元朝的国家政治制度在元世祖忽必烈时基本上确定下来，忽必烈根据汉族谋臣的建议，采用了唐、宋以来中央集权的政治制度，参照辽、金旧制，并在原来的基础上有所改进。元朝中央的统治机构“其总政务者曰中书省，秉兵柄者曰枢密院，司黜陟者曰御史台”。另有管理全国佛教和吐蕃事务的宣政院与之平行，同为全国最高领导机构。
隋唐实行三省六部制，决策权在中书省，执行权在尚书省。
宋朝的实权在二府三司，二府中的丞相府负责行政，但“三司”却分管财政税收。
金朝的实权在尚书省，故而尚书令和左右丞相权力很大，地方上则设行尚书省。蒙古帝国的最高行政长官是大断事官，负责审断刑狱与民户分配，后来，掌管文书、印章的必阇赤长的权力逐渐增大，成为仅次于大断事官的中枢要员。
窝阔台时期，设立过中书省，以耶律楚材担任中书令，粘合重山担任左丞相，田镇海为右丞相，但这时的蒙古帝国也不过是借用了汉地官署的名称，与真正地实行汉法还差得很远。名副其实的中书省是在忽必烈时期设立的，直到这时，中书省才被赋予处理国家大事的权力。
忽必烈登上大汗之位后，“内立都省，以总宏纲；外设总司，以平庶政”。中统元年（1260）四月一日设立中书省，取代札鲁忽赤（大断事官）和必阇赤长，为全国最高行政机构，总领百官，与枢密院、御史台分掌行政、军事、监察大权。其职责大致包括议论朝政、协助皇帝决策，发布政令。
监督六部及地方行政机构执行朝廷政令。并亲自处理相关政务等。最初只任命了王文统为中书省平章政事，张文谦为中书省左丞，因二人意见不和，张文谦出任大名等路宣抚使。
后来设右左丞相、平章政事、参知政事各数人。中统二年（1261）十二月，封皇子真金为燕王，并开始领中书省事。至元十年（1273）真金被册封为太子，兼任中书令，成为中书省的名义长官。
真金
其职责是“领导百官，处理要事”。此后这个职位只为皇太子兼职，未立太子时即为空缺。即使皇太子兼领一月至中书省。中书省的实际长官为右、左丞相。蒙古人尚右，因此右丞相为首相、正长，右、左丞相均为正一品，其职责是“统六官，率百司，居令之次”。中书令缺，则“总省事，佐天子，理万机”。下设平章政事4员，从一品，“掌机务，贰丞相，凡军国重事，无不由之”，即协助丞相总机务；再下为右、左丞，正二品，“副宰相裁成庶务，号左右辖”。参知政事，“副宰相以参大政”，从二品。以上为元代的宰执。其中右丞相必由蒙古人担任，只是元初有个别例外，汉人史天泽曾一度担任右丞相。
中书省宰相议政及决策分为两个程序：一是中书议政，俗称“圆议”，在一定程度上保留有蒙古库里台民主议事的痕迹：诸宰相“列坐一堂，凡政事议行之际，所见异同，互相轩轾，待其国相可否之，然后为定”。二是入宫奏事，上报皇上裁决。定时“圆议”政务，由首领官先排定需议顺序，逐项讨论；事关重大或出现重大分歧，如实上报皇帝。设勤政簿，凡公议决定之事均载于簿内，翻译时也不得增减。一般向皇上“三日一奏事”，遇紧急军国大事不受此限。奏事时各带译吏一员。圆议时一般不需下级属吏回避，如事关机密，无关人员需退场。公议时，当事人应回避。朝廷颁布的制诏、玺书、符节、驿传等，都必须通过中书省。
中书省内下设管辖六曹、参与机务的若干参议及左、右司，还曾设立左三部（吏、户、礼）、右三部（兵、刑、工）。至元元年（1264）分为四部，七年（1270）以后分为吏、户、礼、兵、刑、工六部，分掌各类政务。吏部掌天下官吏选授之政令，户部掌天下户口、钱粮、田土之政令，礼部掌天下礼乐、祭祀、朝会、燕享、贡举之政令，兵部掌天下郡邑邮驿屯牧之政令，刑部掌天下刑名法律之政令，工部掌天下营造百工之政令。六部各置尚书、侍郎以领部务，下设若干司。
从中统年间到至元初年，除中书省外，忽必烈还曾设制国用司、尚书省专管财赋，其职责相当于宋代的三司，其实权则大大过之。由于内部矛盾加剧，尚书省曾经三设三废，至元武宗时最后并入中书省。
中统年间的中书省实际上由藩邸旧臣控制，由于当时忽必烈正在实行汉法，故而汉族的官员占据半数以上。
再来说一下元朝的掌握兵权的组织枢密院，自成吉思汗建国以来，一直没有专门设置总领全军的机构，蒙古的军队由大汗和宗王各自统领，由怯薛协助处理军务。在和阿里不哥争夺汗位与平定李璮叛乱的过程中，忽必烈深感军事指挥的不便，中统四年（1263）沿宋、金旧制，设枢密院，负责全国军务。
怯薛军
枢密院的长官名义上枢密使，忽必烈曾令皇子燕王真金担任，后来规定由皇太子担任这一重要职位。开始下设枢密副使二员，佥枢密院事一员，实际掌握院事。史天泽和赵璧曾经担任过枢密副使。至元七年（1270）二月一日，以前中书右丞相伯颜为枢密副使。同年，增设同知枢密院事一员，位于副使之上，又设院判官一员。至元二十六年，又增设知枢密院事一员，名为知院，成为枢密院的实际长官。行枢密院是枢密院的派出机构，“国初有征伐之事，则置行枢密院。大征伐则止曰行院”。
枢密院的设置标志着元朝军事制度的逐步完善，它确立了从中央到地方的军事指挥系统，即枢密院——统军司——万户、千户，从而能够有效地管辖蒙古诸大千户、汉地诸万户及侍卫亲军等各类军队，是对蒙古原有的军政不分的旧制度的重大变革，有力地加强了中央集权。
再来说一下元朝的监察机关，自秦始皇统一中国之后，历代王朝均设御史台，为天子耳目，凡政事得失，民间疾苦，皆得言。百官奸邪贪秽不职者，即纠劾之。但忽必烈即位后并没有在中书省设立的同时设立御史台，而是在9年之后，至元五年（1268）七月才根据汉人张雄飞、西夏儒生高智耀的建议，仿效前代在中央设立了御史台。
其职责仍然是负责纠察百官善恶，谏言政治得失。其长官为御史大夫，下设御史中丞2员。元代的御史台是自成体系的、独立的中央机构，与中书省和枢密院鼎足而立。元制规定，中书省、枢密院有事进奏，必须有御史台臣同奏。忽必烈曾经颁布诏书说：“台官职在直言，朕或有未当，其极言无隐，毋惮他人，朕当尔主。忽必烈还多次提醒御史台官员说：卿等既为台官，职在直言，朕为你们的君主，要是所行未善，应当劝谏我，百官也是这样！
御史台由台院、殿中司、察院三部分构成。台院设大夫、中丞、侍御史若干人，作为御史台的中枢；殿中司设殿中侍御史2员，专门纠察朝议和监督大臣奏事；察院设监察御史32员，掌纠察百官善恶和谏言政治得失，“司耳目之寄，任刺举之事”。
御史台的长官仍然是蒙古人担任，贯彻非蒙古“国姓”不授的原则，且以蒙古勋旧贵胄为主，后来参用的汉人多以藩邸旧臣为主。监察御史起初均为汉人，至元十九年（1282）十月后，改为蒙古人、汉人各16人。
御史台对忽必烈的统治起到了重大作用，忽必烈曾将中书省、枢密院比喻为自己的左右手，而御史台的职责则是替他“医两手”。他认识到监察机构的作用好比医生一样及时发现病情，予以治疗，这样才能保证行政与军事这两只手的正常运转。正是由于忽必烈体会到了设立御史台的重要作用，所以他才将自己的亲臣与近臣放在御史台的关键岗位上，并始终信任这些御史台大臣，甚至当权臣阿合马与桑哥等人与御史台大臣发生冲突时，忽必烈也总是站在御史台大臣一边，从而避免了王朝受到更大的损失。
参考资料
蒙元帝国
元史
忽必烈大传
