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解螺旋公众号·陪伴你科研的第2494天 研究WNT通路，此综述真是一场及时雨！ 从《三十六策》中我们得知了分子间的调控关系除了间接作用还有直接作用。而RNA作为研究最为广泛的一类分子，能够与其直接交互的除了RNA本身外，还包括DNA、蛋白和化合物等。 现有的在线网站预测数据库中，大多只能对RNA某一特定的交互分子进行互作预测，而RNAInter数据库（RNA Interactome Database）则可同时预测多种与RNA互作的分子，为研究人员提供了很大的便利。 RNAInter数据库（http://www./rnainter/或http://www./raid/）的开发者来自南方医科大学，相关文章（PMID: 31906603）于2020年1月发表在Nucleic Acids Research杂志（2019IF=11.501）上，截至2021-02-27该文章已引用21次（数据来源：PubMed）。 标题中的“increased coverage and annotation”主要体现在以下四部分（与RAID v2.0相比较，这也是开发者开发的，而RNAInter属于RAID v2.0的升级版本）： 1）交互数据增加了8倍，增加了94个物种； 2）注释更明确，包括RNA编辑/定位/修改/结构和同源性交互等； 3）增加了高级功能，包括模糊/批量搜索，相互作用网络和RNA动态表达； 4）增加了四种嵌入式RNA相互作用组工具：RIscoper、IntaRNA、PRIdictor和DeepBind。 因此，RNAInter包含超过4100万个RNA相关的相互作用条目，涉及超过45万个分子，包括RNA、蛋白质、DNA和化合物。 该网站的检索模式一共提供了三种供用户选择：精确检索、模糊检索和批量检索，在每种检索方式的下方都提供了相关的检索帮助。下面我们依次来看一下。 首先是精确检索。关键词主要分为了三大类：RNA/Protein/DNA Symbol（如RUNX2、hsa-miR-34a-5p）、Entrez ID/Ensembl GID/miRBase Accession（如18212、ENSG00000124813、MIMAT0000255）和Pubchem CID（如31703）。 类别主要包括RNA、蛋白、DNA、化合物和组蛋白修饰五类。 交互类型依据之前的类别就主要包括RNA与RNA、蛋白、DNA、化合物和组蛋白修饰五类交互。 可选择的物种很多，常用的包括人、大鼠、小鼠和斑马鱼等。 检测方式有强实验证据、弱实验证据和计算机预测三大类。 另外，该网站还支持选择置信评分，在0到1之间，每0.1递增。 下面我们就以“RUNX2”为例进行演示。我们按照下图进行相应参数的选择后直接点击检索按钮。 在结果页面，最上方显示了我们输入的检索具体条件、总的结果数目（8421条）和下载按钮。然后以每页进行了结果的列举，可以手动选择需要的页码进行展示，也可以利用右边的翻页按钮进行“首页、上一页、下一页和末页”的选择。结果一共有8列，从左往右依次为交互的分子名称、交互的分子类别、物种、我们输入的分子、输入分子的类别、物种、置信评分和详情。
我们以第一条结果为例来看，是RUNX2（mRNA）与hsa-miR-203a-3p（miRNA）的交互，评分最高（为1），下面我们进入详情页面进行查看。首先是详细信息，展示了RNAInter ID、置信评分、交互类型和预测靶点。
接下来是两个分子的基本信息，包括分子名称、物种、ID、类别、其他名称、其他ID和描述。
接下来是同源相互作用和靶点信息。同源相互作用展示了在其他物种里面两个分析的交互关系及相应的RNAInter ID；而作用靶点则显示了两分子的交互靶点及样本资源（细胞系）。
再往下是RNA编辑、定位和修饰。需要注意的是，基本上每一项编辑、定位和修饰都有列出相应的参考文献，感兴趣的用户可以直接找到源文献进行查看。
然后是RNA结构。可以直接进行相应的标注和保存。
然后是证据支持和参考文献。因为我们在检索的时候并没有限制证据级别，所以结果就包括了所有级别的证据。
最后是交互网络和动态表达。交互网络展示了两个分子的前100交互分子，网站根据不同的颜色和形状来对交互的分子的类别进行区分，在右上角有交互网络下下载按钮。鼠标悬停在交互网络上可突出显示某一条交互，上下滚动滑轮还可以对网络进行放大和缩小处理。
动态表达展示了两个分子是数据集中不同细胞间的表达情况。左上角显示了数据集的来源，数据呈现形式可以在柱状图和折线图两者之间进行切换，横虚线表示在该数据集中该分子的表达均值，同样在右上角我们也能进行数据的下载和图片的保存。
数据库提供的第二种检索方式是模糊检索。主要进行了RNA、蛋白、DNA、化合物和组蛋白修饰五大类的粗选择。我们已PTEN为例进行演示。
因为我们没有限制物种，网站就显示了有关PTEN的共12物种供用户选择（默认勾选的物种为人），我们点击继续按钮来查看交互的结果。
结果的呈现内容格式与上一种检索方式类似。我们以第一个结果has-miR-205-5p为例查看详情。
内容格式也与上一种检索方式一样，主要包括详细信息、基本信息、同源交互、靶点信息、RNA编辑、RNA定位、RNA修饰、RNA结构、证据支持、参考文献、交互网络和动态表达几大类。
最后一种检索方式是批量检索，我们以hsa-miR-34a-5p、DRP2、hsa-mir-34a、pten、7SK和RUBX1进行演示。
结构页面格式和详情页格式都与前面的检索模式一样，就不赘述了。
总的来说，RNAInter数据库是一个全面的数据库，用户可以通过不同的检索方式来得到与RNA交互作用的分子及其详细信息，对于课题设计和文献加成都是不错的选择。 
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