不知道学习的朋友多不多,反正留言参与推动高校生物信息学课程改革的朋友很少。
确实各大高校的课程设置,跟不上生物信息学的发展速度啊!这两天我会把全部中国大学MOOC的生物信息学课程搬运过来推荐给大家,如果确实有需要的朋友,可以查漏补缺,适当看一看。但是我们的重点是讨论一下新时代的生物信息学课程设置,不应该是这样的泛泛而谈的生物信息学认知课。 我这里起一个头,我希望高校可以开设的课程包括; 肿瘤数据库之TCGA计划(希望可以介绍NGS技术在肿瘤学的应用,TCGA计划的来龙去脉,数据背后的生物学认知革命) 实用生物信息学统计大全(包括差异分析,富集分析,GSEA,WGCNA,GSVA等等) 生物信息学图表绘制课(各种NGS组学数据下游分析图表展示示例讲解) 其它待你补充哦
今天我们推荐的是山东大学的生物信息学课程(是中国大学MOOC的3大生物信息学公开课里面内容最多,参与人数最多,好评最多的!) 课程前言课程介绍非常的口语化,建议你自行前往课程主页学习哦!其实你看下面的目录也是可以看出来的 课程目录01 绪论 1.1 课程介绍 1.2 探索生物信息学神秘岛 1.3 生物信息学是神马 1.4 这门课学神马
第二章:生物数据库(第一部分) 2.1 为什么需要生物数据库 2.2 生物数据库的分类 2.3 文献数据库:PubMed 2.4 一级核酸数据库:GeneBank 2.5 一级核酸数据库:基因组数据库 2.6 二级核酸数据库
第二章:生物数据库(第二部分) 第三章:序列比较(第一部分) 3.1 认识序列 3.2 序列相似性 3.3 替换记分矩阵 3.4 序列两两比较:打点法 3.5 序列两两比较:序列比对法 3.6 一致度和相似度
第三章:序列比较(第二部分) 第三章:序列比较(第三部分) 3.9 多序列比对介绍 3.10 在线多序列比对工具 3.11 多序列比对的编辑和发布 3.12 寻找保守区域
第四章:分子进化与系统发生 4.1 进化的故事 4.2 基本概念 4.3 系统发生树 4.4 系统发生树的构建 4.5 MEGA7构建NJ树 4.6 课后甜品
第五章:蛋白质结构预测与分析(第一部分) 5.1 蛋白质的结构 5.2 蛋白质的二级结构 5.3 蛋白质的三级结构 5.4 三级结构可视化软件VMD
第五章:蛋白质结构预测与分析(第二部分) 5.5 计算方法预测三级结构 5.6 三级结构的比对 5.7 蛋白质分子表面性质
第五章:蛋白质结构预测与分析(第三部分) 5.8 获取蛋白质四级结构 5.9 蛋白质-蛋白质分子对接 5.10 蛋白质-小分子分子对接 5.11 虚拟筛选与反向对接 5.12 分子动力学模拟
第六章:高通量测序技术及应用 6.1 基因组学与测序技术 6.2 高通量测序技术在精准医学中的应用 6.3 生物信息学面临的挑战 6.4 从头测序 6.5 重测序 6.6 转录组测序 6.7 表观基因组学 6.8 猛犸象基因组测序计划 6.9 古基因组学面临的挑战 6.10 古基因组学研究中的生物信息技术
第七章:统计基础与序列算法 7.1 贝叶斯公式及其生物学应用 7.2 二元预测的灵敏度和特异度 7.3 基本序列算法
第八章:数据挖掘 8.1 什么是数据挖掘 8.2 数据库系统 8.3 机器学习 8.4 WEKA
第九章:编程基础与网页制作(第一部分) 9.1 Linux操作系统 9.2 Linux基本命令 9.3 Perl语言基础入门 9.4 Perl语言基础高级
第九章:编程基础与网页制作(第二部分) 9.5 前端开发和HTML介绍 9.6 HTML常用标签 9.7 设计简单的网页 9.8 HTML与CGI简单交互
可以看到,基本上是围绕着生物信息学早期概念而展开的,现在流行的NGS测序,以及各种的组学技术都没有涉及。 参考资料
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