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液体活检:ctDNA检测独占鳌头

 CandyMint 2020-11-05

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年度关键词

6月底在“Top 10 Emerging Technologies 2017”上公布的全球十大新兴技术中最直接与医疗相关的就是——液体活检(liquid biopsies),尽管2017年才过去一半,资本市场在肿瘤液体活检市场的投入已超过13亿美元,十足“火热”。

常规检测:组织

有创、获取困难异质性

液体活检:外周血

无创、易于获取综合评估

*来源 My Cancer Genome

如上图所示,与传统的组织活检相比,穿刺针取组织与采血管采血,不管是从耗时耗材、人员要求、患者身体状态以及感染扩散等因素,更进一步涉及到肿瘤异质性,液体活检的先天优势显著。

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血液的秘密

*全血和血浆内各组分的组成

虽然唾液、尿液等体液中也存在游离DNA,可作为检测来源,但目前最适用于临床的还是血液。1mL血约能提取出15ng游离DNA,相当于来自约2000个细胞的DNA量,所以,血液中ctDNA的量是极少的。上图显示了血液的不同组成成分,并大致地对其做了定量,液体活检专注的是血液中来自肿瘤的细胞、DNA以及其他肿瘤标志物,主要集中于血浆,但因为含量极少,而且容易和血浆蛋白相结合,因而常规的提取效率都不高,目前商品化的试剂盒绝大多数都是基于微柱吸附法和磁珠吸附法,如MagNA Pure isolation system(Roche Diagnostics)和QIAamp DNA Blood Midi Kit(QIAgen),富集技术的逐步发展正推进着检测的精准性

肿瘤相关的标志物,特别是释放到血液里的标志物,在肿瘤不同的阶段有不同的特征,代表肿瘤发展的状况。所以在肿瘤的不同阶段,液体活检会有不同的意义和它存在的价值。

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液体活检“三足鼎立”

液体活检是个大而化之的名词,其内在包含着多个研究方向,若论现在讨论得比较多的标志物就是循环肿瘤细胞(CTC)、循环肿瘤DNA(ctDNA)以及外泌体(Exosome),当然,随着研究的深入,这“三个大鼎”后继还是有料的。

在这之中的循环肿DNA(ctDNA)是由肿瘤细胞释放到血液循环系统里面的DNA,它主要是来源于坏死、凋亡的肿瘤细胞以及外泌体破裂之后释放的DNA。ctDNA和另外两者比,是直接在分子层面的,最直观也最易分析,高通量测序的发展,使全基因组关联分析(GWAS)得到数据支持,进而提供基因检测指导靶向药物的临床意义,因此给了比CTC晚发现的ctDNA“弯道超车”的机会。

*ctDNA的来源

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CtDNA的黄金时代

基于ctDNA检测的液体活检在2015年就拿到突破性技术大奖,势头猛烈。PET/CT技术能发现直径大于5mm的肿瘤组织,但2mm是肿瘤生长的关键时期,因此基于分子层面的基因检测是未来肿瘤早筛的必然趋势。关于ctDNA检测,可以深入浅出地逐步探讨一下。

*来源网络

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研发历程

早在1948年,研究发现细胞核内的DNA并非一直躲在核内,也有游离在外的,所有游离在血液中的DNA统称为cfDNA(cell-free DNA),而来自肿瘤细胞的cfDNA就是ctDNA。1977年,有研究证明,肿瘤患者血浆游离DNA含量高于健康人群。到了1994年,科学家通过识别ctDNA身上携带的肿瘤特异性的基因突变(KRAS突变),首次区分出来源于肿瘤的游离DNA。

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基本特征

■  含量低、浓度低

根据已有研究,ctDNA 在 cfDNA 中的占比在0.01%~1%,受到癌种、时期等因素的影响。晚期癌症患者的血浆中 ctDNA 的含量较高,研究也相对较多,而 ctDNA 在早期癌症中的研究则受限于 ctDNA 的含量。实际上,ctNDA研究是在近十年才有了突破性的发展,但随着多种测序技术的升级,ctDNA检测的灵敏度和特异性都得到了大幅度提高。

■  突变频率低

液体活检大咖企业Guradant health做过一个大样本研究,发现游离DNA里面肿瘤相关突变的等位基因频率(variant allele frequency,VAF),也就是突变频率是非常低的,证明ctDNA大部分的突变都是低频率的。

*1000例癌症患者cfDNA中的单核苷酸突变

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检测方法

*ctDNA的检测方法对比

对于已知突变,一般有基于PCR的方法,如ARMS-PCR,基于数字PCR,如BEAMing和ddPCR。而对于高通量平台,如TAM-seq和CAPP-Seq是检测已知突变的,但全外子组甚至全基因组测序等则可以检测未知突变,加入单分子标记后,大大提高了有效测序深度,检测下限能达到十万分之四,对于“三低”的ctDNA来说,高通量测序平台犹如打开它黄金时代之门的钥匙。

去年国家卫生计生委临床检验中心对全国肿瘤游离DNA(ctDNA)基因突变检测室间质量进行了评价,目前应用最广泛的技术是ARMS-PCR、数字PCR与NGS平台。其中ARMS方法具有操作简单、成本低廉的优势,但假阳性假阴性都不可避免,稳定性较差,数字PCR检测游离DNA相对最稳定,而且易于掌握、准确度高,特别适合ctDNA检测及临床推广。NGS平台则可同时检测多个基因的多种不同变异形式,对于ctDNA的科研有极其重要的作用,并且也适用于目前临床的诉求,但也从质检结果体现出NGS实验室是目前管理最为良莠不齐的,因此要普及NGS检测ctDNA技术需要对实验操作流程与数据处理以及标准化提出更高的要求,今年下半年我们也可以期待一下新的质检报告。

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应用方向

*ctDNA的潜在应用

CtDNA的应用已经覆盖人体绝大多数的实体瘤,在此总结一下目前热门的两个应用。

  肿瘤早期诊断

在含量上,肿瘤患者与健康人群有明显差异,一般来说肿瘤患者要高很多,但是也不可避免有个体差异,但个体差异的造成也可能是提取技术的不成熟。而且转移后的肿瘤,肿瘤突变负荷高,分期越晚,肿瘤突变率也越高,这对于ctDNA检测都是有益的。加之TP53作为人体内重要的抑癌基因,许多团队希望通过它的检测来预测肿瘤发病风险,现在也有通过ctDNA来筛查TP53突变的,相互辅助或许可以使TP53更有力地成为风险预测的靶标。

■  耐药评估

这一应用可以说是目前ctDNA最热门的研究方向,可跟踪获得性耐药突变,来进行个体化用药指导。因为耐药追踪需要多次取样,对于无创的液体活检技术而言优势比较大,不管是术前术后,不管取样频率多高,患者都是可以耐受的,特别针对一些晚期癌症患者,能及时反映出耐药突变的发生,替换靶向药物的使用,使得治疗方案优化。

*通过ctDNA监测患者体内肿瘤驱动突变

*通过ctDNA监测NSCLC患者对奥西替尼的药物反应,组织和血检具有一致性

当然除此之外,在肿瘤发展监控、术后疾病残留等方面,ctDNA检测也在大展拳脚。但也不可避免遇到瓶颈,比如无法准确预知肿瘤纯度,ctDNA中的低频突变极易被漏检,这和组织检测相比就显现了劣势,基础科学对于肿瘤发展机制的深入追究才可解决ctDNA应用的局限性,才能完善上述两个应用方向,毕竟早筛早诊目前来讲还处于科研阶段。

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液体活检在衡道

上海衡道医学病理诊断中心 提供多种个体化用药套餐,以基于ctDNA检测的液体活检技术,推出包括非小细胞肺癌8基因/76基因、胃肠癌60基因及多癌种133基因的检测套餐,满足临床多种需求,且具有针对性,协助医生制定最优治疗方案。

● 安全无创
对于无法手术或不耐受穿刺的患者及需要持续监控疾病的患者,仅需15mL外周血,提取循环肿瘤DNA,1毫升血约能提取15ng游离DNA,相当于来自2000个细胞的DNA量。


● 精准专业
拥有基因组污染识别专利及自主研发的单分子标记技术,检测灵敏度高、特异性强,对目标区域的覆盖率超过99%,液态活检技术同时可以避免肿瘤组织的异质性等问题。且具备完善的数据库资源与优秀的临床专家团队,可出具科学严谨的报告,并持续跟进用药和转归。

 参考资料

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[2].https://en./wiki/Circulating_tumor_DNA#ctDNA_in_cancer_screening

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