肠息肉的治疗主要以内镜治疗为主，在患者没有禁忌证的情况下，医生会首选此治疗方案。随着息肉检出率的增加,
息肉治疗方法也逐渐增加，最普遍的方式即内镜下息肉摘除术。
早期诊断及早期治疗对阻止具有癌变倾向的息肉向肿瘤进展具有重要作用。
一般治疗
主要是生活习惯的改善。包括增加纤维素的摄取，减少油脂食物摄取，滋润清肠通便饮食，饮食宜清淡、禁咸辣，增加体育锻炼，肥胖者适当减重等。
药物治疗
除外少数炎性息肉因以治疗原发肠道疾病为主，可能会应用抗炎等药物治疗，绝大部分肠息肉需要在内镜下切除或手术切除部分肠管，药物治疗无法治疗息肉本身。
此外，在并发其他症状时，可能会使用药物进行对症治疗。
手术治疗
目前对于肠息肉治疗主张在初次发现时即给予一一切除，而在内镜下息肉摘除则因其简便、直观、有效以及相对安全而成为目前首选且最为重要的治疗方法，若内镜下不能完全切除可考虑腹腔镜下切除。
手术方式
内镜下切除
内镜下息肉摘除手术方式多样，根据息肉的形态、大小和病理性质决定可针对性决定治疗方案。
内镜下切除主要包括镜下咬除、氩气刀灼除、高频电切除、内镜下黏膜切除术（EMR）、内镜下黏膜剥离术（ESD）等。
其中高频电切除是目前应用最为广泛的方法，大多数的肠息肉均可以采用此方法进行治疗。
EMR目前广泛应用于各种消化道息肉、早期癌变和黏膜下肿瘤的治疗。然而对于较大的病灶，EMR只能通过分块切除的方法来进行，从而不能获得完整的病理学诊断资料，肿瘤复发率也大为增加。
ESD是在EMR基础上发展而来的技术，近年来ESD治疗逐渐被关注，它可以克服EMR相应的缺点，主要针对早期消化道癌和癌前病变，并越来越多地应用在内镜操作中。
这些内镜下创伤性的操作方式在切除病变的同时也存在不可避免的并发症，最常见的包括出血、穿孔等。
微创手术
在肠镜筛查过程中发现病灶太大或不能安全移除的息肉通常通过腹腔镜取出。
经腹结肠和直肠切除
如果患者的息肉为罕见的遗传性综合征，如家族腺瘤性息肉病，可能需要经开腹手术切除结肠和直肠（全直肠结肠切除术）。
术后并发症
常见并发症包括出血、穿孔、感染。
出血
主要表现为便血或者黑便，其中对于内镜术中出血的患者首先经由内镜下止血，包括局部喷洒冰去甲肾上腺素盐水，金属夹夹闭出血残端，对出血点进行电凝灼烧等。
对于术后出现消化道出血患者应静脉使用止血药物，或急诊肠镜检查进行内镜下止血治疗，严重者需外科手术治疗。
穿孔
术中证实或术后患者存在明显腹痛且经腹部平片证实有膈下游离气体存在，此类患者可以在术中应用金属夹夹闭穿孔部位，严重者或内镜下治疗无效者则立即行外科手术治疗。
感染
患者在肠息肉摘除术前无任何感染征象，术后出现腹痛、腹泻、发热、血白细胞增高等表现，且能排除其他系统相关感染，对于该类患者主要给予静脉应用抗生素治疗。
中医治疗
由国家中医药管理局重点专科专病项目组参照《大肠息肉 （结肠息肉） 诊疗方案》制订的《大肠息肉 （结肠息肉）
中医临床路径》中将大肠息肉常见的临床证候分为四型，即湿瘀阻滞证、肠道湿热证、气滞血瘀证、脾虚夹瘀证，针对分类治疗如下：
湿瘀阻滞
证候特点
可伴便血，色暗红或鲜红夹瘀块，或伴腹痛，痛有定处，口干口苦，舌暗红或淡暗，可见舌底脉络迂曲或瘀斑，苔黄或黄腻，脉不流利或涩。
- 治法：行气化湿，活血止痛。
- 方药：平胃散合地榆散化裁。
肠道湿热
脘腹痞闷，纳呆便溏，呕恶口苦，头身困重，身热不扬，大便黏腻，或夹有黄色黏液，尿短黄；舌红苔黄腻，脉濡数或滑数。
- 治法：清热利湿，行气活血。
- 方药：地榆散合槐角丸化裁。
气滞血瘀
时有腹部胀痛，情绪不畅可诱发，便后则舒，舌淡红或淡暗，可见舌底脉络迂曲或瘀斑，苔薄，脉弦涩。
- 治法：活血化瘀，行气止痛。
- 方药：血府逐瘀汤化裁。
脾虚夹瘀
疲倦，乏力，或伴纳呆、便溏，可伴便血色淡红，有时夹瘀块，舌淡红或淡暗，可见舌底脉络迂曲或瘀斑，苔白或白腻，脉细或弱，欠流利或涩。
- 治法：补益气血，活血化瘀。
- 方药：四君子汤合化积丸加减。
