 常记溪亭日暮，沉醉不知归路。 公众号：小小医生之有趣的医学
前言 无言！ shRNA载体构建如何设计引物？相关文章太少。 shRNA载体构建的引物设计，要看你用什么载体、酶切位点是什么。 shRNA载体构建的引物的共同序列，就是不管你用什么载体、酶切位点，这个引物序列都是相同的。那么，这个序列怎么设计？
地区（区域），选择CDS。 已验证：表示其他研究人员已经研究过这个引物靶序列的效果，我擦，敲低99%，牛犇。 假如我们选择V58（威武吧）载体，酶切选择BsmBⅠ。 假设BsmBⅠ在V58载体的酶切位点是下图。
那么： 引物1：开头就是ACCG，发夹结构就是CTCGAG，末尾就是反向互补系列的前三个碱基。 引物2，开头就是AAAA，发夹结构就是CTCGAG，末尾就是反向互补系列的前三个碱基。 假如我们从sigma网站查到，引物的共同靶序列之一为： CCAGCTCACTTGTTCTGGAAA；那么反向互补系列就是： TTTCCAGAACAAGTGAGCTGG。 那么，引物1就是：ACCG+CCAGCTCACTTGTTCTGGAAA+CTCGAG+TTT。 那么，引物2就是：AAAA+CCAGCTCACTTGTTCTGGAAA+CTCGAG+TTT。 引物3：CCAGAACAAGTGAGCTGG。 SnapGene软件上，最终序列1就是：引物1+3；最终序列2就是引物2+3。 下面是一些杂七杂八的方法。 01 载体骨架 网站：https://www./protocols/plko/ 看看，四不四很高级。
02 设计欧李狗 Designing shRNA Oligos。 网站：https://rnaidesigner./rnaiexpress/
基因ID，去NCBI网站查找。 03 NCBI：https://www.ncbi.nlm./
下拉网页。
选择human。 进入网站，下来找到这个。
复制ID。
下拉网页。
04 结果
什么球都没有。 视频： https://www.bilibili.com/video/BV1o34y1S7Sn/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=c5d7403d1b2832c643e831d68ff1474c 05 换一个网站： https://portals./gpp/public/gene/search
然后就看到shRNA的引物。
06 siRNA在线设计 http://rnaidesigner./rnaiexpress/setOption.do?designOption=shrna&pid=8674335382255298285 07 ccdB基因的表达产物能抑制普通E.coli 生长，假如在克隆时没有切开或者自身环化的载体在转化后不能生长。 08 09 杨柳岸，晓风残月。
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