【原】3D的火山图我也是第一次见

大量的NGS队列都是肿瘤研究领域，比如乳腺癌领域的复旦邵志敏团队TNBC队列，肺癌领域的吴一龙教授团队的队列，以及新加坡国家癌症中心的东亚肺腺癌（EAS LUAD）列队，动辄经费百万起步。

但是我一直在纳闷，为什么都是肿瘤学大佬呢，ngs组学也可以应用于其它疾病啊，心血管疾病，糖尿病啥，最近搜文献无意中发现了一个类风湿关节炎，Rheumatoid Arthritis (RA) 的队列研究。

这个队列研究发表在Cell Rep. 2019 Aug ，文章题目是；《Molecular Portraits of Early Rheumatoid Arthritis Identify Clinical and Treatment Response Phenotypes》，队列全称是：Pathobiology of Early Arthritis Cohort (PEAC).迅速浏览全文的时候，居然看到了一个3D的火山图，如下所示：

3D的火山图

确实很有意思，火山图的本质并没有变化，这个时候竖着的不是Y轴，而且Z轴，但是竖着的仍然是P值的-log10转化形式,也就是说，在Z轴上面的基因统计学更显著。然后在2D火山图的X轴，在3D火山图里面变成了X,Y轴组成的平面，以前只需要表示一个差异分析场景的logFC，现在需要表示3次差异分析的logFC啦。

Lympho-myeloid, diffuse-myeloid, and pauci-immune fibroid vectors are mapped to 3 axes lympho-myeloid (L), diffuse-myeloid (M), and pauci-immune fibroid (F) using polar coordinates in the horizontal plane.

我觉得这个3D的火山图并不好

其实是3个分组，三次差异分析，理论上各自的差异分析分析结果可以两两比较，也就是3个比较而已，看logFC图，或者差异基因交集的韦恩图都没有问题。但是这个3D的火山图就很让人费解，虽然是作者也单独把X.Y轴的平面拿出来了，也能看得出来部分基因在哪两次差异分析里面达到了统计学显著。

 

虽然说这个3D的火山图我不喜欢，但是这篇文章仍然是有很多图表都可圈可点，建议大家花时间下载读一下，文章题目是；《Molecular Portraits of Early Rheumatoid Arthritis Identify Clinical and Treatment Response Phenotypes》