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今天是第1939期日报。 Science子刊：高盐饮食或能增强抗肿瘤免疫Science Advances[IF:14.136] ① 用高盐饮食（HSD）喂养黑色素瘤荷瘤小鼠，能诱导NK细胞介导的肿瘤免疫、延长生存，伴随PD1表达下调、IFNγ和血清马尿酸盐上调；② 低盐饮食能增强非最佳剂量的抗PD-1治疗的抗肿瘤效果；③ 抗生素处理会削弱HSD的抗肿瘤作用，移植HSD喂养小鼠的粪菌能恢复与NK细胞功能相关的肿瘤免疫；④ 机制上，HSD提高双歧杆菌丰度，同时增加肠道通透性，导致双歧杆菌移位至肿瘤内，从而增强NK细胞功能；⑤ 瘤内注射双歧杆菌能活化NK细胞，从而抑制肿瘤生长。 High-salt diet mediates interplay between NK cells and gut microbiota to induce potent tumor immunity 【主编评语】高盐饮食（HSD）能调节T细胞功能，促进自身免疫病中的组织炎症。然而，HSD对肿瘤免疫的影响，以及肠道菌群在其中的作用，尚不清楚。Science Advances近期发表研究，在小鼠模型中进行了探索了，发现HSD能通过调节肠道菌群来诱导NK细胞介导的抗肿瘤免疫，双歧杆菌可能在其中有关键作用。这些发现或为癌症治疗带来新启示。（@mildbreeze） 刘占举+李明松：丁酸抑制中性粒细胞功能，改善肠炎Gut Microbes[IF:10.245] ① 丁酸显著抑制IBD患者中性粒细胞生成促炎细胞因子、趋化因子和钙卫蛋白；② 丁酸通过抑制HDAC来抑制中性粒细胞产生促炎介质；③ 丁酸还抑制患者中性粒细胞的迁移、减少中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）的形成；④ RNA测序分析表明，丁酸对IBD中性粒细胞的免疫调节作用涉及白细胞的激活、固有免疫反应的调节和氧化应激反应；⑤ 口服丁酸通过抑制中性粒细胞促炎介质和NETs形成，显著改善DSS诱导的小鼠结肠炎的肠粘膜炎症反应。 Microbiota metabolite butyrate constrains neutrophil functions and ameliorates mucosal inflammation in inflammatory bowel disease 【主编评语】上海市第十人民医院刘占举、广州医科大学附属第三医院李明松与团队，近期在Gut Microbes发表研究，报道了菌群代谢产物丁酸对炎症性肠病（IBD）患者的中性粒细胞的免疫调节作用，以及对结肠炎模型小鼠的保护性作用，并揭示了相关生物学机制，为治疗IBD提供了新见解。（@mildbreeze） 陈卫+李明锟+陆文伟：主食、民族、城市化等因素如何影响中国人的肠道菌群NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:7.29] ① 分析中国8个民族、28个省份、63个市县的2678名健康志愿者的粪便菌群；② 中国人群的菌群中厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和放线菌门丰度最高，聚类可分为四种肠型：普氏菌属富集、拟杆菌属富集、埃希氏菌属富集型、混合型；③ 地理因素可最多地解释菌群差异，以小麦为主者相比以大米为主食者，有更多的S-腺苷-L-甲硫氨酸生物合成或葡聚糖-1,3-β-葡萄糖苷酶的基因；④ 城市化会降低个体内多样性、增加个体间多样性，并增加拟杆菌属肠型比例。 Chinese gut microbiota and its associations with staple food type, ethnicity, and urbanization 【主编评语】江南大学的陈卫院士、陆文伟和中国科学院北京基因组研究所李明锟与团队在NPJ Biofilms and Microbiomes上发表的一项最新研究，对我国不同地区、不同民族的2678名健康志愿者的粪便菌群进行分析，同时收集记录地理、人口、饮食、城市化、生活方式和采样月份等信息，鉴定出了中国人群肠道菌群的4种肠型，并分析了地理区域、主食类型及城市化等不同因素对肠道菌群的影响。（@aluba） 昆明理工大学：帕金森病猴模型的肠道菌群及代谢产物特征NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:7.29] ① A53T转基因恒河猴表现出早期帕金森病症状，包括焦虑及认知障碍；② A53T转基因恒河猴的肠道菌群多样性更高，Sybergistetes、Akkermansia及迟缓埃格特菌的丰度高于对照猴，而普氏菌属减少；③ A53T转基因恒河猴肠道中的甘油酸、L-天冬氨酸、对羟基苯乙酸水平显著高于对照猴，而肉豆蔻酸及3-甲基吲哚的水平降低；④ A53T转基因恒河猴的代谢通路中，GAPDH及氧化磷酸化反应显著增加，可能导致线粒体负荷的增加。 Gut microbiota and metabolites of α-synuclein transgenic monkey models with early stage of Parkinson's disease 【主编评语】昆明理工大学的司维、郑云和季维智与团队在NPJ Biofilms and Microbiomes上发表的一项最新研究，开发了一种可表现出焦虑及认知障碍等早期帕金森病症状的A53T转基因恒河猴模型，并对其肠道菌群及代谢产物进行了分析。（@aluba） 抗生素使用时长不影响抗生素耐药基因的丰度EBioMedicine[IF:8.143] ① 纳入45名使用抗生素进行治疗的患者（23名使用抗生素7天，22名使用抗生素14天）及11名对照；② 在第30天，使用抗生素7天的患者与使用抗生素14天的患者的抗生素耐药基因丰度无显著差异；③ 相比于对照，患者的粪便细菌多样性及聚类无显著差异，但在第14天，患者的粪便菌群物种多样性显著降低；④ 相比于对照及使用抗生素7天的患者，在治疗期间及治疗后，使用抗生素14天的患者的粪便噬菌体含量显著降低。 Effects of antibiotic duration on the intestinal microbiota and resistome: The PIRATE RESISTANCE project, a cohort study nested within a randomized trial 【主编评语】来自EBioMedicine上发表的一项前瞻性队列研究结果，对45名接受抗生素治疗的患者及11名对照的粪便菌群及耐药组进行分析，发现抗生素使用时长（7天或14天）并未影响抗生素耐药基因的丰度，也不影响肠道菌群的多样性，但可能影响肠道噬菌体的含量。（@aluba） 酿酒酵母CNCM I-3856的多靶向益生特性Gut Microbes[IF:10.245] ① 采用TIM-1和M-SHIME（使用6名健康人的粪样）肠道模型，研究益生酿酒酵母CNCM I-3856与产肠毒素大肠杆菌ETEC H10407的互作；② CNCM I-3856在两种系统中均不直接抑制ETEC的生长；③ 但可造成ETEC细胞膜损伤，抑制其黏附及定殖因子、肠毒素相关基因表达以及降低肠毒素水平；④ M-SHIME系统中，CNCM I-3856改善肠道菌群结构，提高不同生境乳杆菌及双歧杆菌丰度，并防御ETEC感染；⑤ CNCM I-3856处理刺激结肠短链脂肪酸及回肠乙醇产生。 Multi-targeted properties of the probiotic CNCM I-3856 against enterotoxigenic (ETEC) H10407 pathogenesis across human gut models 【主编评语】Gut microbes上发表的文章，采用TIM-1和M-SHIME两种不同的肠道模型研究益生酿酒酵母CNCM I-3856的抗产肠毒素大肠杆菌（ETEC）特性和机理。（@solo） 衰老对消化道不同部位菌群的影响Gut Microbes[IF:10.245] ① 收集3个年龄段的59名中老年（40-85岁）健康人的唾液、粪便以及上、下消化道（UGIT、LGIT）样本，对腔内和黏膜相关菌群组成的变化进行全面表征；② 菌群组成表现出强烈的个体间变异，UGIT、LGIT和粪便样本之间有明显的区别；③ 衰老对菌群的影响从唾液到UGIT再到LGIT不断增强，而粪便菌群受衰老的影响较小；④ 因此在研发改善衰老的菌群干预方法时，应纳入黏膜菌群的数据，而不能仅依靠粪便菌群数据。 Impact of healthy aging on active bacterial assemblages throughout the gastrointestinal tract 【主编评语】Gut Microbes近期发表研究，探索了全消化道（3个位置）和粪便的菌群随人体衰老的变化，重点关注了黏膜菌群，相关发现为研究菌群与衰老的关系提供了新线索。（@mildbreeze） 国内团队：好好吃饭能降低大肠癌风险Frontiers in Nutrition[IF:6.576] ① 饮食因素是结直肠癌死亡和DALY率的主要原因，其分别可解释全球结直肠癌死亡和DALYs的32%和34%，全谷物、牛奶、钙的低摄入和红肉高摄入是疾病负担的主要饮食风险因素；② 从1990至2019 年，与饮食相关的结直肠癌的死亡人数和 DALYs 增加了一半，男性的年龄标准化死亡率等ASRs指标均高于女性；③ 由于饮食风险，亚洲尤其是东亚的结直肠癌负担最高，中国一直是饮食风险导致的结直肠癌死亡人数和 DALYs 最高的国家，其次是美国、印度和日本。 Dietary Risk-Related Colorectal Cancer Burden: Estimates From 1990 to 2019 【主编评语】近日抗癌博主“阿健要努力活着”因直肠癌离世，年仅30多岁，让人惋惜，确诊直肠癌后他在短视频记录了自己一年多的变化，从正常体重逐渐变得形销骨立。近期浙江大学医学院附属第一医院代志军和暨南大学附属第一医院吕军作为共同通讯作者在Frontiers in Nutrition发表的一项研究根据全球疾病负担研究（GBD）2019的数据，探究与饮食因素相关的结直肠癌负担的地理和时间变化趋势，结果表明更有针对性的干预措施以解决可改变的饮食风险因素，将显著降低结直肠癌死亡和伤残调整寿命年（DALYs）。主编推荐《中国居民膳食指南》“红宝书”可作为我国普通居民健康饮食的重要参考。（@临床营养Dr.Chen） 国内团队Cell子刊：CRISPR引导的细菌靶向遗传筛选系统Cell Reports[IF:9.423] ① ShCAST系统介导的转座子筛选是一种强大而可靠的必需基因鉴定方法；② Cas12k 引导的转座酶介导微生物中的位点特异性转座；③ 本研究使用 Cas12k 引导的转座酶开发了基因组工程方法 STAGE，可用于基因型-表型关系的高通量分析；④ 在铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌为材料的的实验中，实现了高通量的突变体构建；⑤ 该研究的亮点还包括基于 STAGE 的转录因子突变文库的生成，必需基因和抗生素抗性相关因素的鉴定。 Targeted genetic screening in bacteria with a Cas12k-guided transposase 【主编评语】近日，中山大学骆观正课题组与上海科技大学季泉江课题组合作，在Cell Reports期刊发表了题为“Targeted genetic screening in bacteria with a Cas12k-guided transposase”的研究论文，开发了名为Site-specific Transposon-Asisted Genome Engineering (STAGE)的新方法，该方法允许在多种微生物（例如铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌）中进行高通量的Cas12k介导的基因敲除筛选。（@刘永鑫-中科院-宏基因组） 感谢本期日报的创作者：mildbreeze，王新宇，Johnson，aluba，DMG-Quasimodo，临床营养Dr.Chen，刘永鑫-中科院-宏基因组 |
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