咸丰三年（1853）正月，湖南巡抚张亮基因保卫长沙有功，调任湖广总督。江忠源及其楚军在长沙保卫战中的卓越表现，令张亮基特别欣赏，特邀江忠源跟随自己去湖北。这时，曾国藩奉旨到长沙帮办团练。他是一个文人，对军队可以说是一窍不通，而罗泽南等几个湘勇头目，也是没有经过战阵的书生，只知纸上谈兵。所以，曾国藩非常需要经过战阵的将领，协助他训练军队。
曾国藩心目中最理想的人选是江忠源，如果江忠源能留下，他的部队就可以按照楚军营制来组建和训练，从而收到事半功倍的效率。这是曾国藩深谋远虑之处。可他想尽千方百计，也没能留住江忠源。因为张亮基对江忠源的将才非常赏识，江忠源觉得只有跟张亮基走，才有自己的广阔前程。江忠源的选择无疑是正确的，由于张亮基的鼎力推荐，江忠源青云直上，在不足一年的时间里，由知府升为巡抚，在湘军将帅中，第一个成为封疆大吏。不过，江忠源还是够义气，他给曾国藩留下一千二百训练有素的楚勇，又向曾国藩推荐“颇能知兵”的刘长佑，自己仅带五百楚军前往湖北。
曾国藩生怕刘长佑随江忠源去湖北，那样，他的练兵计划就会搁浅。情急之下，曾国藩下了一道紧急命令，檄令刘长佑立即从浏阳带兵回长沙。刘长佑接到命令，很不高兴，觉得曾国藩为人城府太深，好为权谋之术，不够光明磊落，心里不由得生了疙瘩，因而没把曾国藩的命令当回事，继续率楚军在浏阳清剿征义堂残余势力。刘长佑虽然反感曾国藩的作派，但对曾国藩还是极为尊重，一回到长沙，就立即去拜见曾国藩。曾国藩闻报，迎出大门，拉着刘长佑的手笑着说：“余以军檄召君，君颇不解乎？湖南方多事，总督张公行调君，余惧君之去也。”
曾国藩聘请刘长佑为教练，帮助训练湘勇。于是，刘长佑参照楚军营制，协助曾国藩建立起湘军营制，并将楚军的作战方略悉心教授给湘勇。可以这么说，湘军尽得楚军真传，不但继承了楚军的衣钵，还获得了楚军的精髓。咸丰三年四月，湘军增援南昌，是湘军组建以来第一次出省作战。曾国藩觉得湘军新成立，没有经过战阵，就命江忠源四弟江忠淑率领骁勇善战的楚军做先锋。刚到南昌，稚嫩的湘军就被太平军打得大败。后来，是在楚军的带领下，湘军才逐渐走向成熟。
当然，雄才大略的曾国藩特别想把新宁楚勇纳入自己的麾下，在给左宗棠的一封信中，就十分明确地流露出这一思想。可是，他收编楚军的企图，屡次遭到刘长佑坚决无情的抵制。
刘长佑在训练湘军的过程中，敏感地意识到曾国藩有收编楚军的野心，为了既不得罪曾国藩，又使其收编楚军的图谋破产，多次以守孝为由辞归。曾国藩自然揣测出刘长佑的心态，不得不从长计议，暂时搁置收编楚军的打算，将刘长佑引荐给湖南巡抚骆秉章。骆秉章见刘长佑丰神异采，面若包拯，非常器重，命刘长佑到自己帐下效力。刘长佑这才放下心来，因为有巡抚直接调遣，楚军就不怕曾国藩收编。尔后，刘长佑一直对曾国藩保持高度警惕。
咸丰六年（1856），曾国藩被石达开击败，困守南昌，命刘长佑率楚军前往江西相助。刘长佑竟然明确表示不愿接受曾国藩的调遣。曾国藩无可奈何，写信给左宗棠说：刘长佑既然不愿接受我的指挥，只好仍由湖南供给该部兵饷，仍由湖南巡抚进行调度。后来，曾国藩又想调萧启江军归自己指挥，两次通过清廷严旨刘长佑遵照执行，可是，刘长佑针锋相对，两次奏留，始终不遵旨调拨。
同治元年（1862）二月，广西浔州尚未攻克，曾国藩奏调蒋益醴军增援安徽，身为巡抚的刘长佑以广西全省糜烂，正是用兵之际，上疏将蒋益醴军留下。当蒋益醴擢为浙江布政使，任两江总督的曾国藩准备奏调蒋益醴军援浙，但他总结前两次的经验，不敢贸然上奏请调，而是先给浙江巡抚左宗堂写信，请左宗棠出面协调。左宗棠于是写信给刘长佑，请求调蒋益醴部增援浙江。刘长佑屡次不买曾国藩的账，却给左宗棠的面子，同意蒋益醴援浙。
刘长佑对曾国藩调动自己属下的军队态度十分强硬，甚至不惜撕破脸皮，但表面上刘长佑对曾国藩却特别恭敬，总以“师”事之。曾国藩当然明白刘长佑恭敬的表象中，蕴含着对自己的戒备之心，因此大为不安。他写信给刘长佑说：“来示称谓过谦，万不敢当，以后望弗再施，至感至嘱。”可是，刘长佑并没有接受曾国藩的意见，信中谦卑不改。
不管曾国藩如何平等对待，如何友好拉拢，刘长佑始终保持楚军独树一帜的局面。所以说，在保持楚军独立成军上，刘长佑是有远见卓识的。倘若刘长佑没有把好这个舵，就没有楚军后来的辉煌，也就不可能造就江忠源、江忠义、刘长佑、刘坤一等一大批能臣名将，国家栋梁，使新宁一个偏僻的山区小县，在历史的长河里放射出令人瞩目的璀璨光芒。
史学大家陈寅恪先生指出，湘军实际上有三支，一是曾国藩、胡林翼、彭玉麟统帅的湘军，一是左宗棠、刘锦堂统帅的湖北楚军，一是江忠源、刘长佑、刘坤一统帅的湖南楚军。陈寅恪先生的观点无疑是正确的。楚军从广义上说，是湖南的一支劲旅，属于湘军。然而，楚军不属于曾国藩统领的湘军，无论江忠源领导的江家军，还是刘长佑、刘坤一统领的刘家军与新楚军，都与曾国藩统领的湘军没有从属关系。所以，新宁楚军是独立于曾国藩湘军之外的一支劲旅。
