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4.831分的Aging,实际上拢共只做了半张Nature的Figure……

 嘿实验室 2020-12-16

这几天在给你们讲这篇Nature,这篇文章其实蛮有意思:

长相思 刘梅 - 长安十二时辰 影视剧原声带

有意思的地方就在,其实Fig.1的上半部分,就差不多能顶篇4分多的水刊常青树Aging了……

比如这篇Aging,主要内容,差不多就是Nature的Fig.1的上半截:

其实他们也就做了个蛋白组学的工作,把疾病和正常样本的蛋白抽提后,进行了蛋白质谱分析和磷酸化质谱分析

蛋白质谱分析就很简单吧,结果也就是蛋白表达量情况,然后进行一波富集:

有没有觉得这些Fig.都似曾相识

嗯,和简单的芯片分析差不多,STRING聚类后,用Cytoscape的MCODE插件做个分析啥的……

然后是同样的蛋白进行了磷酸化分析,昨天其实讲过了磷酸化质谱分析的原理,其实这里用的是IMAC(固定化亲和色谱)做的,给你们简单查了一下Protocol,这篇Nature Protocol里描述了一下酶消化后,磷酸化肽段的富集过程:

这里用的是钛粒子类似螯合的方法,把含有磷酸化位点的肽段富集到微小球上:

然后还是一样的质谱

还是一样的Cytoscape的MCODE……

所以这篇Aging差不多也就只有半张Nature Article的Fig.那么多的内容而已

其实对于这种磷酸化的数据其实也是可以挖掘的,比如这个磷酸化位点数据库,虽然内容上有点老,但还是能体现一定的不同时期蛋白的磷酸化差异的:

比如分析个细胞周期的差异

差不多就是这样啦……多看看CNS的文章,说不定里面一个Figure都能够你凑一篇稍微Low一点的文章出来……如果认真精读一下,收获岂不是更大呢……  好了,要看这篇文献的话,可以自己去PubMed上下搜一下,想要了解最后那个数据库的话,就百度。实在不行就回复“公克”(不要在评论区回复),要么就直接星球上见(当然,进不去也无所谓)。好吧,今天就先给你们策到这里吧,祝你们心明眼亮

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