主要是 (CTC)-derived xenografts (CDXs) ，听说过是技术难度很高！ 首先是突变全景图很突兀，也很诡异如下： 全文反正也没有提到如何测序，是WGS,WES还是说仅仅是 panel，没有突变数据分析的描述，仅仅是提到了BWA和VARSCAN软件而已，也不上传数据。这样的话，我们只能是假设研究者没有造假咯！ 反正没有数据可以下载，而且作者描述的也超级简陋，做啥图表复现都不可能额！ 单细胞呢，好像缺一个样品！！单细胞的实验环节，正文里面说的倒是很清楚，是目前主流的10X商业化仪器的数据 ： Sorted cells were washed once with 0.04% bovine serum albumin in phosphate-buffered saline and counted on a Countess II automated cell counter (Thermo Fisher Scientific). A total of 12,200 cells were loaded per lane on the 10× Chromium platform and processed for complementary DNA synthesis and library preparation, per the manufacturer’s protocol using version 2 chemistry. Complementary DNA and libraries were checked for quality on an Agilent 4200 TapeStation and quantified by KAPA quantitative PCR before sequencing on a single lane of a HiSeq 4000 (Illumina). 数据分析细节如下： 完全没办法接受研究者的阈值，居然是表达的基因数量少于3000的细胞直接就过滤了！！！这个是10X商业化仪器的数据 啊~~~ 而且明明是8个单细胞转录组的 CDXs 数据 ，正文也写了；t-SNE analysis of eight CDXs. 结论是：Cells from each CDX were more similar to themselves than to other models. 但是上传的数据呢，缺失那个 HCI开头的样品：
反正我找了很久，都是看不到的！ 这8个单细胞转录组数据的独立聚类分群如下： 这些分析都超级简单，基本上单按照细胞基础10讲
一步步分析即可！ 虽然原始数据可以在EBI下载原始数据，但是缺关键信息根据 https://www.ncbi.nlm./geo/query/acc.cgi?acc=GSE138267 可以拿到ebi数据库链接，链接是：https://www./ena/browser/view/PRJNA575243 如下所示，每个单细胞样品，都仅仅是提供了一个fastq文件： 其实前面我们提到过，10X的单细胞转录组原始数据的话， 比较特殊，它的测序文库中包括index、barcode、UMI和测序reads。
作者仅仅是提供一个fastq文件，基本上可以定论，这样的数据没意义了。但是为了让我们的结论更保险，我还是亲自下载看看，可以参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 需要自行配置好，然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件。这里演示一个数据的下载即可： conda activate download花了半个小时下载了这个接近 20G的数据，看了看前面的一点点： @SRR10211573.1 K00384:78:HLM37BBXX:3:1101:27630:1261/2很正常的转录本reads数据信息，但是缺Barcode文件信息。假如作者提供的10x数据是合格的，就可以走我们的流程即可，参考我在《生信技能树》的教程：cellranger更新到4啦（全新使用教程）
但是这个两年前的系列笔记是基于V2,V3版本的cellranger，目前呢它更新到了版本4，建议以我的最新版教程为准，在《生信技能树》的教程：cellranger更新到4啦（全新使用教程） 唯一可利用的居然是表达矩阵作为学徒作业吧，大家进入 https://www.ncbi.nlm./geo/query/acc.cgi?acc=GSE138267 下载全部的表达矩阵，走一下文章里面的聚类分群看看，重复性如何！ 每个样品都是一个独立的压缩包，都是3个文件，如下： 走我们一直强调的10X数据处理全套代码即可。 检查是不是缺失一个样品，是不是表达的基因数量少于3000的细胞之间就过滤了？ 写到最后如果你也想开启自己的生物信息学数据处理生涯，但是自学起来困难重重，还等什么呢，赶快行动起来吧！参加我们生信技能树官方举办的学习班：
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