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两种能快速设计shRNA的方法

 王的宫殿7hgg9t 2019-09-22


1. Sigma网站

Sigma公司做了一个针对人和小鼠的shRNA库,而且部分基因的shRNA序列经过验证,因此直接使用Sigma公司已验证过的RNAi序列最为方便。

首先打开网址:http://www./life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html出现以下界面:

image.png

以NLRP3基因为例,直接输入基因名,点击search,出现以下界面:

image.png

在Products中找到并点击shRNA选项,出现以下界面:

点击“MISSION shRNA Lentiviral Transduction Particles”这一行的“价格”,这时会弹出界面展示针对目的基因的shRNA,界面如下:

注:建议选择CDS区的shRNA,3UTR基本不选,而且选择的每一条shRNA尽量在NCBI上做下BLAST,确保靶点的特异性。

2. Life Technologies网站

Life Technologies公司有个非常实用的在线shRNA设计软件,操作非常方便,而且设计出来的shRNA不需要再到NCBI上Blast,直接可以使用。

首先打开网址:https://rnaidesigner./rnaiexpress/sort.do,在Target Design Options处选中shRNA,以NLRP3基因为例,输入Accession number或Nucleotide sequence,其他条件不变:

下拉点击“RNAi Design”,出现如下页面:

选取原则:1.避免选取GGG和CCC等高GC序列 ;2.ShRNA目的序列的第一个碱基必须是G以确保RNA聚合酶转录。如果选择的目的序列不以G开头,必须在紧连正义链的上游加一个G。

根据Rank评星,从中选取合适靶点序列(一般选择4条,不同位置各一条),点击Design shRNA Oligos:

然后在“Default Loop Sequence”选择合适的序列,在“Custom Loop Sequence”处输入合适的loop环序列,点击Design,即得shRNA序列。

shRNA序列设计特征如下:

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