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Sjod Primers设计需要将环化位点放在一条引物的3’端，以使环化位点包含在引物上，而不是包含在PCR产物中，PCR时这条引物只有匹配目的circRNA才能正常扩增，而有错配时基本不能扩增，以此大大提高特异性。先来看一个成功过表达的，使用Sjod Primers扩增条带单一且大小正确，使用普通Divergent Primers扩增条带同样单一且大小正确，PCR产物后经s... 阅1914 转3 评0 公众公开 19-08-04 16:13 |
接着对侧翼序列具体分析，一段一段地删除序列再检测基因过表达情况，以得到真正决定成环的侧翼序列区，最终保留5’端侧翼序列87bp，3’端侧翼序列59bp，并将ZKSCAN1的exon2/3替换成一段多克隆酶切位点，构建了一个空载体pcDNA3.1(+) CircRNA Mini Vector。很明显几乎所有circRNA成环都和本身的侧翼序列直接相关，那我们把基因和其本身的侧翼序... 阅1013 转8 评0 公众公开 19-08-04 16:12 |
circRNA引物设计。对于一些刚接触circRNA的小伙伴，设计circRNA引物无从下手，现在给各位小伙伴分享一下circRNA引物设计的过程。2、circRNABase，整合已发表的circRNA数据，构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白（RBP)的互作网络。circRNA引物设计的方法按照常规PCR引物设计的原理，跨环化位点设计，上下游引物分别在环化位点的左右两边... 阅1158 转4 评0 公众公开 19-08-04 16:06 |
常用circRNA分析工具性能比较分析。通过比较特定工具的结果与所有工具均可检测出的结果中的占比情况，计算两个工具共同检测到的circRNA记录在特定方法获得的circRNA记录中的占比，比例越高则认为该方法的精确性越好，此外，如果一个工具所得到的记录出现在其它方法中的比例越高，则说明该工具的灵敏性越好（假阳性率相对较低）。从17个独立研究... 阅54 转0 评0 公众公开 19-08-04 16:04 |
3、circRNA的PCR引物设计：该网站还可以进行环状RNA的特异性引物设计，操作如下 输入circRNA分子ID号，点击divergent primers search，即可获得查询circRNA分子的junction sequence，下面还附带了2个PCR引物设计工具primer3和NCBI primer design，研究者可自行选择。4、circRNA的siRNA干扰序列设计：该数据库还提供了针对circRNA的siRN... 阅884 转5 评0 公众公开 19-08-04 16:01 |
第二种将total RNA去除rRNA后进行RNase R消化（RNase R+），以使circRNA相对富集，再进行建库测序，这种策略结果中circRNA的junction reads相对于RNase R-样本有5-10倍的富集，一般能发现几千到上万个circRNAs，差异表达的有几百到几千个。Total RNA经RNase R消化后可于70℃ 10 min使酶灭活后直接进行逆转录反应，确保在RNase R-和RNase R+组中... 阅226 转1 评0 公众公开 19-08-04 15:55 |
