【原】跟着Cell学习作图，让你文章提升两个档次！

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Cell文章中桑基图、Half Violin与相关性系数图绘制全攻略！

众所周知科研绘图对于SCI论文发表至关重要。

一般而言编辑审阅投稿文章分三步走：第一看排版，第二看标题摘要，第三看图表。

很多小伙伴专业能力强、研究成果也很重要，却因为编辑嫌弃图表太辣眼，反复修改还是被拒！

站在巨人的肩膀上我们更容易成功，学习高分文章的精美图片为我所用可以很好的提高文章配图档次！

2020年2月13日国际著名期刊 Cell 在线发表了一篇名为“Single-Cell Transcriptome Atlas of Murine Endothelial Cells "的文章。

文章从11个小鼠组织中构建了一个超过32000个单一内皮细胞转录本的图谱。

接下来让半夏和大家一起学习高分文章的图形绘制方法吧！

01

Origin绘制桑基图

桑基图（Sankey Diagram）是一种特定类型的流程图，图中延伸分支的宽度对应数据流量的大小，通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。

最基本桑基图只有左右两个流向，Cell文章使用桑基图很好的显示了不同性别小鼠的内皮细胞的表型分类：

如果我们刚好有相似的细胞类别注释数据需要展示，我们该如何绘制桑基图呢？

1. 软件准备

本次在Win10系统下使用Origin2020绘制桑基图。

Origin2020可于OriginLab 官网下载：https://mail./coremail/XT5/jsp/，

也可以在百度网盘下载：https://pan.baidu.com/s/1d3Tgbc。

下载安装软件后需使用学校提供的以edu.cn结尾的邮箱进注册激活。

2. 绘制桑基图

示例数据为来自城市或乡村的男孩或女孩的目标：

2.1 打开Origin2020软件，在Book1中输入示例数据：

2.2 选择A、B两列，菜单栏点击Plot -> Categorical -> Parallel Sets:

得到男孩、女孩分别来自城市/郊区/乡村的桑基图，颜色代表性别、分支的宽度对应数据量的多少，例如来自城市的女孩比男孩多：

选中A、B、C三列绘制桑基图，一个非常实用的功能是Origin2020会列出最近实用的图表类型，因此我们可以很便捷的选择Parallel Sets：

得到多流向桑基图如下，颜色代表性别：

2.3 调整、美化图片

设置分支颜色

双击图片进入Plot details界面下Plot properties，得到的桑基图默认根据性别Index: Col（A）显示颜色：

Color List可以更改配色方案：

点击Color List右侧的铅笔可以对Color List进行编辑：

在Color Options下可将颜色设置为由B列决定：

File -> Export Graph导出图片（快捷键Ctrl+G），可设置导出图片格式、宽、高与分辨率等：

02

Half Violin的绘制

小提琴图（Violin plots）是箱线图与核密度图的结合，因其形态类似小提琴而得名。

箱线图展示分位数的位置，小提琴图则展示了任意位置的密度。

Graphpad Prism 8.0 Column下选择Box and violin可以绘制小提琴图：

Graphpad Prism不能绘制可视化数据点的分布与概率密度共存的Half Violin。

Half Violin与云雨图相似，右侧显示数据点概率密度，左侧显示对齐的数据点：

Half Violin绘制步骤：

打开Origin2020软件，在Book1中输入数据：

选择数据，菜单栏点击Plot -> Statistical -> Half Violin：

得到Half Violin，右侧密度图中显示mean与标准差（Standard Deviation）：

双击图片进入Plot details界面下Plot properties，Group下设置Distribution Fill color为By one,颜色顺序及细节可自行设置：

密度分布填充颜色后效果如下：

接下来可对左侧Symbol的符号形状、Symbol颜色等参数进行设置：

File -> Export Graph导出图片（快捷键Ctrl+G）即可。

03

相关性系数图的绘制

Cell文章中还使用了相关性系数图：

绘图工具为联川生物在线绘图，网址：http://www./overview。

在绘图下选择相关性系数图：

上传数据后设置参数，相关性系数计算方法有pearson、spearman、kendall三种方法，：

得到相关性系数图：

相关性系数在数据下载处可供下载：

下载得到数据的相关性系数如下：

导出图片。值得注意的是网站可导出可缩放矢量图形格式SVG：

04

扩展

如何使用Excel绘制相关性系数图？

原始数据如下：

Excel下PEARSON(array1, array2)可以返回 Pearson相关系数r，这是一个范围在 -1.0 到 1.0 之间（包括 -1.0 和 1.0 在内）的无量纲指数，反映了两个数据集合之间的线性相关程度。

依次计算各组Pearson相关系数，以Demo_A与Demo_B的相关系数为例，其相关系数为0.983929（这与在线绘图工具导出结果一致）：

各组Pearson相关系数计算完成后我们得到各组相关系数的数据：

开始 -> 条件格式 -> 色阶，选择红白色阶或自定义色阶：

调整相关性系数图宽度，效果如下：

视图下不选择网格线：

导出图片即可。

今天给大家分享的从Cell学习科研绘图就到此为止了，希望对大家有所帮助！

参考文献：

Kalucka et al., Single-Cell Transcriptome Atlas of Murine Endothelial Cells, Cell (2020), https:///10.1016/j.cell.2020.01.015

—END—

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