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研究蛋白与蛋白的相互作用的方法有拉下实验（pull-down）、coIP (immunoprecipitation, 免疫沉淀)； 研究蛋白与RNA相互作用的方法有RIP（RNA结合蛋白免疫沉淀）； 研究蛋白与DNA相互作用的方法有CHIP（染色质chromatin免疫共沉淀）。 以上几种研究方法共用一个原理——免疫沉淀。即，抗原蛋白A与B(蛋白、RNA、DNA)相互作用，使用bead结合抗体A，把抗原A沉淀下来，然后在沉淀中检测B的存在。 coIP和pull-down比较简单，直接用抗体B检测沉淀物即可，而RIP和CHIP则要用检测RNA和DNA的方法，测序或者PCR，今天介绍CHIP。 CHIP 什么蛋白与DNA相互作用？ （1）组蛋白，结合牢固，很好检测； （2）转录因子，结合较松散，检测有难度； （3）辅助转录因子，很难检测，检测位点经常被掩盖。 实验流程 CST有两款CHIP试剂盒，一种酶解法，一种超声法，主要的区别在于染色质片段化的处理过程，一种主要用酶，一种主要用超声；酶解法更稳定，适合小白，超声法，有经验者，结果更好。 预实验摸好条件后，严格按照protocol来，即可。 CHIP实验结果的影响因素 （1）样品 a，单组实验最少要有400万个细胞，DNA浓度可达到100ng左右；还有阴性、阳性对照两组； b，甲醛处理时间要合适，不同细胞需要预实验摸索； c，酶消化和超声处理，要使DNA处理到150-500bp最佳，预实验摸索，这部很关键。 （2）免疫沉淀过程 严格按照protocol，主要是抗体选择，说明可以做CHIP的抗体，如果是测序分析DNA，还要选择测序级别的抗体；浓度1：100-200一般为最佳； （3）DNA分析 qPCR是很好的方法检测可能的结合位点； 引物设计主要在启动子区域，一般针对基因前100-500bp，设计涵盖启动子区域的多个引物，常用的软件有MEME、ECRBrowser。 CHIP用时较久，一般要3天，中间步骤复杂，得到好的结果不容易，需要反复预实验。 |
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