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磁珠法组织DNA提取试剂的选择

 nnsister 2020-06-19

对于经常做分子生物学实验的研究者来说,能否从生物材料中获得符合质量要求的DNA,直接关系到下游实验的成败。在众多的生物材料中,各种动物组织是我们经常研究的,它对于很多生命机制的研究有着重要作用。

 

选择硅胶膜离心柱法还是磁珠法,很大程度上取决于样本数量。针对大批量的样本量,我们优选磁珠法。那么,在种类繁多的商品化的磁珠法组织DNA提取试剂盒重,如何选择合适的产品呢?根据我们课题组的一些经验,同在科研道路上不断探索的同伴们可以参考一下。

我们课题组常用的磁珠法组织DNA提取试剂盒主要有以下厂家:进口品牌Q、国内品牌Biog以及国内品牌T。我们就这种磁珠法组织DNA提取试剂盒进行比较。

在进行实验前,我们需要选择合适的产品,产品的性能是我们首要考虑的因素。对于DNA提取试剂盒,我们主要关注DNA提取得率、核酸纯度、检测敏感性、操作简便性等因素

  1. 一、DNA提取得率。DNA得率主要由以下三个决定因素:裂解液(消化液)组织样本的裂解消化能力、磁珠对核酸的吸附能力、洗脱液对核酸的洗脱能力。DNA提取得率可以通过紫外分光光度计法测得,但是结果仅供参考,如果要精确检测DNA得率,还是要做PCR或荧光定量的。组织样本量与DNA得率成正比,结果不理想可以通过增加组织样本量来提高DNA得率。如果样本量的增加还是不能改善DNA得率,那么就应该及时考虑更换试剂盒。

    根据我们课题组的经验,Q磁珠法组织DNA的提取得率,一般10-40mg组织样本在9-28ug。Biog与Q的DNA提取得率相近,10-40mg组织样本在8-30ug;T公司 25mg组织样本DNA得率在20-70ug,基本上都能满足下游PCR相关实验的要求。

  2. 二、核酸纯度三个厂家磁珠法组织DNA提取试剂盒获得的DNA纯度略有差别,国品牌Biog和T的核酸提取纯度差不多,可以直接应用于PCR、qPCR、分子杂交等进口品牌Q的纯度略高,除了以上应用,还可用于对纯度要求略高的实验,如基因分型、二代测序等。目前,组织DNA提取主要应用于易感基因检测、PCR、qPCR、分子杂交等,国产试剂盒Biog、T都能满足要求。

  3. 三、检测敏感性。我们课题组的研究表明,国品牌Biog与进口Q在同样实验条件下提取的组织DNA检测的CT值相近,相差不超过1个CT值;而国产品牌T提取的组织DNA检测CT值较大,一般比Q晚1-2个CT值,检测敏感性不如Biog和Q

    四、操作简便性。磁珠法核酸提取如果操作过于复杂,不仅耗时,还容易导致样本间的交叉污染,引起误诊,也容易损失样本。因而,选用操作简便、流畅的组织DNA提取试剂盒非常重要。Q公司的磁珠法组织DNA提取试剂盒整个运行过程一般40minT公司磁珠法组织DNA提取试剂盒提取过程需要近1h;B公司的Biog磁珠法组织核酸提取试剂盒提取过程只需20多分钟。Biog公司磁珠法组织核酸提取试剂盒在操作简便性上具有绝对优势,更适合于大批量样本的检测。

    五、仪器兼容性。据了解,Biog、T品牌的磁珠法血液DNA提取试剂盒可以手工采用磁力架操作,也可配套多种型号自动化核酸提取仪使用,但是进口品牌Q一般需要配套Q厂家自产的自动化核酸提取仪使用。所以,虽然我们实验室有自动化核酸提取仪,是考虑到进口试剂、耗材昂贵,实验成本高而无奈放弃Q公司产品,我们更倾向于选择仪器兼容性好的试剂盒。

    六、产品价格。价格是影响客户选择产品的一个重要因素。对于绝大多数实验如PCR、qPCR、基因检测、分子杂交等国产试剂盒都能满足质量要求。与国外知名品牌相比,国产试剂盒的价格较为便宜,一般只有国外品牌价格的三分之一,性价比较高;国产试剂盒Biog比T价格更为优惠。因而,对于以上实验,个人建议选用Biog、T等国产试剂盒。对提取DNA的纯度要求相对较高的一些研究,如直接测序、基因分型、细胞转染等,可考虑选用Q等国外知名品牌。

    综上看来国产品牌Biog在检测敏感性、操作简便性、仪器兼容性以及价格上占有很大优势,进口品牌Q在核酸纯度上有一定优势,国产品牌T在DNA得率、仪器兼容性上也有一定优势。我们可以根据各自实验室的经费情况以及实验需求综合考虑,选择真正适合的产品

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