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在明朝末年，山东省境内曾设有两个巡抚，一个是驻地在济南的山东巡抚，主管山东内陆，一个是驻地在登州的登莱巡抚，辖区主要为登州、莱州两府（后期青州也一度纳入）。 
明末，后金在关外兴起，辽沈失陷之后，为了防止后金进一步扩张，明廷构筑起海陆两大防线。陆上就是以山海关、宁远、锦州为中心的关宁防线，海上就是以旅顺、皮岛以及胶东半岛的登州、莱州为依托的登莱防线。因为两者之间有一定距离，为了方便指挥，两边各有巡抚，陆上为辽东巡抚，海上为登莱巡抚。据《明史·职官志》记载，登莱巡抚一职，设置于明天启元年，全称为“巡抚登莱地方赞理军务”。铁打的衙门流水的官，整个天启年间，虽然官员换了好几任，但登莱巡抚这个职位一直没有变化。不过，到了崇祯朝之后，情况发生了改变。
崇祯二年，时任登莱巡抚孙国桢去职，这时明廷并没有选派继任者，而是下令停设登莱巡抚。明廷为何会下这样一道命令？是因为登莱防线不重要了么？事实并非如此。根据《明史》的记载，崇祯二年，登莱巡抚的停设，是因为明廷采纳了袁崇焕的建议。袁崇焕，众所周知，是明末的抗清名将，关宁防线的构筑，他有很大的功劳。那么，他为何要建议停设登莱巡抚呢？
屁股决定脑袋，袁崇焕的建议，主要与他当时的身份有关。袁崇焕在天启年间虽然多次击败后金军，但在末年却遭到冷遇。崇祯皇帝继任之后，听取朝臣建议，认为袁崇焕为经略辽东的不二人选，召他入朝商讨对策。袁崇焕喊出“五年复辽”的口号之后，崇祯皇帝相当高兴，任命他为“兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务”，用现在的词来说，袁崇焕相当于环渤海区域的总管。指挥军务，关键在于事权统一。袁崇焕认为，自己是督师，下面再有两个巡抚，指挥起来并不方便。因此建议朝廷裁撤在辽东和登莱设立的巡抚。当时，辽东巡抚为毕自肃，登莱巡抚为孙国桢。《明史·袁崇焕传》载：“自肃既死，崇焕请停巡抚，及登莱巡抚孙国桢免，崇焕又请罢不设。”当时明廷正要倚靠袁崇焕，因此这两条建议均通过。值得一提的是，从史料记载来看，当时去职的登莱巡抚孙国桢，与魏忠贤的阉党有些瓜葛，《明史·魏忠贤传》记载：“总督张我续及孙国桢……辈，佞词累牍，不顾羞耻。忠贤亦时加恩泽以报之。”也就是说，孙国桢经常上表阿谀魏忠贤，他之所以能担任登莱巡抚，未必是因为有能力，而是沾了魏忠贤的光。因此，崇祯初年，魏忠贤倒台之后，朝廷整肃阉党，孙国桢很有可能是受此波及而去职。
登莱巡抚停设之后，袁崇焕统一了事权，以往他的活动区域主要是在关宁，这时也逐渐开始泛舟海上。崇祯二年，袁崇焕率军进入登莱防区，在双岛（辽东旅顺境内）与毛文龙见面，持尚方宝剑诛杀之，解决了他认为的“尾大不掉”问题。
然而，没有后顾之忧的后金军，趁此机会入塞袭扰京师。崇祯皇帝迁怒于袁崇焕，将之下狱，最终处死。人亡政息，袁崇焕死后，崇祯三年，明廷下令重新设立登莱巡抚。但好景不长，崇祯四年、五年，在登莱巡抚孙元化任上，发生了举世震惊的孔有德之乱。可以说，明末很多大事件，都直接或间接与登莱巡抚有渊源。
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