【原】TCGA数据库中癌症名称缩写

    TCGA（The Cancer Genome Atlas, 癌症基因组图谱，https://portal.gdc./）是美国国家癌症研究所(National Cancer Institute)和美国人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)共同监督的一个项目，旨在应用高通量的基因组分析技术，以帮助人们对癌症有个更好的认知，从而提高对于癌症的预防、诊断和治疗能力。

    截止2020年1月13日，TCGA里面一共收录了63个癌症相关项目，那么有人不禁要问了，如何获取这63个癌症项目的具体项目编号和名称。今天我们就来聊一聊。

    上图就是从TCGA官网截取的，显示目前一共有63个项目。可以点击箭头所指的Projects，获取具体63个癌症项目的名称，如下图所示。

除了从官网直接下载以外，我们也可以用R代码来获取。用到的还是我们前面用来获取临床信息的那个R包，TCGAbiolinks。TCGAbiolinks获取癌症临床信息

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)){ install.packages("BiocManager")}BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)projects=getGDCprojects()write.csv(file="projects.csv",cbind(projects[8:9]),row.names=F)

通过这段代码，我们可以将获取到63个项目的信息，保存到本地的projects.csv这个文件中，然后用Excel打开查看。具体信息如下：

id	name	翻译
TCGA-SARC	Sarcoma	肉瘤
TARGET-CCSK	Clear Cell Sarcoma of  the Kidney	肾脏的透明细胞肉瘤
TARGET-NBL	Neuroblastoma	神经母细胞瘤
TARGET-AML	Acute Myeloid  Leukemia	急性髓性白血病
TCGA-MESO	Mesothelioma	间皮瘤
TCGA-ACC	Adrenocortical  Carcinoma	肾上腺皮质癌
TCGA-READ	Rectum Adenocarcinoma	直肠腺癌
TCGA-LGG	Brain Lower Grade  Glioma	脑低级脑胶质瘤
BEATAML1.0-CRENOLANIB	Clinical Resistance  to Crenolanib in Acute Myeloid Leukemia Due to Diverse Molecular Mechanisms	不同分子机制对急性髓细胞性白血病克诺拉尼的临床耐药性
TCGA-THCA	Thyroid Carcinoma	甲状腺癌
VAREPOP-APOLLO	VA Research Precision  Oncology Program	VA研究精密肿瘤学计划
HCMI-CMDC	NCI Cancer Model  Development for the Human Cancer Model Initiative	针对人类癌症模型计划的NCI癌症模型开发
TCGA-CHOL	Cholangiocarcinoma	胆管癌
TCGA-KIRC	Kidney Renal Clear  Cell Carcinoma	肾肾透明细胞癌
ORGANOID-PANCREATIC	Pancreas Cancer  Organoid Profiling	胰腺癌类器官分析
TCGA-BRCA	Breast Invasive  Carcinoma	乳腺浸润癌
TCGA-OV	Ovarian Serous  Cystadenocarcinoma	卵巢浆液性膀胱腺癌
TCGA-GBM	Glioblastoma  Multiforme	胶质母细胞瘤
TCGA-SKCM	Skin Cutaneous  Melanoma	皮肤皮肤黑色素瘤
GENIE-VICC	AACR Project GENIE -  Contributed by Vanderbilt-Ingram Cancer Center	AACR  GENIE项目-由范德比尔特-英格拉姆癌症中心提供
TCGA-DLBC	Lymphoid Neoplasm  Diffuse Large B-cell Lymphoma	淋巴样肿瘤弥漫性大B细胞淋巴瘤
CGCI-BLGSP	Burkitt Lymphoma  Genome Sequencing Project	Burkitt淋巴瘤基因组测序项目
OHSU-CNL	Philadelphia-Negative  Neutrophilic Leukemias (CNL/aCML/MDS/MPNu)	费城阴性嗜中性粒细胞白血病（CNL /  aCML / MDS / MPNu）
CPTAC-3
BEATAML1.0-COHORT	Functional Genomic  Landscape of Acute Myeloid Leukemia	急性髓性白血病的功能基因组景观
TCGA-KICH	Kidney Chromophobe	肾染色体
TCGA-UVM	Uveal Melanoma	葡萄膜黑色素瘤
TCGA-THYM	Thymoma	胸腺瘤
TCGA-TGCT	Testicular Germ Cell  Tumors	睾丸生殖细胞肿瘤
TCGA-LUSC	Lung Squamous Cell  Carcinoma	肺鳞状细胞癌
TCGA-PRAD	Prostate  Adenocarcinoma	前列腺腺癌
FM-AD	Foundation Medicine  Adult Cancer Clinical Dataset (FM-AD)	基础医学成人癌症临床数据集（FM-AD）
TCGA-UCEC	Uterine Corpus  Endometrial Carcinoma	子宫体子宫内膜癌
TCGA-LAML	Acute Myeloid  Leukemia	急性髓性白血病
TARGET-ALL-P2	Acute Lymphoblastic  Leukemia - Phase II	急性淋巴细胞白血病-第二阶段
TCGA-STAD	Stomach  Adenocarcinoma	胃腺癌
TARGET-ALL-P3	Acute Lymphoblastic  Leukemia - Phase III	急性淋巴细胞白血病-第三阶段
GENIE-DFCI	AACR Project GENIE -  Contributed by Dana-Farber Cancer Institute	AACR项目GENIE-由Dana-Farber癌症研究所贡献
GENIE-NKI	AACR Project GENIE -  Contributed by Netherlands Cancer Institute	AACR  GENIE项目-由荷兰癌症研究所贡献
GENIE-MDA	AACR Project GENIE -  Contributed by MD Anderson Cancer Center	AACR  GENIE项目-由MD安德森癌症中心提供
GENIE-JHU	AACR Project GENIE -  Contributed by Johns Hopkins Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center	AACR项目GENIE-由Johns  Hopkins Sidney Kimmel综合癌症中心提供
GENIE-MSK	AACR Project GENIE -  Contributed by Memorial Sloan Kettering Cancer Center	AACR  GENIE项目-由纪念斯隆·凯特琳癌症中心提供
TCGA-ESCA	Esophageal Carcinoma	食道癌
TCGA-HNSC	Head and Neck  Squamous Cell Carcinoma	头颈部鳞状细胞癌
TARGET-OS	Osteosarcoma	骨肉瘤
TARGET-RT	Rhabdoid Tumor	横纹肌瘤
TCGA-LIHC	Liver Hepatocellular  Carcinoma	肝肝细胞癌
CTSP-DLBCL1	CTSP Diffuse Large  B-Cell Lymphoma (DLBCL) CALGB 50303	CTSP弥漫性大型B细胞淋巴瘤（DLBCL）CALGB  50303
TCGA-COAD	Colon Adenocarcinoma	结肠腺癌
TCGA-LUAD	Lung Adenocarcinoma	肺腺癌
TCGA-CESC	Cervical Squamous  Cell Carcinoma and Endocervical Adenocarcinoma	宫颈鳞状细胞癌和宫颈内腺癌
TARGET-WT	High-Risk Wilms Tumor	高危威尔姆斯肿瘤
NCICCR-DLBCL	Genomic Variation in  Diffuse Large B Cell Lymphomas	弥漫性大B细胞淋巴瘤的基因组变异
TCGA-PAAD	Pancreatic  Adenocarcinoma	胰腺腺癌
MMRF-COMMPASS	Multiple Myeloma  CoMMpass Study	多发性骨髓瘤CoMMpass研究
TARGET-ALL-P1	Acute Lymphoblastic  Leukemia - Phase I	急性淋巴细胞白血病-I期
CPTAC-2
TCGA-UCS	Uterine  Carcinosarcoma	子宫癌肉瘤
TCGA-KIRP	Kidney Renal  Papillary Cell Carcinoma	肾肾乳头状细胞癌
TCGA-PCPG	Pheochromocytoma and  Paraganglioma	嗜铬细胞瘤和副神经节瘤
TCGA-BLCA	Bladder Urothelial  Carcinoma	膀胱尿路上皮癌
GENIE-UHN	AACR Project GENIE -  Contributed by Princess Margaret Cancer Centre	AACR  GENIE项目-由玛格丽特公主癌症中心提供
GENIE-GRCC	AACR Project GENIE -  Contributed by Institut Gustave Roussy‍	AACR  GENIE项目-由Institut Gustave Roussy贡献