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如何用Origin绘制分边小提琴图

 yjt2004us 2018-11-15

Origin是一个更新得比较及时的软件,之前需要一些“巧思”才能完成的作图,在新版本往往会有优化。比如我在《双坐标轴组合图的画法》中介绍用17版绘制双Y轴柱状图是需要引入“空位”避免柱子重叠,而在18版就出了专门的绘制工具;再比如我在《如何用Origin绘制热图?》用18版给热图添加数据要在热图上添加散点才能实现,而在2019中只需“打个勾”显示数据就可以完成了,如下图。



正式版的Origin 2019最近刚推出,除了对之前的功能进行了优化之外又增加了很多新功能,比如这次加入了多种小提琴图的绘制。


由于OmicShare课堂推出的Origin教程用的是2018版,接下来我会结合读者反馈在原来的基础上追加一些新内容,比如用2019版如何快速绘制相关性热图、小提琴图等,并对误差线、图例、颜色的调整做专题详解。

 

言归正传,常规小提琴图的绘制大家可以用OmicShare的小提琴图和分组小提琴图工具(http://www./tools/Home/Soft/getsoft),当然你也可用R、Python绘制。


分边小提琴图(Split violin plot)类似于分组小提琴图,但更便于进行两两(类似白天黑夜、雄性雌性、表面内部等)比较,如下图,目前貌似Python的Seaborn包可以画,也有高手用ggplot2画。今天主要给大家介绍Origin 2019绘制分边小提琴图。


(Piper B, Barham R, Sheridan S, et al. ,2017)


(Nature communications, 2017)

 

数据准备


数据与普通小提琴图、箱型图的相类似,只不过添加一列分组数据将整个数据集分为“两段”,如下图,为了方便观察这里给表格填充了底色。



图表绘制


选择作图数据的方法有两种,这里介绍最快最省事的一种方法。类似Excel的操作,将鼠标指针悬停在表格列名上然后选中5列数据(包括分组数据),如下。至于另一种方法,图例需要自定义设置,比较复杂一点,我将在视频中介绍。



然后进入Plot菜单下Violin Plot。



点击一下Split Violin即可完成绘制,初始结果如下:

 


图表美化


你可以再添加其余的坐标轴以及移动图例的位置、更改图例边框的颜色。



不喜欢图中的线,可双击图形进入Plot Dtails窗口,将Box style由I-shaped Box 改为 No Box,你也可选 Box,调整 Box width(%) 参数实现实例的效果。



然后,在 Lines 选项下,取消 Median Line 的勾选,这样图上也没有中值线了。



在 Distribution 选项下,可选择密度函数类型(Curve Type),如这里将默认的Kernel Smooth改为Normal,图形就变得“圆滑”了。在该窗口也可改变Fill的颜色,可选择已有的配色方案,比如这里选Q05。



如果对Q05的颜色不满意,还可点右侧的“✏”,自定义颜色列表,如下图。

 


你也可以选中图例,右键,调整图例中的图形和文字,如下图,可将图例改成水平排列的方式。



效果如下图这样:



当然如果觉得这样的密度曲线展示的信息少,将密度函数类型(Curve Type),改回默认的Kernel Smooth, 最终的效果如下:


 

学会了Split violin 再学普通的小提琴图自是小菜一碟,这里放一张Origin绘制普通小提琴图与一篇NC文章的小提琴图的比较图。



最后再罗嗦一点,虽然Origin教程的视频总长度和一部大电影差不多,既然选择“投资自己”就不能像看电影一样,看过没多久就忘了。建议在看视频教程的时候先下载好附件中的工程文件,边看边操作,独立去思考和探索。


另外,双十一期间(从即日起)Origin 科研作图系列教程八折优惠(花费不及出去看场电影),大家想学Origin作图又不想把时间浪费在教程寻找上就赶紧啦~


教程链接:http://www./class/home/index/series?id=40

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