病毒与肿瘤分析思路

小编今天为大家解读的是一篇与EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤有关的文章。弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)是一种具有明显异质性、形态特征、分子亚型、免疫表型、临床表现及预后的侵袭性非霍奇金淋巴瘤。EBV+ DLBCL则是一种罕见的新亚型，主要发生在50岁以上的人群中，其临床侵袭性高，药物反应和预后情况都比较差。

本文主要通过二代测序识别在EBV+ DLBCL和EBV-negative DLBCL样本中存在的遗传变异，然后利用荧光原位杂交（FISH）进行细胞遗传学研究，运用免疫组织化学（IHC）检测了一些重要基因，并将其表达与DLBCL患者的临床病理学特征进行关联，为理解EBV+DLBCL的发病机制和挖掘潜在的预后以及治疗因子提供帮助。

数据 236例DLBCL患者数据来自中南大学湘雅医院，对所有样本都使用了原位杂交法检测EBV编码的mRNA(EBER)，有22个患者样本的80%以上肿瘤细胞中检出了EBV感染；然后只选择近两年福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的样本进行下一代测序(NGS)，其中包含10个筛选过的EBER-positive样本(有50%以上肿瘤细胞和<10%坏死组织的完整标本)和随机选择的30个EBV-negative样本；样本的临床信息也得到了采集。

结果  

BV+DLBCL的突变分析  本文对9个EBV+ DLBCL和6个EBV-negative DLBCL样本进行了靶向测序，平均深度>1000。在EBV+ DLBCL样本中，共检测到48个突变和22个不同的基因突变，包括MYC、RHOA、PIM1、MEF2B、MYD88和CD79B等，EBV-negative DLBCL样本中的突变基因有KMT2D、CREBBP、PIM1、TNFAIP3和BCL2等，MYC和 KMT2D是两类样本中差异最显著的突变基因。

在根据样本的年龄差异、ABC/GCB、分期以及解剖部位进行的基因分析结果中，作者发现RHOA和MYC主要在有淋巴结浸润的EBV+DLBCL患者中发生突变(图1.A)；EBV+ DLBCL样本中的基因突变可分为五种类型(图1.C)，大部分为错意突变；在突变基因的富集结果中，凋亡/细胞周期信号转导途径、NF-κB信号通路和B细胞受体信号通路的突变率较高(图1.D)。此外，对突变基因的Kaplan-Meier生存分析表明，淋巴瘤中含有RHOA突变的患者表现出良好的PFS和OS。

图1

MYC, BCL6和BCL 2的荧光原位杂交   在进行FISH分析后，20例EBV+ DLBCL患者中有一例检测到C-MYC阳性断裂，有2例C-MYC重组，未发现BCL2的分离重组。26例EBV-negative患者中，检测到5例C-MYC的阳性断裂信号和2例基因扩增；有7例发生了影响BCL6位点的染色体断裂事件，以及3例拷贝数增加；此外，只在2例患者中检测到BCL2分离事件。只有1例样本同时检测到C-MYC和BCL6重组。

KMT2D和MYC的表达   作者对22例EBV+DLBCL和30例EBV-negative DLBCL患者进行了KMT2D和MYC免疫组化检测，KMT2D在细胞核和细胞质中均有表达，MYC则主要在细胞核中表达。在两类样本中，MYC的高表达是显著差异的，而KMT2D无明显差异。接下来，本文又研究了两个基因的表达同患者临床病理特征之间的关系，在EBV+DLBCL患者中，KMT2D的表达与Ann Arbor分期和IPI评分有关(p<0.05)；MYC的表达与IPI评分有关。在EBV-negative DLBCL组，KMT2D高表达的患者具有较高的IPI评分，而MYC过表达也与晚期的Ann Arbor分期有关。

Kaplan-Meier生存分析结果表明，EBV+ DLBCL患者的总生存期(OS)中值为23个月，相较于其他因素，年龄和IPI得分对OS有显著的预测作用，而KMT2D和MYC的高表达都预示着较差的预后；在EBV-negative DLBCL组，OS中值为29个月，只有IPI得分和KMT2D表达与OS显著相关。

总的来说，本文识别出了EBV+ DLBCL和EBV-negative DLBCL间存在的差异分子特征：EBV+ DLBCL样本中的凋亡和NF-κB信号通路以及MYC和RHOA基因的突变率较高；FISH结果显示，在EBV+ DLBCL样本中，C-MYC, BCL6和BCL2的重组率较低；在EBV阳性和阴性中，KMT2D的高表达都与生存低下有关；此外，MYC在EBV+DLBCL群体中高表达，且影响预后。

最后，一句话送给大家：The distance between insanity and genius is measured only by success.