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做生物信息学的时候,怎么样在一堆乱码中找到自己需要的物种?

 SCI狂人团队 2020-11-13

做生物信息学的时候,往往需要找到对应的物种,但是往往物种是用拉丁文写的,这是非常令人头痛的事情。例如在GO和KEGG富集分析时常常要我们选择对应的物种,如果我们的基因是人、小鼠、大鼠,这就好办了,可能大家一眼就看出了,如果是其他动物,或者是植物,大家就懵逼了。因此,这里总结了大量的物种供大家参考。


Ateles  geoffroyi 蜘蛛猴

age

Human  lymphocryptovirus 伊波病毒

ebv

Gorilla  gorilla 大猩猩

ggo

Human  cytomegalovirus 人类巨细胞病毒

hcmv

Human  immunodeficency virus 1 人类艾滋病毒

hiv1

Homo  sapiens

hsa

Human  rhadinovirus 人类卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒

kshv

Lemur  catta 环尾狐猴

lca

Lagothrix  lagotricha 绒毛猴

lla

Macaca  mulatta 猕猴

mml

Macaca  nemestrina 豚尾猕猴

mne

Pygathrix  bieti 黑腿白臀叶猴

pbi

Pan  paniscus 侏儒黑猩猩

ppa

Pongo  pygmaeus 婆罗州猩猩

ppy

Pan  troglodytes 黑猩猩

ptr

Rhesus  lymphocryptovirus 恒河猴淋巴隐伏病毒属

rlcv

Rhesus  monkey rhadinovirus 恒河猴疱疹病毒

rrv

Symphalangus  syndactylus 合趾猿

ssy


Mouse  gammaherpesvirus 68 –

mghv

Mus  musculus 小鼠

mmu

Rattus  norvegicus 大鼠

rno


Caenorhabditis  briggsae秀丽隐杆线虫

cbr

Caenorhabditis  elegans 秀丽小杆线虫

cel

Drosophila  ananassae 果蝇

dan

Drosophila  erecta 果蝇

der

Drosophila  grimshawi 果蝇

dgr  ­

Drosophila  melanogaster 黑腹果蝇

dme

Drosophila  mojavensis 果蝇

dmo

Drosophila  persimilis 果蝇

dpe

Drosophila  pseudoobscura 拟暗果蝇

dps

Danio  rerio 斑马鱼

dre

Drosophila  sechellia 果蝇

dse

Drosophila  simulans 果蝇

dsi

Drosophila  virilis 果蝇

dvi

Drosophila  willistoni 果蝇

dwi

Drosophila  yakuba 果蝇

dya

Xenopus  laevis 非洲爪蟾

xla

Xenopus  tropicalis 热带爪蟾

xtr

Arabidopsis  thaliana 阿拉伯芥

ath

Brassica  oleracea 芥蓝菜

bol

Brassica  rapa 油菜

bra

Oryza  sativa 水稻

osa

Populus  trichocarpa 三角叶杨

ptc

Solanum  lycopersicum 西红柿

sly

Vitis  vinifera 葡萄

vvi

Anopheles  gambiae 蚊子

aga

Apis  mellifera 蜜蜂

ame

Branchiostoma  floridae 佛罗里达文昌鱼

bfl

Bombyx  mori

bmo

Bos  taurus

bta

Capitella  sp. I 淡水小头虫

cap

Canis  familiaris

cfa

Cricetulus  griseus 中国仓鼠

cgr

Ciona intestinalis  –

cin

Ciona  savignyi 海鞘

csa

Takifugu  rubripes 日本虎河豚

fru

Gallus  gallus

gga

Lottia  gigantea 霸王莲花青螺

lgi

Locusta  migratoria 东亚飞蝗

lmi

Monodelphis  domestica 短尾负鼠

mdo

Mardivirus  gallid herpesvirus2 type 1 (禽类)马立克氏病病毒

mdv1

Mardivirus  gallid herpesvirus2 type 2 (禽类)马立克氏病病毒

mdv2

Macaca  mulatta 猕猴

mml

Ornithorhynchus  anatinus 鸭嘴兽

oan

Ovis  aries 绵羊

oar

Oikopleura  dioica 异体住囊虫

odi

Saccoglossus  kowalevskii 囊舌虫

sko

Saguinus  labiatus 白唇獠狨

sla

Schmidtea  mediterranea 真涡虫

sme

Strongylocentrotus  purpuratus 紫海胆

spu

Sus  scrofa 野猪

ssc

Tribolium  castaneum 拟谷盗

tca

Tetraodon  nigroviridis 斑点绿河豚

tni


Brassica  napus 欧洲油菜

bna

Carica  papaya 木瓜

cpa

Chlamydomonas  reinhardtii 绿藻

cre

Dictyostelium  discoideum 黏菌

ddi

Gossypium  herbecium 草棉

ghb

Gossypium  hirsutum 棉花

ghr

Glycine  max 黄豆

gma

Gossypium  rammindii –

gra

Medicago  truncatula 蒺藜苜蓿

mtr

Physcomitrella  patens 苔藓

ppt

Pinus  Taeda 火炬松

pta

Sorghum  bicolor 高粱,蜀黍

sbi

Solanum  lycopersicum 西红柿

sly

Selaginella  Moellendorffii 地衣类

smo

Saccharum  officinarum 甘蔗

sof

Triticum  aestivum 小麦

tae

Zea  mays 玉米

zma


希望本文对大家有所帮助。

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