【原】一个基因可以在不同癌症分别发挥抑癌和促癌作用

看到了一个综述，标题是 ：《ID4 controls luminal lineage commitment in normal mammary epithelium and inhibits BRCA1 function in basal-like breast cancer》，提到了：Inhibitor of differentiation (ID) 基因家族的ID4这个基因的两面性，如下所示：

首先，ID4这个基因在正常的前列腺组织里面是高表达的，在前列腺癌症组织里面表达量会降低，而且是随着癌症进展而逐渐降低的，是一个非常标准的抑癌基因失活的例子。

ID4这个基因的两面性

但是在膀胱癌里面，是原癌基因的角色，它要么在肿瘤组织里面高表达要么拷贝数会扩展 ：

 

我相信这样的基因数量不在少数，它们在TCGA数据库的不同癌症里面，有完全相反的趋势。

首先作为一个简单的学徒作业，针对ID4这个基因去TCGA数据库看看BLCA和PRAD两个数据集里面它是不是表现迥异，而且看看是否有癌症分级的变化趋势。算是对这个综述的一个验证！

然后提出一个高阶学徒作业，去看TCGA数据库的全部肿瘤数据集，把基因根据在各自肿瘤和对照表达差异降低或者升高二分类，选择那些在全部癌症都是高表达的基因，以及在全部癌症都是低表达的基因，还有那些一半一半的基因，这3个基因列表拿去做GO和KEGG数据库注释。

推荐看一个综述：Tumor Suppressors Having Oncogenic Functions: The Double Agents

其实就是TCGA数据库的全部肿瘤数据集，都是可以分成肿瘤组和对照组，进行简单的差异分析即可，我的要求也不高哦！

差异分析相信大家都不陌生了，基本上看我六年前的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文即可；

• 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够
• 解读SRA数据库规律一文就够
• 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够
• GSEA分析一文就够（单机版+R语言版）
• 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的
• 差异分析得到的结果注释一文就够