【原】超级增强子相关调控分析

      在基因转录调控方面，基因的启动区域会受到转录因子的调控，进而影响基因的功能。这样和转录因子结合的区域，我们称之为增强子。而超级增强子的话，则是包含了很多的增强子的区域。这段区域密集的收到转录因子的调控，这样就更加影响基因的变化了。SEanalysis(http:///SEanalysis/index.do)是一个用来分析超级增强子调控的数据库。这个数据库可以鉴定超级增强子相关基因，转录因子对于超级增强区域的调控以及鉴定到的转录因子上游的相关通路。

这个数据库主要包括三种检索方式：

1. 通路下游分析
2. 上游调控分析
3. 基因组位置的注释

其中还包括很多单项检索工具：查找超级增强子区域; 按照样本类型检索; 按照转录因子检索; 按照通路检索; 按照基因检索

主要分析方式

Pathway downsteam analysis

在通路下游分析当中，按照数据库提供的步骤，应该是

1. 确定相关通路
2. 寻找通路中转录因子结合位点
3. 鉴定超级增强子区域
4. 确定收到超级增强子调控的基因。

通过这几个步骤，我们就可以找到基因集当中，哪些相关通路如何通过超级增强子调控基因。

结果部分是以表格的形式来展示的，我们可以看到具体的通路，相关的转录因子以及相关的基因

我们点击Detail可以查看详细结果，可以看到不同细胞系当中调控的结果。我们可以改变不同的细胞系，查看不同疾病当中的调控网络。

Upsteam regulartory analysis

在上游分析当中，我们可以预测某一个基因是否有超级增强子，以及哪些基因调控这个区域。我们需要做的就是输入基因名即可。

分析结果当中，首先也以表格的形式是显示了调控这个基因的 超级增强子编码; Chip-seq调控基因; 进一步算法得到的Master TF等等。

同时我们点击Detail也可以看到具体的信息。

Genomic region annotation

    

在这个部分，我们可以输入一系列的基因区域得到这些区域内的超级增强子位置。

同样的，我们可以看到不同区域内的超级增强子的信息。

在这个数据结果里面，还提供了UCSC的基因浏览器的功能。当然如果觉得可视化不好看的话，可以使用我们介绍的基因浏览器：基因还有浏览器？

    关于这个数据库主要的功能就是这么三个。至于单纯的检索功能，这个最后这个数据库也提供了下载功能。如果有需要下载原始数据的话，可以考虑下载适合自己的数据。数据库使用的隐藏技巧

数据库总结

     对于基因的转录调控，已经研究这么多年了。而超级增强子的概念也是近几年才提出来的，所以也还算一个稍微新的点子，所以如果实验设计当中有转录调控的这个实验。要不考虑考虑超级增强子？说不准有新的发现呢！