这一数据库收录的数据比较广泛,样本量也比较大,利用这一数据库可以查询特定组织细胞来源细胞外囊泡的miRNA表达情况,也可以通过搜索特定的miRNA查询其在不同组织细胞的表达情况。我们邀请数据库的开发者对该数据库做了一个简单的介绍,希望能够帮助大家更好地了解和使用这一数据库。(在此感谢文章的作者刘腾博士的悉心讲解) 细胞外囊泡(Extracellular Vesicles,EV)作为细胞间通讯的重要媒介,其内含物为各种疾病提供了潜在标志物,是液体活检的热门方向之一。近日华中科技大学的郭安源教授团队在Nucleic Acids Research杂志发表论文EVmiRNA: The Extracellular Vesicles miRNA Database(Liu, Zhang etal. 2018)(http://bioinfo.life./EVmiRNA),揭示17种器官或疾病来源的外泌体或微泡的miRNA表达谱,鉴定了每种细胞外囊泡的特异表达miRNA,提供了miRNA在各种细胞外囊泡和癌症中的表达谱,miRNA的靶基因,调控通路和功能等注释信息,为细胞外囊泡的miRNA研究提供重要资源。 下面从4个方面介绍EVmiRNA使用方法: 1)外囊泡的来源浏览, 2)外囊泡表达的miRNA浏览, 3)外囊泡特异表达的miRNA浏览, 4)搜索 1)外囊泡的来源浏览 用户可进入sample页面浏览(http://bioinfo.life./EVmiRNA/#!/browse),如下图,点击感兴趣的来源,进入详细结果页面。也可在首页的sample search中查找。 比如,我们点击B cell,得到下图,包含Bcell EV表达量下载,样本总体概况,高表达miRNA表达热图,以及reference和EV提取方法等。 2)外囊泡表达miRNA浏览和查询 用户如想浏览某个miRNA在不同细胞外囊泡中的情况,可进入miRNA页面(http://bioinfo.life./EVmiRNA/#!/mirnalist),如下图,该页面列出了所有外囊泡中表达的miRNA和对应基本信息,如果想概览某个miRNA在各种囊泡中表达,可点击对应的Detail。然后点击感兴趣的miRNA id会进入该miRNA的详细信息页面。 如上图,点击has-let-7a-5p,进入对应的详细信息页面,如下图,用户可以浏览对应miRNA的基本信息,表达谱,靶基因,调控pathway,功能和对应文献等。 3)外囊泡特异miRNA浏览 如果用户,想查看某种细胞外囊泡的特异miRNA,可以进入Specific miRNA页面(http://bioinfo.life./EVmiRNA#!/special),如下图, 左侧点击自己感兴趣的EV或着cancer type,右侧会显示对应的特异miRNA和对应的样本参考文献。 4)搜索 用户可以在首页进行miRNA id的搜索,以及各种外泌体来源的搜索,如下图。 在Search(http://bioinfo.life./EVmiRNA/#!/search)页面进行miRNA ID以及各种来源外囊泡miRNA表达量的联合搜索。 另外所有的数据都自由下载,提供学术使用,在docment的download部分(http://bioinfo.life./EVmiRNA#!/document),提供了每种来源外泌体的表达量以及isoform比对的文件下载。 希望这个简单的介绍可以帮助大家更好的使用这一数据库。 科研学习班了解一下~ ~(点击详细了解): 交互式数据分析和探索 | 生物信息数据挖掘(2018秋季班)(11月3日-4日) 中药复方发表SCI如何突破5分大关(11月3日-4日) 高通量测序与数据挖掘和分析实训班(11月10-11日) 国家自然科学基金申报失败原因分析、学术构思、前期准备及标书撰写规范化交流研讨班(11.17-18;11.24-25)
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