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ceRNA研究案例(一)

 外科黄文斌 2021-09-12

一、调控通路:

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在细胞的自我更新过程中,转录因子nanog、sox2和oct4促进Lnc-ROR的表达,之后Lnc-ROR作为miR-145的内源性海绵吸附体,促进转录因子nanog、sox2和oct4的表达。

二、实验流程:

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作者首先使用RNAFISH实验技术检测未分化和分化细胞中的LncROR的表达和分布说明LncROR与细胞分化有关,然后研究LncROR的调控机制。作者用WB实验检测ROR过表达/敲低后的OCT4等蛋白的表达来说明LncROR对蛋白表达的影响,然后通过荧光素酶实验检测miR-145OCT4mRNA的关系和miR-145ROR的关系。Q-pcr检测ROR敲低后的miR-145前体和成熟体的表达说明RORmiR-145表达的影响,随后对miR-145LncROR敲低检测OCT4等的表达验证RNA对靶标的影响。此外,作者通过检测OCT4等敲低检测LncROR的表达和CHIP实验来说明OCT4等蛋白促进LncROR表达。

三、核心FIGURE:

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Figure1说明的是OCT4、Nanog、SOX2促进LncROR的表达。

A、先用Q-PCR分别检测OCT4和Nanog敲低后的LncROR的表达,然后用CHIP实验检测与OCT4、Nanog、SOX2结合的DNA片段,结果表明OCT4、Nanog、SOX2结合到LncROR启动子上促进LncROR的表达。

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Figure2 说明的是LncRNA ROR通过与miRNA的海绵吸附作用,促进OCT4、Nanog、SOX2的表达。

A、分别Q-PCR和WB检测LncROR过表达和敲低后的OCT4、Nanog、SOX2的表达,结果表明LncROR与OCT4、Nanog、SOX2的表达正相关。

B、miRNA与OCT4、Nanog、SOX2以及LncROR结合能力的检测,以miR-16-5b为阴性对照,结果表明几种miRNA与OCT4、Nanog、SOX2、LncROR的结合能力很高。

C、荧光素酶活性检测miRNA与OCT4、Nanog、SOX2、LncROR的关系,结果表明miRNA抑制OCT4、Nanog、SOX2、LncROR的表达活性。

D、荧光素酶活性检测miR-145结合LncROR结合的位点。

E、荧光素酶活性检测LncROR诱导的OCT4等基因的3’-UTR与miR-145的关系,结果表明miR-145抑制蛋白的表达,而LncROR会降低miR-145的抑制作用。

G-H、Q-pcr检测miR-145初始转录本、miR-145前体和成熟miR-145的表达水平,结果表明LncROR影响miR-145的表达。

I、通过miR-145和LncROR的敲低检测OCT4、Nanog、SOX2,结果表明miR-145负调控OCT4、Nanog、SOX2,LncROR正调控OCT4、Nanog、SOX2。

本公司可提供的技术服务

 本公司可进行以上类似实验的实验设计及整体实验外包项目,包括q-pcr、WB、慢病毒稳转株的建立(过 表达/敲低)、luciferase Assay、CHIP、,其中CHIP、luciferaseAssay为本公司主营项目。

一、CHIP实验技术CHIP实验主要研究蛋白与DNA之间的关系

例如:

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用目的基因蛋白抗体钓取与之结合的DNA片段,然后用Lnc-ROR启动子区引物进行q-pcr检测基因启动子区的结合蛋白。本实验说明在细胞自我更新中OCT4、Nanog、SOX2结合到Lnc-ROR启动子上。

二、荧光素酶活性实验(luciferase Assay:检测microRNA与靶标基因3’-UTR的关系。

例如:

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通过构建miR-145表达质粒和靶标基因3’-UTR荧光素酶报告质粒双转染细胞株,用LncROR诱导检测荧光素酶活性,结果明了miR-145抑制蛋白的表达,而LncROR会降低miR-145的抑制作用。

参考文献:Yue Wang, Zhenyu Xu,Junfeng Jiang,et al.Endogenous miRNASponge lincRNA-RoR Regulates Oct4, Nanog, and Sox2

in Human EmbryonicStem Cell Self-RenewalJ.Developmental Cell2013, 25, 69–80

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