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绝对定量转录组是什么?

 生物学渣 2021-09-10

常规转录组测序由于文库PCR扩增偏好性,所有序列并不会被同比例放大,因而造成测序定量结果与样本中转录本的原始丰度不一致,导致差异基因筛选不准确(图1)。这也是造成qPCR验证测序结果不一致的主要原因。绝对定量转录组测序,采用主流UMI标记技术[1,2,3],通过UMI标记每一条序列,可以消除PCR扩增偏好对定量的干扰,真实反映样本中转录本的表达丰度(图2)。在文库PCR扩增和测序过程中难免会引入错误的碱基,具有相同UMI标记的序列可以基于多序列比对来纠正PCR扩增和测序过程中引入的错误,确保获得转录本的真实序列(见图3)。 

图1 PCR扩增产生的duplication显著干扰准确定量

图2 UMI标记技术消除duplication干扰

图3 UMI标记技术纠正序列错误

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