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一、已公布的细菌基因组数量 超24万! 截止至2019-6，已公布的细菌基因组为248,592株，覆盖了9321个细菌种和2431个属。 二、测序热门种属 排行前十的测序热门菌属为 沙门氏菌属(46046)、弯曲杆菌属(30261)、链球菌属(27619)、李斯特菌属(22155)、埃希菌属(19111)、葡萄球菌属(11983)、克雷伯氏菌属(7743)、分枝杆菌属(6896)、假单胞菌属(6896)、不动杆菌属(4657)。Top10菌属占总基因组数量的73.7%! 排行前10的热门菌种为 Salmonella enterica (46026)、Listeria monocytogenes(22050)、Streptococcus pneumoniae(21403)、Campylobacter jejuni(19942)、Escherichia coli(19004)、Staphylococcus aureus(9917)、Campylobacter coli(9386)、Klebsiella pneumoniae(6895)、Mycobacterium tuberculosis(6579)、Pseudomonas aeruginosa(4811)。Top10菌种占总基因组数量的66.8%。 三、全基因组(测序完成图)测序现状 截止至2019-6，细菌全基因组数目为11272，仅占总基因组数目的4.5%。 现测序的9321个种中仅有2608个细菌种(28.0%)拥有测序完成图。 现测序的2431个属中仅有907个细菌属(37.3%)拥有测序完成图。 四、测序数据加速增长 2015年后至今，年基因组数增长量超2万，2018年度开始爆炸式增长，仅2019年度上半年测序菌株数超11万，近乎2010~2018年度总和。预计2019年度下半年度会持续增长。 五、测序菌种选择冷热两极 现测序的9321个菌种中有5415个种(58.1%)有且仅有一株基因组序列，可供参考性差，亟待进一步补充。 小结 1、细菌基因组数目迅速增长。24万及更多的基因组即将到来。 2、热门菌种占总数~70%，单纯的重复测序意义不大。 3、细菌完成图和非热门菌种测序数据亟待补充。 以上统计数据来源： |
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