长过程中的表达调控机制。

值此派森诺成立8周年之际,联合10x Genomics推出单细胞转录组整体解决方案。

10x Genomics ChromiumTM系统,利用油包水的微反应体系,通过序列标签(cell barcode和UMI)区别群体中的不同细胞和转录本,获得单细胞水平的基因表达谱,可实现数千甚至上万个单细胞群体分析,解决常规scRNA-seq方法在通量或扩展性方面存在的不足,为单细胞研究开拓新的思路。

派森诺优势

01

实验周期短

专业的技术人员,6分钟内快速完成上万个细胞封装,一天内完成80000个细胞的细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增以及建库整个过程。

02

捕获效率高

精准的实验操作可使单个细胞捕获效率高达65%,真实再现每个细胞的RNA表达情况。

03

专业分析快

派森诺资深专业单细胞生信分析团队,从数据下机只需短短几天,即可完成全部分析内容,分析内容业内领先,售后服务贴心。

04

项目经验多

多次成功完成动物细胞、植物细胞的单细胞测序;强势推动肿瘤细胞异质性、免疫细胞群体检测以及胚胎发育等研究

技术原理

10x Genomics仪器小巧,但功能强大,具有通量高、灵活性强、流程简单、技术性能高、单个细胞制备成本低等优势,其技术核心是油滴包裹的凝胶珠(GEM),该系统有75万种barcoded beads,每个bead上有40-80万探针。

利用8通道的微流体“双十字”交叉系统,将含barcode的凝胶珠(Gel Beads)、细胞和酶的混合物、油三者混合,形成GEMs。

GEMs形成后,细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量barcode序列,随后mRNA逆转录产生带有Barcode和UMI信息的cDNA,再构建标准测序文库。

建库流程

油滴破碎,cDNA为模板进行PCR扩增,然后进行cDNA打断、加测序接头P5及测序引物R1等传统二代测序的建库过程单细胞转录组测序。

10x Genomics单细胞转录组测序分析内容展示

01

分析流程

02

聚类分析

03

差异分析和富集结果

10x Genomics单细胞转录组测序样品要求

派森诺提供携带10x Genomics一起上门建库服务,由于10x Genomics对样本要求较高,各位师生可以提前样品检测:

 样品总量:细胞悬浮液,一个样本细胞起始量约 5x105个;

 样品浓度:7x105—1.2x106/ml;

 细胞活性:活细胞数在 80% 以上;

 细胞大小:小于 40 μm;

 细胞培养基及缓冲液不能含有 Ca2+Mg2+ 等影响酶活性的物质;

 组织一般需要新鲜标本,不可冷冻,植物细胞需制成原生质体。 

小贴士

1.样品来源可以是动物、植物等,组织和细胞都需要优化方案确保细胞解离成单细胞;

2.建议的洗涤方案是用含有0.04% BSA的1X PBS来沉淀和重悬细胞两次;

3.建议使用宽枪头重悬。 ‍

派森诺成立8周年,初心不变,始终以严谨的科学态度,专业的测序技术,贴心的产品服务,和广大师生共同探索科研之路。

派森诺生物

上海派森诺生物科技股份有限公司成立于2011年4月,是一家致力于为健康医学、生命科学等领域提供基因测序技术服务的高新技术企业。公司2013年通过高新技术企业认证,公司下设独立医学检验所,并于2016年获卫计委颁发的《医疗机构执业许可证》,2016年公司挂牌新三板(证券简称派森诺;代码837170),2017年入驻国家健康医疗大数据(南京)中心。

公司在上海、南京、香港等地设有6家子公司,建有完备的健康医学和生命科学研究服务体系,拥有Illumina、Life、PacBio等先进的基因测序平台,是国内少数同时运营Sanger测序、NGS和SMRT测序平台的企业。公司在肠道微生物测序、基因组测序、转录组测序领域处于行业领先水平,具有自主研发技术和成果,已取得授权及受理发明专利、软件著作权100余项,合作项目论文多次发表在Nature、Lancet等生物科学、医学权威期刊(子刊)。2017年7月与全国妇联签订合作协议,成为上海、湖北、河南、江西、安徽五省市女性高发肿瘤筛查执行单位。

派森诺始终秉承“解析序列 诠释生命”的企业使命,公司业务覆盖全国,远涉澳洲、欧洲和美洲,在国内28个省市成立办事处,与全国各地700多所高校、300多家医院及600多家科研机构建立紧密合作关系。

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