PNAS | 新一代荧光原位杂交FISH技术，高效区分单核苷酸变异的mRNA!

荧光原位杂交（FISH）技术是原位检测基因表达的重要手段，近些年出现的HCR（hybridization chain reaction）技术也大大提高了传统荧光原位杂交技术的灵敏度，但由于探针上加了HCR引发接头，增加了探针非特异性结合的几率，此外，目前也没有很好区分序列中只存在单位点变异（SNV）的mRNA的方法。

近日， 美国科学院院刊Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America在线发表了美国罗格斯大学研究者的题为“High-fidelity amplified FISH for the detection and allelic discrimination of single mRNA molecules”的论文，该研究开发了一种高保真扩增荧光原位杂交技术—amp-FISH。

该方法使用一对人工设计的发卡探针，只有当与靶序列完全匹配后才会促使这对发卡探针间发生构象变化，释放出被隐藏的HCR引发序列，使得非特异的信号扩增显著降低（图1）。

图1  amp-FISH 原理

同时，研究者利用该项技术开发出了可以用不同颜色的荧光信号区分序列中只存在单核苷酸变异（SNV）的mRNA的方法，即采用两对发卡探针，其中两条发卡探针的识别序列包括SNV位点，从而释放不同的HCR引发序列，最终使得两种mRNA被标记上不同颜色的荧光信号（图2）。该方法对研究等位mRNA的不均衡表达，以及对癌细胞中有体细胞突变的mRNA进行检测都具有重要应用前景。

图2 利用4个发卡探针对存在SNV的mRNA标记上不同颜色的荧光信号

原文链接：

https://www./content/116/28/13921

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