元天历二年，孔思晦聚族修谱，并刻谱于石。此石现存曲阜孔庙，部分漫涣不清。但仍可识大部分内容。谱名《孔氏世系》。孔思晦家谱记述了“孔未乱孔”的故事。之后，“孔未乱孔”世人皆知，孔氏族人对此信之不疑。根据出土的资料可知这是一个不真实的故事。除了这个故事之外，孔思晦把不在曲阜居住的族人统统削去，家谱碑只录居住曲阜者（此也是考证孔氏元以来世次的重要方法）。除了孔思晦立于孔庙的家谱碑外，孔林中，元代的孔氏墓碑有不少在碑阴刻有本支世系，其意义不言自知。此为后世孔谱研究、续修，厘清元以来的世次提供了实物资料。天历三年，孔涛赴曲阜拜祖序族，对于谱牒削去南宗的做法异常忿，他在晚年取洪兴祖所序之谱作为母本重序了家谱，他在谱序中对北宗所修之谱进行了抨击：“其始作蛹者其无后乎！”同时，也明确指出北宗所修谱的目的：“欲明北宗为大宗冢嫡也”孔涛所修之谱名为《阙里世系》，是此后南宗所修谱之母本。
于是，孔氏南北之争由袭封之争又进而演化为谱牒之争。二者其实是互为表里的。目的只有一个：标明各自为大宗嫡长。 为达到各自的目的，其一是南、北各自改谱。其二是拉外姓人加入帮言。如《三氏志》、《孔氏南宗家庙考略》等志书，南北学者加入论战，起到了推波助澜的作用。于是族内、族外，相互呼应，谱志各述其理，这种争论至今不休。这种争论给孔族修谱带来了很大述茫。尤其是南方诸谱，在北宗一统孔族的形势下，大多更改了原谱旧貌，以至于今天，很难见到明以前旧谱的真实面貌，给孔氏谱牒研究带来了难度，不深辩之很容易被述惑。洪武初，北宗进行了修谱，名为《孔氏谱》。今已不得见。洪武十二年，孔思模序谱，名之《东家举要》。而后，赴曲拜祖序族、对谱，与北宗诸家长、袭封孔克坚等序家门旧典。《东家举要》今不存，我们无法见到他的真实面目。从《成化谱》引用孔思模留下的资料来看，他这次曲阜之行其乐融融，曲阜诸高层皆作文以送。显然，此次孔思模此行迎合了北宗某些重要观点。 《东家举要》可能是南方诸谱按照北宗观点所修谱的开端。比如：孔介为北宗孔端操第四子，孔洙无子等，从南宗所修《成化谱》引用《东家举要》的资料来看，这些问题并未有根本性改变。 弘治二年(一四八九)，北宗续修族谱。谱例规定“六十年一大修,三十年一小修。此版本今不存，已经无法知晓谱系结构。仅有部分序的内容存于后代谱中。弘治十年(一四九八)，南宗孔彦绳刊修家谱,自《东家举要》以来，时间过去了一百多年，由于失爵失田，南宗形同民氓久矣，无力修谱。族事荒废数百年。虽然孔氏有存史存谱存志的传统，但年久岁湮，此时续修，不能不说艰难。由于众所周知的原因，孔彦绳在序谱时把自己置于南渡宗子之后,以继孔洙。据北宗《嫡裔考》:“(北宗)反附孔传裔孙之下,既不祖孔传,而又僭承端友。”实际上南宗否定北宗为嫡裔。为此,北宗斥之为“败祖宗之成法,负朝廷之恩意。”对此，北宗行牒浙番要求南宗予以纠正。要求孔彦绳毁谱立碑正族。此版今不见于世。在北宗作为大宗袭封后，族权、政权集于一身的情况下，历史必须与现实符合，南宗所为正好给了北宗一个重塑族史的借口。于是，南北相争改谱以为各自的利益服务。关于孔彦绳的身世，孔府档案明代部分也有记载，但，我认为即使是明代人的记载，也不一定准确。读者可以参阅孔府档案明卷。 由于北宗对南宗俱有绝对的管辖权，南宗所为必须按照北宗的意图。南宗对于孔氏宗子一事又有自己的看法，不愿屈丛北宗意愿。成化年间，在衢州知府沈杰的支持下，孔氏南宗复爵，而谱牒世次是辨别身份真伪，恢复爵位最核心的要件。现今存于曲阜档案馆的所谓《成化版》南孔家谱，为成化递改本。虽然，有不少后世递补的内容。但仍可以看到不少成化年间的原始资料。此本，须认真分辩文字的成文年代，才可推知其本来面貌。《成化版》孔谱是一个彻底改变孔氏大宗的版本。依此本，孔介、孔洙皆绝后，孔彦绳为孔氏南宗大宗。只是，这个版本是一本糊涂帐，孔洙子嗣的问题记载的晦暗不清，为后来南宗数百年无法修谱埋下了隐患。 两难之间，此后，南宗袭封数百年不修谱。（南宗其它分支修谱不受影响，但，从南宗其它支谱的续修演变来看也只能按照北宗意愿。） 经过一百余年,到天启二年(一六二二)再次发起修谱之事。此谱，有孔弘颢所作《伪孔辨》。此文在孔氏家族甚至社会上有广泛影响。此文与孔思晦内孔外孔声调一致，至此，由于孔族内斗而形成的内外孔、真假孔之说不仅成为孔族常识，也为世人接受。天启谱，今存有残卷。 清顺治九年(一六五二),距天启修谱已三十年,实为小修之期,当时衍圣公孔兴燮即举行修谱,并镂版藏于庙庭,实为大修准备资料。顺治版今不存。 康熙二十一年,距天启修谱整整六十年,衍圣公孔毓圻组织修谱。这就是康熙版《孔子世家谱》。此版由《桃花扇》的作者孔尚任作总纂修。盛世修谱，此版本质量较高，也由于孔尚任的影响，此版孔谱名气较大，具有标志性。此谱今存。 乾隆九年又逢甲子,这次纂修家谱,主要是衍圣公叔父孔继汾的作用。这时衍圣公为孔昭焕,年刚十岁,有意思的是民国版修谱时衍圣公为孔德成才九岁。幼儿受袭对于孔族来说不是新鲜事。 乾隆后期，由于国家对氏族修谱政策的变化，初版乾隆谱已经有很多内容不合当时的政策。乾隆四十七年(一七八二),即乾隆谱修成后的三十七年,因未避等问题,圣府除上奏认罪外,火速下牌令收缴,予以改正。初版乾隆谱今已十分罕见。乾隆后期，朝庭一改立国之初对孔氏的宽容态度，对孔氏严加约束，可能是由于此原因，三十年小修之时，未见有大的动作，但此时，全国大部分孔氏都已经建立了本支家谱，各支序修不断（这其中不少是拼凑世系的拼创谱） 嘉庆九年(一八〇四年)和同治三年(一八六四)均为孔谱大修之年,这时的衍圣公是孔庆镕和孔祥珂,由于社会动乱，不具备大修的条件，故皆未进行。孔氏家族视谱志为家族生命。嘉庆、同治间，虽未进行合族大修，但大多数分支修谱并未中断。这些支谱，为民国全国谱打下了很好的基础。现在，能看到的比较多的清代分支谱是嘉庆、同治、光绪这三个年代的谱。值得一提的是，明、清是孔谱由少变多，由简变繁逐步发展完善的一个重要时期。如康熙版《孔子世家谱》仅承认孔氏外迁为十三派（定义也不一定准确，不过沿传已久成俗），其它外迁各支虽然也有的历史清楚，但均未得到承认。此后，随着孔氏优免政策含金量的提高，外迁各孔氏想尽千方百计得到曲阜的承认。如牟平支，便是康熙年间孔兴先在朝为官时，拼合世次“另立曲阜社”。虽然谱中关键性的矛盾至今未能解决，但也依旧得到曲阜的承认，并顺利进入后来的全国谱。由此 可知号称“天下第一谱”的孔子世家谱不靠谱的地方也很多。孔谱的发展、演变是一个复杂的过程，从另一个侧面反映了历史的、社会的演变，是对历史血肉的补充，有着非凡重要的意义。（此文仅述袭封支，其他各支孔氏支谱的历史价值不亚于南、北袭封，孔谱研究者当互相参考，去伪存真）
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