写在前面作为科研人员，我们都知道，自从新冠发生之后，好多杂志对于新冠的文章都会优先考虑录用的。最近刚刚看到一篇在利用TCGA公共数据库方面和新冠联系的文章。今天就来介绍一下这个文章，就当是为了扩展一下大家的思路吧。 文章主要内容要想和新冠挂钩那就要找到了一个相互联系的点。这里作者使用了一个冠状病毒受体基因ACE2。然后利用这个基因在TCGA泛癌当中来分析免疫浸润和这个基因的关系。下面我们看一下这个文章主要做了什么分析吧 1 ACE2和肿瘤免疫浸润的关系在GSEA的官方总结的基因集里面，有很多和免疫相关的基因集。作者首先利用GSEA算法来分析ACE2基因在不同肿瘤当中是否影响免疫相关基因集。 进一步作者总结了几个免疫促进和免疫抑制的基因。基于这些基因的表达来计算了一个免疫促进/免疫抑制比。进而来分析了一下ACE2表达和这个指标的相关性。 提到免疫的话，就需要单独看一下PD-L1的。所以作者也做了一个ACE2和PD1基因表达的相关性 进一步作者在几个免疫治疗当中的队列当中来观察这个基因的表达是否时候和免疫治疗有没有关系(免疫应答关系以及预后的关系) 最后作者在上面和ACE2相关的通路上，做了这些通路和PD-L1的相关分析，以此来说明和这些通路和免疫治疗也是有关系的吧。 2 ACE2基因表达和肿瘤相关通路的关系以上讨论了基因的表达和免疫的关系。这里作者就来分析了这个基因表达和肿瘤相关通路以及和肿瘤本身的关系。同样的作者也是通过ssGSEA算法评价了总结了几个肿瘤相关的基因集。然后来分析基因表达和这些基因集的相关性 进一步来分析了这个基因在不同生存分析以及不同肿瘤当中是否影响预后的发生。这里作者应该是做了所有的结果，当然上图的话只是上了有意义的。 上面看到ACE2在KIRC当中预后有意义，所以就做了这个基因和临床参数的关系(T分期)。 3 ACE2相关网络构建可能为了进一步了解基因的功能吧，除了以上的通路分析。作者去寻找了ACE2在泛癌当中的所有相关的基因。来构建一个相互作用网络。进一步通过WGCNA分析。来对这些相关基因进行分组。最后构建了一个ACE2影响的免疫相关网络。 写在后面以上就是文章的所有内容了。总的来说，这个文章主要还是做了一个单基因的和泛癌相关机制的分析。主要还是选择的基因比较符合热点吧。文章当中也多次提到了COVID-19什么的。所以，是不是出现一个热点的东西，然后找找起相关基因就可以在TCGA当中分析一下呢？笔者觉得好像还是可以的。比如最近的诺贝尔奖？ |
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