【原】IMvigor210CoreBiologies包安装指北

健明 2021-12-21

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希望所有的学徒，实习生，学员都能在生信技能树的舞台上绽放自己的光彩！

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2018年的Nature上公开了一份尿路上皮癌(BLCA)的免疫治疗队列数据，而这份数据就储存在IMvigor210CoreBiologies包中。

由于免疫治疗队列数据过于稀缺，很多文章便使用了该队列数据进行验证。但是在安装该包的过程中，笔者遇到了一点小问题，今天根据笔者自己在安装过程中遇到的问题，写下这一份安装小教程。

官网教程

官网链接：http://research-pub./IMvigor210CoreBiologies/

第一步

source("http:///biocLite.R")
##错误:With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages usingBiocManager;
#seehttps:///install

第二步

biocLite(c("biomaRt",  "circlize",  "ComplexHeatmap",  "corrplot",  "DESeq2","dplyr",  "DT",  "edgeR",  "ggplot2",  "limma",  "lsmeans","reshape2",  "spatstat",  "survival",  "plyr"))

第三步

install.packages("IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz",repos=NULL)

tips：

第一步就遇到了问题，笔者尝试了了安装Bioconductor包继续下一步操作，但是无奈由于各种报错，不得不放弃。所以我选择了下载IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz文件进行本地安装。(http://research-pub./IMvigor210CoreBiologies/packageVersions/)
在本地安装过程中，笔者又出现了依赖包问题。根据官网的介绍我们需要的DESeq2作为依赖包。但是!!!实际安装过程中，真正需要的是DESeq包。以下为报错信息：
install.packages("IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz",repos=NULL) ##错误，缺少“DESeq”依赖包(由于笔者已经安装成功，无法正确显示包错信息，请大家谅解)
当时，笔者秉着缺啥补啥的心理，那我们就安装一下DESeq包嘛。但是，他又报错了。。。。
install.packages('DESeq') #Warning ininstall.packages : # package 'DESeq’is not available for this version of R # A version of thispackage for your version of R might be available elsewhere, # see the ideas at # https://cran./doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
后来经过笔者的不断尝试最终安装成功，下面为大家带来小教程。。。。。

教程

进入Bioconductor官网下载DESeq安装包

官网地址：http:///

搜索DESeq

可以看到有很多种版本的DESeq包版本，根据笔者的经验，下载__1.38.0版本即可。教程到这，如果可以成功安装DESeq就可以结束，但是，笔者又出下了以下报错。我要哭了。。。

install.packages("DESeq_1.38.0.tar.gz",repos=NULL)
#  Warning insystem(cmd) : 'make' not found
#  ERROR:compilation failed for package 'DESeq'
#   removing'C:/Users/myname/Documents/R/win-library/3.5/ConvCalendar'
#  In R CMD INSTALL
#  Warning ininstall.packages :
#   installation ofpackage 'DESeq’ had non-zero exit status

刚开始笔者不断在网站上搜索compilationfailed for package 'DESeq'的报错原因，但是一直未能得到解决。准备放弃，打开王者荣耀时，我瞟了一眼'make'not found，因为只是警告信息，笔者一直未注意到它，抱着死马当活马医的心态又开始了网页搜索，最终得出结论，是Rtools没有安装。

Rtools的检测与安装

1)Rtools检测
library(devtools)
# Loading requiredpackage: usethis
devtools::find_rtools()
[1] FALSE ##返回值为FALSE则表示，Rtools未安装。
2)Rtools安装
##安装依赖包
install.packages("installr")
install.packages("stringr")
##加载依赖包
library(stringr)
library(installr)
install.Rtools()
3)Rtools路径设置
第一步，打开Rstudio，复制下面代码，并运行：
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"',con = "~/.Renviron")
# 不用管代码什么意思，傻瓜运行就好。(这句代码意思其实就是创建一个Renviron文件，指明Rtools主页的路径。)

# 完成之后，重启一下Rstudio。

# 第二步，接着和第一步一样，在Rstudio，复制下面代码，并运行：
Sys.which("make")
# 完成后，Rtools便自动配置完成路径，傻瓜式操作。教程到了这里问题就基本解决了，下面就来安装DESeq和IMvigor210CoreBiologies包。

安装DESeq和IMvigor210CoreBiologies

install.packages("DESeq_1.38.0.tar.gz",repos=NULL)
install.packages("IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz",repos=NULL)

代码成功运行，没有报错。

再来加载一下。

library(IMvigor210CoreBiologies)
#载入需要的程辑包：Biobase
#载入需要的程辑包：BiocGenerics
#载入需要的程辑包：parallel
#载入程辑包：'BiocGenerics’
#The followingobjects are masked from 'package:parallel’:
#clusterApply,clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
#clusterExport,clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
#parLapplyLB,parRapply, parSapply, parSapplyLB
#The followingobjects are masked from 'package:stats’:
#IQR, mad, sd,var, xtabs
#The followingobjects are masked from 'package:base’:
#anyDuplicated,append, as.data.frame, basename, cbind, colnames,
#dirname,do.call, duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep,
#grepl,intersect, is.unsorted, lapply, Map, mapply, match, mget,
#order, paste,pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank,
#rbind, Reduce,rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply,
#union, unique,unsplit, which.max, which.min
#Welcome toBioconductor
#Vignettescontain introductory material; view with
#'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
#'citation("Biobase")', and for packages'citation("pkgname")'.