9年前Nature筛出来的那些lncRNA，后来怎么样了？

2009年

John L. Rinn和Eric S. Lander lab联手，从4种小鼠细胞类型中，根据染色质状态，鉴定出了~1600个多exon的lincRNA。超过95%具有进化保守性，预示着它们具有重要功能。

Guttman, M., et al. (2009). Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals. Nature, 458(7235), 223.H3K4me3预示着这里有RNA开始转录，H3K36me3预示着这一片有RNA被转录出来。

怎样从染色质状态看基因表达激活、转录起始？赶紧补习这篇《他中了国自然，因为最后一周补了这张图》，还有这篇里的两个视频《等我有钱了，我也这样研究一个基因》

Figure 1 | Intergenic K4–K36 domains produce multi-exonic RNAs.

其中给lncRNA做功能注释的方法和图传为经典。

Figure 3 | lincRNAs show strong associations with other lincRNAs and with several biological processes. 

2011年

John L. Rinn和Eric S. Lander lab再次联手，还召唤了小伙伴Alexander Meissner, Aviv Regev和David E. Root，从2009年那1673个lincRNA当中，挑选了237个做shRNA，成功knockdown147个。然后连同50个重要调控蛋白的knockdown一起，做microarray，揭示lincRNA调控了哪些基因，哪些lincRNA受重要调控蛋白调控。

Guttman M. et al. lincRNAs act in the circuitry controlling pluripotency and differentiation. Nature 2011 Aug 28;477(7364):295-300.

Figure 1 | Functional affects of lincRNAs 

发现一些lincRNA是重要调控蛋白的靶基因，例如linc1405受SOX2、Oct4调控。

Figure 4 | lincRNAs are direct regulatory targets of the ES cell transcriptional circuitry. 

2016年

这次通讯作者只有Eric S. Lander自己。挑选了12个lncRNA，其中5个cis影响了旁边基因的表达。它们都不是lncRNA作为RNA在起作用，很可能是在lncRNA产生、像enhancer一样激活promoter、转录以及剪切等过程中发挥作用。

具体看这篇《大部分做lncRNA的都以为自己在研究lncRNA，其实你研究的是......》

Engreitz, J.M. et al, 2016. Local regulation of gene expression by lncRNA promoters, transcription and splicing. Nature, 539(7629), p.452.

Extended Data Figure 9 | Mechanisms for cross-talk between neighbouring lncRNAs and mRNAs. 

allele-specifically切除linc1319、Snhg17、linc1405、linc1536、linc2025的promoter后，影响了旁边基因的表达（Figure 1C）

Figure 1 | Many lncRNA and mRNA loci influence the expression of neighbouring genes. 

具体看linc1405周围的基因分布，linc1405位于Eomes上游，活跃转录，方向相反，它俩当中还有个lncRNA叫做4933432G23Rik没有转录。