要从已有的差异基因(DEGs)所组成的Network里,找出可能研究的课题,这个其实并不难,只需要你明白,你要研究的方向是什么,下游的明星基因需要研究的是什么?那就需要这样的工具了: 胡椒~这个也是CytoScape的一个App: 和昨天的路径连接器不一样的是,胡椒是通过引入一个明星分子作为钓饵(Bait)来分析已知的Network与其的关系的: 操作起来还是很方便的,首先输入一个从STRING上做好的Network图: 然后用细胞胡巴(前几天刚讲过),来找出一其中的关键分子,因为庞大的DEGs中,只有处于关键位置,也就是度中心性和介数中心性较高的基因(不要再问我啥是介数中心性了哈,这个之前专门给你们讲过,平时不看怪谁呢),才有可能是起到作用的关键基因: 接着调出“胡椒”,选择需要分析的Bait,也就是钓饵,这个我就随便写了个TP53: 然后把关键基因,都选择为下游需要连接的蛋白Nodes。 点击分析,就会出结果了: 绿色的边(Edge)代表了原有的Network中的边(Edge),红色的边(Edge)代表的是Bait引入的Network。按照关系的远近,以及引入情况,可以进行整合: 差不多结果图就是这样的: 可以看得出来TP53可能会通过这三个蛋白(六边形的),对原有的Network起到了调控作用。 你选择的Network中Node多一点的话,形成最后的结果也会很多很复杂,再用3D插件整个活,就会变成这样: 所以在最初的过程中,需要选择尽量少的HubGene,才能更好地分析结果,好了,有兴趣就自己去试试吧。想要知道啥是胡椒的话,可以自己去CytoScape上下搜一下。或者在评论区进行评论,就发给你们地址。实在不行就回复“公克”(不要在评论区回复),要么就直接星球上见(当然,进不去也无所谓)。好吧,今天就先给你们策到这里吧,祝你们心明眼亮。 封面:乡村爱情 https://pic.sogou.com/ 是不是看不懂这些信号通路?来了!终于来了!(现在出版的是第一季,包含12条信号通路,后续还会出三季哦……) 每条信号通路配有一篇对应SCI文章的解读,由表及里…… 《信号通路是什么“鬼”?》开始预售了! 已经陆续发货,原价98.8,预售期间八折优惠。为你详解12条常见信号通路,全书200页,全彩页! 有金属书签,藏书票都是彩蛋有关的物件。彩蛋已经开启了…… 所以,你们想要么? |
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