写在前面的废话说话要算数，挨打要立正…… 虽然因为国庆拖了很久，但既然之前说了要写一个bioconductor系列，那肯定不能食言。  当然了，现在天气这么冷，而且还是周末，我猜你们肯定不愿意动手撸代码。没关系，咱今天不看代码，不写脚本，写点看起来比较轻松的蹲坑读物  太长不看系列今天没有太长不看系列…… 既然是蹲坑读物，那必须要长，要有意思，能让你蹲的腿脚发麻才算是成功 废话超多系列你既然选择来看这个bioconductor系列，那我就默认你对R有了一定的了解。如果你说你还没接触过R，那对不起，出门左转买本《R语言实战》，把前四章简单看看，再回来继续阅读咱这蹲坑专用读物。 bioconductor是开源的这些老生常谈的话，咱不多说，我猜你们也不喜欢听。咱先思考一下，为什么这个东西叫作bioconductor？看看它的名字，conductor，你可以叫它指挥官，也可以把它译为指挥家。但是大致的意思，我猜你是能理解的。 处理生物数据的R包就是不同的音乐家，而bioconductor就是那个指挥，可以将这些工具完美的协调。你也可以把bioconductor看作是一个仓库，里面汇聚着各种生物数据处理的R包。 Bioconductor的一些包只有很少的用户，而其他一些包被认为是针对特定领域的黄金标准分析工具。因为是开源的，因此任何人都可以写，这就导致了一些R包的质量很高，而另一些包的质量就相对较到底。
那么，我们为什么要选择biocondutor呢？它有俩优点，一个是效率高，另一个则是灵活性好。就像乐高积木一样，你可以对这些R包组合使用，完成你的科研任务！！！（来自一枚生物狗的呐喊……） 官方网站知多少？也许你第一次接触bioconductor，也许你每天都在使用bioconductor，但我猜你肯定没有认真的看过它的官网，如下图。  image.png我们首先看一下左下角的 software随便找一类试下，比如 我们可以看到左侧是一些名字列表，这些叫作  image.png我看到了我最喜欢用的差异表达工具DESeq2，那么我们就以DESeq2为例，继续介绍bioconductor的其他信息。点击 首先映入眼帘的是DESeq2的标准信息，比如R包版本，功能描述以及作者之类的信息。  image.png你往下划拉划拉，你会看到下图所示的部分。这一部分是R包的vignette，也就是这个R包的说明文档，它主要告诉你这个R包具体如何使用，可以说是我们学习一个软件包的第一手资料了。  image.png
再仔细看看，里面有个 work flow讲的有点深了，不适合蹲坑读了……咱再看看这个官网主页其他有意思的地方，比如这个workflow，如下图： 点击进入之后，是这个鬼样子： 
然后自己找找vignette部分，看看具体信息，你会发现一片新大陆。原来你苦苦寻找的教程，竟然在这里也能发现，而且还是官方的！！！！  image.png写在最后的话bioconductor官网上有意思的部分，还有很多。但这是一个蹲坑读物啊，为了防止你脚麻了心里骂我，我就不继续写了。 所谓授人以鱼不如授人以渔，说的不就是我吗？此处臭不要脸一下……希望这篇文章可以帮助你更好的认识bioconductor，更好的找到适合自己的分析工具 未完，待续…… |
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