【原】EVmiRNA：外泌体miRNA数据库

导语

细胞外囊泡（extracellular vesicles，EVs）是由国际细胞外囊泡学会（International Society for Extracellular Vesicles，ISEV）定义的专业术语，是指细胞主动分泌的具有磷脂双分子层结构的、纳米到微米级大小的膜囊泡的统称。根据粒径范围、生物特性和形成过程的不同，EVs主要分为外泌体、微囊泡（microvesicles，MV）和凋亡小体三大类。微囊泡也是细胞间通讯载体和潜在的疾病生物标志物，其内含物为各种疾病提供了潜在标志物，是液体活检的热门方向之一，今天介绍的是微囊泡数据库--EVmiRNA。

EVmiRNA，顾名思义，一种细胞外囊泡（EVs）的miRNA数据库。EVmiRNA（细胞外小泡miRNA表达数据库）是一个全面的数据库，包括miRNA表达谱，miRNA相关药物，miRNA调控途径，miRNA功能以及相关出版物。收录了17种器官或疾病462个EVs小RNA测序样本miRNA表达谱。EVmiRNA提供了三个功能模块：(1)不同来源(如血液、母乳等)的miRNA表达谱和样本信息；(2)在不同EVS中特异表达的miRNA，有助于生物标志物的识别；(3)miRNA注释，包括miRNA在EVS和TCGA中的表达，miRNA途径的调控，以及miRNA的功能和出版物。该数据库由华中科技大学的郭安源教授团队创立。

EVmiRNA

http://bioinfo.life./EVmiRNA

EVmiRNA主页

下面从4个方面介绍EVmiRNA使用方法：

01 Samples

细胞外囊泡的来源概况

单击外泌体的来源，用户可以浏览样品的癌症类型，热图，表达的miRNA，SRA样品信息。

比如，我们查看Exosomes模块的Blood，得到下图，包含Blood EV表达量下载，样本总体概况，高表达miRNA表达热图，以及reference和EV提取方法等。

如果单击miRNA ID链接，用户可以浏览全面的miRNA信息，包含miRNA基本信息，miRNA表达谱，miRNA相关药物，miRNA调控途径，miRNA功能以及相关出版物。

查看Microvesicles内容模块的的Blood

呈现内容如下：

往下拉还有Expressed miRNA list of Microvesicles和SRA samples information ：

02 miRNA

细胞外囊泡表达的miRNA浏览

这一模块进行，你可以浏览某个miRNA在不同细胞外囊泡中的情况，页面列出了所有外囊泡中表达的miRNA和对应基本信息，如果想概览某个miRNA在各种囊泡中表达，可点击对应的Detail。然后点击感兴趣的miRNA id会进入该miRNA的详细信息页面。

用户可以浏览对应miRNA的基本信息，表达谱，靶基因，调控pathway，功能和对应文献等。

03 Specific miRNA 

细胞外囊泡特异表达的miRNA浏览

我们单击左侧菜单上的外泌体类型，可以以浏览对应的表达miRNA啦！

以点击BRCA-Cancer为例，右边呈现乳腺癌外泌体的特异性miRNA，下面表格是乳腺腺癌外泌体对应的样本参考文献。

点击SRA TD 跳转到NCBI SRA库内详细ID信息：

04 Search

搜索特定miRNA

我们可以通过模糊匹配或miRNA表达水平和样本来源的miRNA ID进行搜索。搜索结果点击miRNA可得到miRNA基本信息，miRNA表达谱，miRNA相关药物，miRNA调控途径，miRNA功能以及相关出版物。

以搜索miR-99b-5p为例，呈现搜索结果如下：

05 Document  

数据下载

用户可在Document 页面查看数据概况及下载数据,可供下载内容如下：

综合来说，EVmiRNA提供了EVS的综合miRNA信息，包括miRNA在各种源类型中的平均表达，每个样品中miRNA的表达丰度，每种EV类型的miRNA的顶部表达和特异表达的miRNA，miRNA调控的途径，以及miRNA的功能和出版物。相关论文还介绍了实验分离方法和文献，有兴趣的可以自行查阅噢。

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