TarBase是一个有实验证据支持的miRNA靶基因数据库,目前最新版本为v8, 经历了长达10年左右的收集与整理,网址如下
该数据库中包含了多个物种的miRNA靶基因信息,各个物种相关信息汇总如下 可以看到,主要还是人和小鼠的靶基因信息,占据了90%以上。 对于每个靶基因,都会给出相关的文献,组织类型,检验的方法等数据,数据库中各项信息的数据量汇总如下 通过如下所示的搜索框,可以检索该数据库
检索结果可以分成以下三级 1. target info第一级就是miRNA靶基因信息,每一行代表一个miRNA和靶基因的相互作用,示意如下 对于每个靶基因,会给出对应的支持该证据的方法, 2. methods每行的末尾有一个下拉的箭头,点开之后就是第二级的结果,示意如下 3. binding sites第二级的下拉列表展开之后,可以看到具体的结合区域信息,示意如下 在页面左侧的也提供了筛选功能,示意如下 该数据库目前只提供了检索功能,如果要下载对应的内容,需要向开发团队进行申请。 TarBase中将实验证据分成了 ·end· |
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