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献给初学者,手把手教你如何快速查找基因序列信息!

2020-03-13  yjt2004us

ZSCI

很多网站都可以查找基因信息,一般常用的经典基因数据库有NCBI、UCSC。下面我们就以pEGFP-C1构建human p53 CDS过表达载体为例,分享一下如何快速获取需要的序列信息。我们今天用到的序列信息检索网站是NCBI/addgene/SnapGene这三个。



快速查找基因序列信息


以pEGFP-C1构建human p53 CDS过表达载体为例。
我们需要获取的序列信息有两类,一类是p53 CDS也就是插入片段的序列,另一部分是载体的序列。
1、从NCBI获取P53的CDS序列
NCBI官网

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/

进入核酸数据库,输入基因名点击搜索。在弹出的页面中,选择物种类别,以及核酸类别。然后对弹出的页面信息进行初步筛选甄别,看是否是我们需要检索的内容,最后在右侧菜单中,筛选人类,以此来缩小检索范围。


经过人类的物种筛选后,弹出的页面中置顶的这一条,就是人类的p53 mRNA,点击进入详细页面,我们可以看到在详细页面中默认显示的是GenBank格式,我们可以调整为FASTA格式,GenBank格式有序列的详细信息,FASTA格式序列方便我们拷贝、编辑。


打开GenBank格式的p53序列,我们可以看到p53 mRNA长度是从1bp-2451bp,其中CDS是64bp-1245bp,同样我们可以看到CDS翻译的蛋白质序列以及对应蛋白质序列的ID,方便我们进行检索,检索完成后,通过右侧“send to”进行下载。


打开NCBI官网,进入GENE数据库,检索p53基因,确定物种为人类,就可以定位到TP53,点击进入详细页面,根据简介来判断是否为正确的检索,正确后向下拉,在页面中部可以看到p53的基因结构。点击“GenBank”进入详细页面,我们可以看到p53的mRNA,通过“NM0011...”可以跳转到mRNA页面。


2、从Addgene获取载体pEGFP-C1
如何检索载体pEGFP-C1?通常有两种方式。
①通过百度搜索名称进行检索,得到的结果大概率会导向Addgene。
②通过SnapGene来对pEGFP-C1进行检索。
Addgene官网:

https://www.addgene.org/

我们以Addgene直接检索,更快捷的得到pEGFP-C1的准确信息。打开官网,在右侧搜索栏,按载体名称进行检索。

为了缩小范围,我们可以在检索中进行设置,在右侧可以看到检索结果的简介。


点击进入详细页面后,从左到右,依次为载体线性图谱,序列等信息,可在线blast,比对,查找限制性内切酶位点、ORF翻译产物等。

SnapGene官网:

http://www.snapgene.com/

进入SnapGene官网,在主菜单栏第五个,选择质粒文件数据库,然后按照质粒的名称进行筛选,或者按照载体用途、性质来进行检索。右侧方框展示的为载体序列下载,查看等功能,左侧方框为pEGFP-C1载体分类。

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