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精读Hepatology文献|揭示IRF2BP2调控肝癌发生发展的功能和分子机制

 生物_医药_科研 2019-10-19
热烈祝贺中科院上海生化细胞所张雷课题组在肝病学顶级杂志《Hepatology》上发表研究成果,苏州金唯智生物科技有限公司有幸参与其中转录组测序分析工作。本文第一作者丰雪博士为大家详细解读了这篇文章,让我们一起来学习下吧。
文献精读

中文题目:在肝癌中一个新的肿瘤抑制因子IRF2BP2通过反馈环路调控Hippo信号通路

英文题目:The novel tumor suppressor IRF2BP2 regulates Hippo pathway in liver cancer via a feedback loop

关键词:IRF2BP2,VGLL4,Hippo信号通路,反馈环路,肝癌

发表杂志:Hepatology

阅读时间:20min

研究背景
近年的研究发现,Hippo信号通路在器官大小调控和组织稳态维持中发挥着非常重要的功能。Hippo信号通路最早在果蝇中被发现,是一个在物种间高度保守的信号通路。Hippo信号通路主要由上游的激酶复合物和下游的转录因子复合物组成。在哺乳动物中,目前已知Hippo信号通路主要是通过一系列的激酶级联反应,最终导致对Hippo信号通路核心成员YAP/TAZ的磷酸化。磷酸化的YAP/TAZ与细胞质中的14-3-3蛋白结合滞留在细胞质中或者被降解。当Hippo信号通路被阻断或失活时,上游的激酶反应链不能将YAP/TAZ磷酸化,未被磷酸化的YAP/TAZ迁移进入细胞核。作为转录共激活因子,YAP/TAZ不具有DNA结合域,它们通过与转录因子TEAD1-4相互作用促进下游如CTGF、CYR61、ANKRD1等靶基因的表达。VGLL4通过位于它C端的TDU结构域和YAP竞争性结合TEAD4,从而抑制YAP-TEAD4复合物的转录活性。

Hippo信号通路简介

Genes Dev. 2016 Jan 1;30(1):1-17. doi: 10.1101/gad.274027.115.(图片来源)

肝癌(Hepatocellularcarcinoma,HCC)是世界范围内少数具有高发病率、高死亡率和不良预后的肿瘤之一。Hippo信号通路主要通过抑制YAP的致癌活性调控细胞生长和肿瘤发生,Hippo信号通路的失调会诱发肝癌的产生。目前靶向YAP的肝癌预防和治疗方法仍然有限。IRF2BP2是一个转录抑制辅因子,然而其在癌症特别是肝癌中的作用和调节机制仍然不清楚,IRF2BP2与Hippo信号通路之间的联系也尚未被揭示。
文章亮点
该研究首次阐明了IRF2BP2抑制肝癌发生的临床意义,同时揭示了肿瘤抑制因子IRF2BP2与癌基因YAP在肝癌中的临床相关性。

该研究表明IRF2BP2是一个新的被YAP-TEAD转录复合物抑制的靶基因,它与VGLL4结合并增强其蛋白稳定性,从而抑制YAP的活性,实现潜在的抗肿瘤功能。

IRF2BP2-VGLL4-YAP介导的反馈环路揭示了IRF2BP2与Hippo信号通路调控肝癌进展的功能和分子机制,为肝癌的治疗和诊断提供一个潜在的策略。

研究结果(部分)
1.IRF2BP2在肝癌中是抑癌基因并能调控Hippo信号通路的活性

为了研究IRF2BP2在肝癌发生发展中的潜在作用,研究人员首先分析了肝癌患者肿瘤样本中IRF2BP2的转录水平。与邻近的正常组织相比,肝癌样本中IRF2BP2的转录水平明显降低。随后的Kaplan-Meier生存分析结果显示,IRF2BP2低表达的患者具有较差的生存率(如图1)。

图1 IRF2BP2在肝癌(HCC)中是一个潜在的抑癌基因

为了研究IRF2BP2影响了哪些信号通路,研究人员对过表达以及敲低了IRF2BP2的HepG2细胞进行了RNA测序(RNA-seq)。KEGG信号通路分析结果显示,与对照组相比,在过表达以及敲低了IRF2BP2的肝癌细胞中有一些显著富集的信号通路,其中包括Hippo信号通路(如图2)。此外,差异基因表达分析的热图(heatmap)结果显示,在过表达IRF2BP2的肝癌细胞中,YAP下游靶基因的表达水平显著降低;相反地,在IRF2BP2敲除的肝癌细胞中,YAP下游靶基因的表达水平显著增加(如图2)。

图2 IRF2BP2显著影响了肝癌细胞中Hippo信号通路的活性

2. IRF2BP2抑制YAP的活性和肝癌细胞的增殖

为了证实IRF2BP2能够负调控YAP的活性,研究人员在HepG2和Huh7细胞中检测了IRF2BP2对YAP下游靶基因表达的影响。结果表明,无论是在HepG2还是在Huh7细胞中,IRF2BP2的过表达都能显著降低YAP下游靶基因的蛋白水平和转录水平(如图3)。

图3  IRF2BP2抑制YAP下游靶基因的表达

进一步的功能实验表明,IRF2BP2的过表达能够显著抑制肝癌细胞的生长速率、克隆形成能力以及迁移能力。值得注意的是,野生型的HepG2细胞在裸鼠皮下能够正常地形成肿瘤,而过表达了IRF2BP2的HepG2细胞不能形成肿瘤。这些结果进一步证实了IRF2BP2作为肿瘤抑制因子抑制肝癌细胞的生长和肿瘤生成(如图4)。

图4  IRF2BP2抑制肝癌细胞的生长和肿瘤形成

3. IRF2BP2的缺失促进YAP的活性和肝癌细胞的增殖

为了进一步研究IRF2BP2对YAP下游基因的影响,研究人员使用CRISPR-Cas9技术构建了敲除IRF2BP2的HepG2细胞(IRF2BP2-KO)。在IRF2BP2-KO的细胞中,YAP靶基因的表达显著上调(如图5)。

图5  IRF2BP2的缺失促进YAP下游靶基因的表达

IRF2BP2的敲除显著增强了HepG2细胞的生长速率、克隆形成能力以及迁移能力。此外,敲除了IRF2BP2的HepG2细胞具有更强的皮下成瘤能力(如图6)。

图6  敲除IRF2BP2促进肝癌细胞的生长和肿瘤生成

4. YAP-TEAD4转录复合物抑制IRF2BP2的表达

研究人员在人IRF2BP2基因的启动子区域发现了3个保守的TEAD结合位点(TGGAATGT/A)。ChIP-qPCR实验结果显示TEAD4与IRF2BP2启动子近端保守的TEAD结合位点(R1)结合(如图7)。进一步,研究人员构建了由野生型和TEAD4结合缺陷型的IRF2BP2启动子驱动的荧光素酶报告基因质粒。YAP-5SA的过表达显著抑制了野生型IRF2BP2启动子报告基因的活性,但对突变的IRF2BP2启动子报告基因活性没有影响(如图7)。因此,IRF2BP2是YAP-TEAD4转录复合物的靶基因,并且受到YAP-TEAD4的负调控。

图7  IRF2BP2是一个被YAP-TEAD4转录复合物抑制的靶基因

5. IRF2BP2与VGLL4结合从而增强VGLL4对YAP的抑制作用

蛋白免疫共沉淀(Co-IP)结果显示VGLL4和IRF2BP2之间存在相互作用,当把IRF2BP2的H527和C530位点的氨基酸突变后,IRF2BP2就不能与VGLL4结合了(如图8)。此外,IRF2BP2-HC2A突变体完全消除了IRF2BP2对YAP靶基因的抑制作用,这表明IRF2BP2对YAP的抑制作用依赖于IRF2BP2与VGLL4之间的结合。此外,IRF2BP2的过表达能够增强VGLL4对YAP下游靶基因的抑制作用,也能增强VGLL4对YAP诱导的Gal4-TEAD4荧光素酶报告基因活性的抑制作用,但是IRF2BP2-HC2A突变体没有这些功能(如图8)。这些结果表明,IRF2BP2增强了VGLL4对YAP的抑制作用,并且依赖于IRF2BP2与VGLL4的相互作用。

图8  IRF2BP2与VGLL4相互作用

接下来,研究人员针对VGLL4构建了一系列的突变体质粒,研究VGLL4的哪个结构域或者氨基酸介导了其与IRF2BP2的结合。不同物种之间VGLL4的氨基酸序列比对结果显示,在VGLL4的157-168AA区域有几个高度保守的氨基酸。随后,研究人员将这些保守的氨基酸进行了点突变,发现S163A和V164A的突变体能够显著减弱VGLL4与IRF2BP2的相互作用,而I165A的突变体与IRF2BP2之间完全失去了结合。VGLL4-S163A/V164A/I165A(VGLL4-3A)突变体不再与IRF2BP2结合(如图9)。

图9  VGLL4的一个新基序介导了VGLL4与IRF2BP2的相互作用

6. IRF2BP2稳定VGLL4从而增强VGLL4对YAP的抑制作用

随后,研究人员发现在Huh7和HepG2细胞中过表达IRF2BP2而不是IRF2BP2-HC2A能够增加VGLL4的蛋白水平。在IRF2BP2过表达的HepG2细胞中VGLL4的半衰期显著延长(如图10)。相反地,在IRF2BP2敲除的HepG2细胞中,VGLL4蛋白水平显著下调,VGLL4的半衰期也明显缩短(如图10)。这些数据表明,IRF2BP2能够稳定VGLL4蛋白。

图10 IRF2BP2稳定VGLL4的蛋白水平

7. IRF2BP2通过VGLL4抑制肝癌的发生发展

在肝脏中敲除MST1/2可导致肝脏的过度生长和肝癌的发生,这一功能是通过对YAP的持续激活实现的。研究人员将编码SB转座酶和Cre或者IRF2BP2/HC2A-P2A-Cre的质粒通过尾静脉注射的方法注射到MST1flox/flox;MST2-/小鼠的尾静脉中,从而诱导Cre和所示基因在肝细胞中的共同表达(如图11)。表达了Cre的MST1flox/flox;MST2-/-小鼠在尾静脉注射18周后能观察到较明显的肝肿瘤。与之相比,过表达IRF2BP2-Cre的小鼠肝脏表面只有较小的肿瘤产生,而过表达IRF2BP2-HC2A-Cre的小鼠表现出与过表达Cre的小鼠相似的表型(如图11)。以上体内结果表明了IRF2BP2-VGLL4-YAP介导的反馈回路在肝癌发生中发挥着关键的作用。

图11  IRF2BP2通过VGLL4抑制了肝脏肿瘤的形成

文章总结

该研究发现了一个由IRF2BP2-VGLL4-YAP介导的反馈环路,这一反馈环路是IRF2BP2和Hippo信号通路调控肝癌发生发展的分子基础。当Hippo信号通路关闭时,YAP进入细胞核,YAP-TEAD4转录复合物促进CTGF、CYR61等靶基因的表达,并抑制IRF2BP2的表达。IRF2BP2的低表达使VGLL4蛋白变得不稳定,并减弱了IRF2BP2和VGLL4对YAP-TEAD4转录活性的抑制作用(如图12)。该研究揭示了在肝癌中IRF2BP2和Hippo信号通路的临床相关性,解析了肿瘤抑制因子IRF2BP2与癌基因YAP之间的相互调节机制,这可能为肝癌的治疗和诊断提供潜在的策略。未来可以研发出能够模拟IRF2BP2功能的小分子或者多肽,用于肝癌或者其它类型癌症的治疗。

IRF2BP2与Hippo信号通路介导的反馈环路调控肝癌发展的机制图

文章链接:

https://aasldpubs.onlinelibrary./doi/abs/10.1002/hep.30961

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