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充分利用环状RNA相关的在线数据库，可以很好地帮助到平时的实验研究工作。下面我们介绍环状RNA相关的几个重要数据库。
这里以“HIPK3”基因为例，打开circBase网站（http:///），在搜索框中输入兴趣基因“HIPK3”名称，点击“search”按钮。  2、搜索结果选择 “HIPK3”基因对应的环状RNA有多个，其中hsa_circ_0000284在多种细胞和组织中皆有表达，表达水平很高，可以列为重点研究的候选分子。 3、获取环状RNA序列  >hsa_circ_0000284|NM_005734|HIPK3  该数据库整合了以下信息：circRNA分子序列；circRNA与miRNA及靶基因的调控网络；circRNA分子的表达谱；circRNA分子的基因组注释。  还是以“HIPK3”为例，检索结果不仅显示了与HIPK3环状RNA相关的miRNA分子，也有环状RNA表达谱数据和基因组定位等信息。 CircInteractome数据库  √ Searches circRNAs name √ Searches the genomic position and best-matching transcripts of the circRNA √ Retrieves genomic and mature circRNA sequences √ Searches RBPs binding to a circRNA and to sequences upstream/downstream of the circRNA √ Identifies RBPs binding to the circRNA junctions √ Identifies miRNAs targeting a circRNA √ Designs divergent primers for circRNAs √ Designs siRNAs Specific to circRNA 1、circRNA分子检索 点击“circular RNA”输入“hsa_circ_0000284”点击“cricular RNA search”  2、获取circRNA详细信息：通过第一步输入circRNA ID号后即可进入该环状RNA分子的详细界面，如下图。  3、circRNA的PCR引物设计：该网站还可以进行环状RNA的特异性引物设计，操作如下  输入circRNA分子ID号，点击divergent primers search，即可获得查询circRNA分子的junction sequence，下面还附带了2个PCR引物设计工具primer3和NCBI primer design，研究者可自行选择。   3、circRNA的PCR引物设计：该网站还可以进行环状RNA的特异性引物设计，操作如下  输入circRNA分子ID号，点击divergent primers search，即可获得查询circRNA分子的junction sequence，下面还附带了2个PCR引物设计工具primer3和NCBI primer design，研究者可自行选择。 点击primer3后得到网站自动设计好的引物，具体结果见下图。 4、circRNA的siRNA干扰序列设计：该数据库还提供了针对circRNA的siRNA序列设计，非常实用。下图是针对“hsa_circ_0000284”软件设计后给出的siRNA序列 deepbase数据库 中山大学推出的deepbase数据库主要强调ceRNA分子网络互作，其中也整合了circRNA相关信息。网址：http://deepbase./ 有效且灵活地整合在线circRNA相关数据库知识，可以很好地为实验提供思路和指导。 |
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