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我如何从生物科学到生物信息

 健明 2021-07-14

今天带来他的从生物科学到生物信息故事的小伙伴是李姜,我的荆州老乡,嘻嘻! 

他有一个很有意思的博客(ronleecww.cn)复制粘贴此网站地址到浏览器打开即可查看

下面是李姜的分享

最后的结果

喜迎分割线,已获得HK生物信息全奖PhD offer两个,已选择其中一个,期待接下来四年的PhD工作生涯。

为什么要写这篇文章

最近经常有很多生科的朋友私信我说想转行生物信息,但是对于如何转以及需要哪些前提准备尚不明确,由于最近忙着申请学校和毕业论文无法一一答复,这里写一篇文章来详细阐述一下我从2016年到现在的经历,以及中途遇到的一些问题和自己总结的经验,和大家分享一下。具体以时间顺序进行。

本人基本情况

本科:华中农业大学,生物科学理科基地班

硕士:华中农业大学,生物信息(保研)

其他情况:雅思7.0,SCI一区一作一篇,SCI二区二作一篇,一次研究生国家奖学金,三次一等学业奖学金,两次三好学生,参加过新加坡国立大学暑期Workshop,和深圳某研究院联培数月

转生信的前夜

萌生转生信的时间是2016年春节前。之前大二暑假在某生物湿实验室已经工作两个月,发现自己身心俱疲,觉得这么做实验完全不是自己想要的生活,以后的发展也完全差强人意。大三上就已经完全不上本专业的专业课(只求过就行,后来后悔了,导致GPA不是很给力,留学申请很吃亏),然后一心学习Java,学习了半年之后,发现需要为自己的后路考虑,后来在同学 张达翰的推荐下考虑了生物信息,恰好我校生物信息还是很强势的,遂在大年初二我生日当天给现在的导师发了邮件,然后5分钟不到老师就回了我邮件(感激~~),和我约定时间去他办公室交流并参加组会,就这样我半只脚踏进了生信的门。

正式进入实验室

2016年春节后和导师相谈甚欢,并顺利进入实验室进行相关的科研训练,成了本科班上第二个吃螃蟹的人。大三下就天天泡在实验室里面,看文献学习相关知识。后来实验室管理网站的师兄马上要毕业,需要有个人来接替他的工作,刚刚好我是实验室第二个会写一点HTML和CSS还有JavaScript的,于是我为了接师兄的班学了半年的PHP+MySQL,把基础知识学习之后就开始学各种PHP框架并学着编写自己的框架,Linux作为PHP和生物信息的交集那是肯定不能落下的。后期大三下也学了一段时间的Python和R的基础,大多数时间都还是在PHP+MySQL上下功夫,具体的生物信息的东西还没有很深入了解。

大三上完绝大部分课程之后,大四开学不久便获得了保研资格(生科院名额多),基本处于保研的尾巴,保研就是根据你的GPA排名然后接受你的老师的推荐信,通过你所在学院审核通过即可,和保研本专业没有任何区别,区别就是你要换专业。大四就开启了最忙的模式,整整一年都处在上课-考试-课题-毕设的循环当中。在大四做课题的时候,非常感谢实验室的博士师姐对我的悉心指导和帮助,我对生信的理解和文本处理等都是师姐手把手教出来的,当时做的是药物重定位那一块,涉及相关数据挖掘和机器学习内容,这为我后来的课题和深入方向奠定了基调。

因为前期大部分时间需要处理文本数据,于是我学习了Python的部分内容,后期主要是我们实验室的老师统计出身,做机器学习用的都是R语言,所以为了尽快融入课题我把R深入学习了一年左右,包括数据分析,挖掘,可视化,建模和rmarkdown,没事就在kaggle或者github上看别人写的优秀代码然后学习过来,现在也在学着编写自己的R包。

研究生的生活

大部分时间都是在做课题,课题都是老师指定,然后是博士师兄师姐包括导师的小老板带着我们做的,这三年期间做过各种数据库,玩过预测模型,做过生物标志物开发和部分精准医疗项目。感觉自己大部分时间都是偏向Applied Machine Learning & Bioinformatics那一块,也很想做一个开开心心的生物信息码农,即偏向开发软件和在线服务。当然各种浪也没有落下,英语也是一直在学习当中,后来有幸靠着自己还可以的英语拿到了新加坡国立大学的夏令营offer,在也接待过各种国际会议的老师和学生,写了一个完全属于自己的网站和博客,更重要的是收获了自己的女票,这些都是在研究生这几年期间完成的。

在学习不少新东西的时候,也参照生信技能树学到了不少新知识,尤其是B站上的视频,为我探索全新领域提供了路径和思路,本身我做的东西是不那么偏向于特定数据和数据库,生信技能树的视频让我很快的入门了诸如TCGA和GEO数据集,同时2020年能够认识Jimmy也是一大快事,希望博士期间能和Jimmy多交流生信和科研方面的经验。

转行的准备

  1. 提升自己的英语水平,最好用雅思托福来衡量
  2. 尽可能的联系相关老师,最好进入实验室学习。切记找一个靠谱的老师,不要饥不择食
  3. 学习基本的计算机知识,如Python,Linux和R
  4. 可以初步了解一下生物信息的基本知识,如相关数据库的使用,测序文件格式
  5. 找准自己喜欢的细分方向。生信方向太多,你需要一一甄别找到自己感兴趣的
  6. 能保研最好,这样你会比别人多出一年的时间学习和入门

结语

以上是我转行生信的全部历程,仅供大家参考。具体还希望大家根据自身的实际情况进行调节和选择,一切跟着自己的兴趣走。最后祝各位早日踏入生信的大门,发文章发到手软。

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