这篇NC文章的figureS2展现的是样本的信息图,官方的说法是样本时间序列图,很多临床样本在SCI文章中的展示都是采用这种形式。但是这个图并不仅仅可以用于临床样本的展示,在实践中,做动物的,不同时间点做处理的也可以考虑这样做,重点是自己动脑子。 那么如何实现这个图呢?我们看本质,这个图的本质是柱状图,所以从这里入手,再修饰。画图还是用ggplot2。 由于文章中没有提供具体数据,所以我自己虚构了数据,主要是为了演示。 setwd("D:/生物信息学") A <- read.csv("A.csv",header = T) library(ggplot2) library(paletteer) 首先,画基本柱状图,将两部分柱状图画出来! p <- ggplot(A, aes(x=end, y=Sample,fill=stage)) + geom_bar(stat="identity",position="stack")+ scale_fill_manual(values = c("#FF6633","#3366CC"))+ labs(title = "Asymptomatic", y="", x = "Time (Days)")+ theme(panel.background =element_blank())+ theme(axis.line=element_line(colour="black", size = 0.5)) p 之后,再用geom_point将点加入到柱状图上! p1 <- p+ geom_point(aes(x=mRNA, y=Sample), color="#3da742", size=3.5, shape=21,stroke = 2,fill="yellow") geom_point(aes(x=protein, y=Sample),color="red",size=3.5, shape=24,stroke = 2,fill="grey") p1 但是做到这里这个图形还是与文章不同,好像是坐标轴和字体,我们进行修改下,将y轴靠近柱状图,最终效果如下。 p2 <- p1 + theme(axis.title = element_text(face = "bold"), plot.title = element_text(face = "bold"), legend.title = element_text(face = "bold"))+ scale_x_continuous(limits = c(0,60),expand = c(0,0))+ theme(axis.text.x = element_text(size = 10))+ theme(axis.text.y = element_text(size = 12)) p2 最终有一个问题没有解决,那就是legend,不能像文章中那样,点和柱状图分开,目前只能手动修饰,不知道有么有好的办法,欢迎提供建议!!! 最后,我想升华下本章的内容,第一是R画图点的形状复习,这是最基本的,但是小编在操作中有些忘记了,所以翻了书本,先将其截图记忆一下! 第二,我发现2020年的cell文章主图中也有这种图,可见这种题的常用性。可以模拟这篇文章的数据将这个内容学习一遍,深入理解! |
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