Bowtie官方介绍: http://bowtie-bio./index.shtml Bowtie是一种超快速,高效存储的短reads比对工具。它以每小时超过2500万个35 bp的读取速度将短DNA序列(reads)与人类基因组比对。Bowtie使用Burrows-Wheeler索引对基因组进行索引,以使其内存占用量较小。 最新版本为 1.3.0 - 07/22/2020 Bowtie2官方介绍: http://bowtie-bio./bowtie2/manual.shtml Bowtie 2是一种超快速且内存高效的工具,可用于将测序读数与长参考序列进行比对。它特别擅长将大约50至100个字符的读码与相对长的(例如哺乳动物)基因组对齐。Bowtie 2使用FM索引(基于Burrows-Wheeler变换或BWT)对基因组进行索引,以保持其内存占用空间小。Bowtie 2支持间隙对齐,局部对齐和配对对齐。可以同时使用多个进程以获得更高的对齐速度。 最新版本为 2.4.2 - 10/07/2020 异同: 1,Bowtie出现的早,所以对于测序长度在50bp以下的序列效果更好;而对于长度在50bp以上的reads,Bowtie2的比对更准确 2,Bowtie2的对比支持gap,而Bowtie不支持 5,Bowtie2允许参考序列中含有N,而Bowtie不允许 |
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