在细胞膜以内，细胞核以外的部分，包括细胞质基质和细胞器。细胞质基质含有水、无机盐、脂质、糖类、氨基酸、核苷酸、多种酶等，进行多种代谢。分离细胞中各种细胞器常用的方法是差速离心法。 | | 光镜下线粒体为短棒状，电镜下可见双层膜，内膜的某些部位向内折叠形成嵴，使内膜表面积大大增加，内膜上蛋白质种类和数量大于外膜。在线粒体内有多种与有氧呼吸有关的酶，是有氧呼吸的主要场所，细胞生命活动所需的能量，大约95%来自线粒体，所以是细胞的动力车间。含DNA，与细胞质遗传有关。线粒体广泛存在于需氧型真核细胞中，能进行有氧呼吸的生物不一定有线粒体，例如好氧细菌。 
| | 光镜下叶绿体为椭球形，电镜下可见双层膜，内部有基粒，与光反应有关的酶和色素存在于类囊体薄膜上，叶绿体基质中含有与暗反应相关的酶。叶绿体主要位于绿色植物叶肉细胞中（根没有叶绿体），是光合作用的场所，被称为养料制造车间和能量转换站。含DNA。能进行光合作用的生物不一定有叶绿体，例如蓝藻。
| | | 存在于动物和某些低等植物细胞中，由两个互相垂直排列的中心粒及周围物质组成。与细胞分裂有关，在前期发出星射线，形成纺锤体。 
| | 一部分附着在内质网上，一部分游离在细胞质基质中，一部分位于线粒体和叶绿体中。由rRNA和蛋白质组成，颗粒状，是氨基酸脱水缩合或翻译，形成蛋白质的“唯一”机器。 | | | 由膜连接成的网状物，大大增加了细胞内的膜面积，有些内质网表面光滑，有些内质网表面附着颗粒状的核糖体。内质网膜上有多种酶，能合成脂质和糖类，能对蛋白质初步加工、运输给高尔基体，是蛋白质的运输通道。【提示】粗面内质网能合成蛋白质的原因是其含有核糖体。 
| | 是对来自内质网的蛋白质进行再加工、分类和包装的“车间”及“发送站”。植物细胞有丝分裂末期与细胞壁的形成有关，动物细胞中与分泌物的形成有关。 
| | 主要存在于植物细胞中的泡状结构，细胞液含糖类和色素等。液泡使细胞保持一定的渗透压，与细胞的渗透吸水有关，使植物细胞保持坚挺，是成熟植物细胞中最大的细胞器。 
| | 含多种水解酶，分解衰老的细胞器和外来抗原，分解产物可再利用或排出细胞，是细胞内的“消化车间”。 |
1．光学显微镜下（显微），可见到液泡、线粒体、叶绿体、染色体、细胞核、细胞壁。电子显微镜下（亚显微），可看到其他细胞器，及精细结构。 2．细胞骨架：由蛋白质纤维组成，维持细胞形态、锚定细胞器，与细胞分裂、运动、物质运输、能量转化、信息传递相关。
3．细胞器之间的协调配合：分泌蛋白（在细胞内合成，但是分泌到细胞外起作用的蛋白质）的合成和运输，与核糖体→内质网→高尔基体（线粒体）有关，例如消化酶、部分激素、抗体等。除分泌蛋白外，还有膜蛋白和胞内蛋白，部分胞内蛋白在游离核糖体上合成不需要内质网和高尔基体参与。
4．细胞器的种类、数量、分布与细胞的功能相适应：唾液腺、胰腺细胞富含高尔基体，肌细胞富含线粒体。
5．同位素标记法：同位素可用于追踪物质的运行和变化规律，用同位素标记化合物，可以弄清化学反应的详细过程。6．动植物细胞的判断依据：细胞壁、液泡、叶绿体→植物；溶酶体→动物；中心体→动物或低等植物。
7．发生碱基互补配对的细胞器：线粒体、叶绿体、核糖体。
8．生成水的细胞器：核糖体、线粒体、叶绿体、高尔基体。9．生成ATP的场所：线粒体、叶绿体、细胞质基质。10．胞质环流：活细胞中的细胞质处于不断流动的状态，观察胞质环流，可用叶绿体作为标志。
11．内共生起源学说：认为线粒体和叶绿体分别起源于原始真核细胞内共生的需氧细菌和蓝藻。证据有：线粒体和叶绿体存在环状DNA，线粒体和叶绿体进行分裂增殖。
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