【原】甲基化捕获测序能否替代450K

任何一个新技术，在蓬勃发展的过程中肯定是少不了大量的测评研究，从技术细节，平台， 软件工具算法多个维度的对比探索。

发表于 Epigenetics . 2016; 链接 https://pubmed.ncbi.nlm./26786415/，文章标题是：《Comparison of Methyl-capture Sequencing vs. Infinium 450K methylation array for methylome analysis in clinical samples》，随着 甲基化技术的深入人心， epigenome-wide association studies (EWAS)  时代到来了，但是临床上的EWAS研究要求成本可控，而且样品DNA起始量低，但是红极一时的450K芯片不尽人意，所以研究者们想试试看Methyl-Capture Sequencing (MC Seq) 能否替代450K。

首先遍历一下其它相似技术的缺点

甲基化技术里面，whole-genome bisulfite conversion (WGBS) 是金标准，但是价格昂贵，数据处理消耗计算资源，而Reduced- representation bisulfite sequencing (RRBS) 和Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing (MeDIP-Seq),都是片面的，只有 MC Seq 克服了它们其它这些技术的缺点：

• lower genome coverage (Infinium 450K),
• high cost and processing time (WGBS),
• overrepre- sentation of repeated (RRBS)
• methylated regions (MeDIP- Seq).

设计实验来评估

主要是采用 SureSelect Human Methyl-Seq panel (Agilent Technologies) 这个平台做  Methyl-Capture Sequencing (MC Seq)  ，纳入7个样品 ：

 

技术指标是都超级好！

首先它自己内部的重复性很好，其次它不同DNA起始量差异也不大。最重要的是它跟最流行的450K基本上也没有差异，如下所示：

 

可以从以下5个点来比较 (MC Seq vs. Infinium 450K)  是否值得被选用做EWAS研究 ：

• (i) desired genomic coverage (MC Seq has higher density of CpGs, and hence higher coverage of variable sites);
• (ii) expected inter-group differences in methylation or sensitivity desired (Infinium 450K has higher sensitivity for subtle variations in methylome);
• (iii) cost (Infinium 450K has lower cost)
• (iv) coverage of methylation sites in non-CpG context (MC Seq has a higher capacity).
• The fifth factor for consideration is whether an investigator wishes to customize and specify methylation sites of interest, which can be only done through bait design in MC Seq.

有意思的是作者并没有公布数据，这样的结论很难让人信服啊！难道不能是两个公司打架：

• Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChips (Illumina Inc., CA, USA)
• SureSelect Human Methyl-Seq panel (Agilent Technologies)

甲基化技术多如牛毛，我们目前仅仅是提供甲基化芯片数据处理系统性教程。

甲基化背景知识

甲基化测序的 WGBS和RRBS，还有 芯片是最高频的甲基化技术，其中甲基化芯片数据处理我是有视频课程的，首先需要阅读我在生信技能树的甲基化系列教程，目录如下：

• 01-甲基化的一些基础知识.pdf
• 02-甲基化芯片的一般分析流程.pdf
• 03-甲基化芯片数据下载的多种技巧.pdf
• 04-甲基化芯片数据下载如何读入到R里面.pdf
• 05-甲基化芯片数据的一些质控指标.pdf
• 06-甲基化信号值矩阵差异分析哪家强.pdf
• 07-甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码.pdf
• 08-TCGA数据库的各个癌症甲基化芯片数据重新分析.pdf
• 09-TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析.pdf
• 10-TCGA数据辅助甲基化区域的功能研究.pdf
• 11-按基因在染色体上的顺序画差异甲基化热图.pdf
• 850K甲基化芯片数据的分析.pdf
• 使用DSS包多种方式检验差异甲基化信号区域.pdf

然后就可以看我在B站免费分享的视频课程《甲基化芯片（450K或者850K）数据处理 》

• 教学视频免费在：https://www.bilibili.com/video/BV177411U7oj
• 课程配套思维导图：https:///doc/1cwlFgcXMg