黄檗号希运，福建福清人（今福建福州），生卒年不详 ，乃“曹溪六祖之嫡孙，西堂、百丈之法侄” 。幼年在江西黄檗山寺出家，及长，身长七尺，额头隆起如圆珠，“倜傥不羁，人莫轻测” “音辞朗润，志意冲澹” 。受戒后，便行脚四方，先上天台，后达上都（今陕西西安）。期间适逢一个僧人，并与之相谈甚欢，如同旧故，于是便偕往前行。但是在途中遇见涧水暴涨，遂二人分薄缘悭，希运独自到达京师。在京师的希运以化缘乞食为生，又遇见一老妪，经老妪点化，问答之间，其“玄门顿而荡豁”，老妪启发希运去江西参谒马祖道一禅师，而黄檗“至南昌道一已逝，瞻礼祖塔时，遇百丈怀海，乃参之” 。从此，他就投入怀海禅师门下，开始于“触类是道，任心为修”的南岳禅宗一系的参悟。
南岳禅宗的禅学思想是对《坛经》“性本清净”的契会，也是对其自然主义的“直心是道”的发挥。因此，马祖道一禅师认为“所作所为，皆是佛性；贪嗔烦恼，并是佛性；扬眉动晴，笑欠声咳；或动摇等，皆是佛事” 。而传到百丈怀海禅师处，百丈主张农禅并举，“常以三身无住，万行皆空，邪正并捐，源流齐泯” ，并制订了在我国禅宗史上具有划时代意义的禅宗业林制度的规范。黄檗在与百丈禅师的首次相遇时便有“问曰：从上宗乘如何指示？百丈良久。师云：不可教后人断绝去也。百丈云：将谓汝是个人。乃起，入方丈。师随后入，云：某甲特来。百丈云：若尔，则他后不得辜负吾” 之类的对禅。或许初次的相遇禅话，百丈对黄檗还不甚了解，却又觉得其非等闲之辈，因而百丈对这位今后具有杰出成就的弟子留有余地，也寄予了厚望。后来黄檗在怀海门下也证实了这一点。如“百丈一日问师：什么处去来？曰：大熊山下采菌子来。百丈曰：还见大虫么？师便作虎声，百丈拈斧作斫势。师即打百丈一掴，百丈吟吟大笑，便归，上堂谓众曰：大熊山下有一大虫，汝等诸人也须好看。百丈老汉今日亲遭一口”。这师徒之间答问的禅趣，让日后的黄檗有反复宣称“大唐国内无禅师”的傲语，而黄檗这种自持甚高、傲岸独立、雄视天下禅僧的品格，同样也体现其具有一种特殊的禅学天赋。所以在百丈禅师认为“见与师齐，减师半德；见过于师，方堪传授”，还称赞黄檗“甚有超师之见” 。
黄檗原本是想到江西参谒马祖道一禅师，不料却在马祖弟子百丈禅师处深切领会洪州禅宗的思想精髓。马祖门下的八十四善知识，只有二三人真正得马祖正法眼。所以在黄檗看来，其不仅仅要继承洪州禅宗，并还要掀起波涛，将洪州禅推向新的高度，甚至决意超越洪州。其对百丈言之“今日因和尚举，得见马祖大机大用。然不识马祖，若嗣马祖，已后丧我儿孙” ，而得百丈印可（精通本宗法门的证明）。后来，黄檗回到江西黄檗山，开始授徒传法，一时间“四方学徒，望山而趣，睹相而悟，往来海众常千余人” 。
唐会昌二年（842年），正值唐武宗李炎欲实施全国灭佛活动之际。黄檗禅师被当时任钟陵（今江西进贤县）廉镇的裴休迎请至钟陵龙兴寺担任主持，从此二人形成了亦师亦友的密切关系，也因为裴休的帮助，黄檗躲过了历史上那次的“会昌法难”。裴休（约791—864年）是唐代著名的佛教居士，虽出身官宦世家，却家世崇奉佛教，且其本人能文善书、为人温藉、行止雍闲，对佛教义理研究也颇有心得。唐文宗太和年间（827—836年）裴休就官至监察御史、中书舍人等职，期间与华严宗等学僧交往甚密，从受禅法。唐武宗会昌元年（841年）出任洪州刺史、江西观察使的裴休对黄檗素闻名望，并蒙崇敬礼遇之心。但是此时并非裴休与黄檗交往过密时期。一直到裴休移镇宛陵（今安徽宣城）期间，二人才朝夕参扣，旦夕问道。
唐大中二年（848年）裴休出任宣州刺史、宣歙观察使。唐代的宣城人文荟萃、闻名遐迩，佛教文化亦相当发达，其中宣城景德寺始建于西晋二年（305年），后再唐初更为大云寺，唐开元年间又取名开元寺。裴休在宣城主政期间，将黄檗请迎到开元寺主持，这时崇敬佛法的裴休有皈依黄檗禅师的心愿，对黄檗执礼甚恭，并将其居己驻所，每日相互参禅问道。裴休还赠诗黄檗曰：“自从大士传心印，额有圆珠七尺身；挂锡十年栖蜀水，浮杯今日渡漳滨；千徒龙象随高步，万里香花结胜因；愿欲事师为弟子，不知将法付何人？”表示要终生奉黄檗为师，深刻领会佛法精义，而黄檗则回诗赠答“心如大海无边际，广植净莲养身心；自有一双无事手，为作世间慈悲人” 。黄檗的回复毫无顾忌地袒露了自己的心胸，表达了自己身负弘法重任，不会迎合附会世俗权贵的决心和毅力。由此也可以看出黄檗自视甚高，自律甚严，居大法筵而当仁不让，真正具有宗师大德的威仪。
其实裴休的禅宗思想在唐会昌前后有所变化，会昌年以前裴休推崇宗密的菏泽宗，并且其言之自己与宗密的关系是“于法为昆仲，于义为交友，于思为善知识，于教为内外护” ，把自己确立为宗密禅思想的主要追随者和扶持人。但是会昌灭佛事件中，裴休在江西从政，出于对佛教的干预和保护，又与江西禅系的高僧建立了良好的关系，所以当宣宗释武宗之禁后，佛教重新得到了当朝统治者的重视。以后，裴休官于江淮，因而着重复兴江西禅系，在黄檗禅教思想上也受到了极大的影响。此外，黄檗与唐宣宗李忱则表现为宗师大德与寺中沙弥的关系，在佛的世界里，宣宗对黄檗是有崇敬心理的。而黄檗被延请到宣城主持开元寺，与裴休日夕问道，则奠定了以后黄檗禅的基础。
黄檗在宣城与裴休的论禅问道，后被裴休集为《黄檗山断际禅师传心法要》及《宛陵录》两书，是当今学界研究黄檗希运及早期临济宗禅思的最可靠和最重要史料。从裴休所辑的二书中可以看出：
（一）黄檗禅师的禅法特点为融实相与心性是互为一体的，在“空”万法的同时突出了众生清净的“本心”，并强调在“心即佛”的基础上发挥了念念无心、无欲无求、无得无著就是解脱的思想。
（二）在《传心法要》中，黄檗一方面强调了“万法皆空”，另一方面又留下了“不空”的清净心。清净的本心是不可修，无可求的，因此，黄檗以“无心”为纲，反复强调“无念”、“无求”以证佛果。
（三）黄檗的禅学思想以及禅法是对慧能禅的继承，但值得一提的是黄檗所强调的生佛不二虽也是以“心”为中介，却更加突出了众生本来是佛和对重视“人”的思想倾向，因此，黄檗的禅学在由慧能禅到马祖禅的发展上有了很大的进步，对后来临济禅也产生了很大的影响。
唐大中四年（850年）裴休奉召回京，而裴休在宣城任职两年间也正是黄檗禅师在我国禅宗发展上最具硕果的两年，不仅其开示、法语、谒颂被裴休辑为传世禅宗大典得以流传法间，其还在泾县宝胜寺担任过主持，进一步促进了禅宗法要在皖南地区的传播和影响，更为后来弟子义玄与临济宗的兴起做了铺垫。
