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大家好，今天要和大家分享的是2021年2月份发表的一篇文章：“EPHA7 mutation as a predictive biomarker for immune checkpoint inhibitors in multiple cancers”； 发表杂志：BMC Medicine , 影响因子：8.775 中科院分区：1区 单基因泛癌分析文章列表 被致谢！2021年7分+单基因泛癌纯生信，投稿到接受30天！ 单基因干湿结合发7.5分SCI，2个月接收，有实验条件的可轻易模仿 6.2分 生信+实验 经典套路，永不过时（一篇单基因泛癌的文章可以拆分成多个肿瘤单独发） 6.2分SCI，从投稿到接收仅38天！刚见刊的单基因泛癌纯生信 请扫描下方二维码 研究背景：免疫治疗一个关键是筛选可以从免疫检查点抑制剂（ICI）中受益的癌症患者，探索ICI治疗敏感性生物标志物有助于临床决策。Eph受体已被证明在肿瘤免疫中起着至关重要的作用，然而，尚缺乏EPH基因突变与ICI治疗反应之间的研究。 作者将已发表的包含临床数据和全外显子测序数据的免疫检查点抑制剂治疗的研究数据整合，作为发现队列，初步分析EPH基因突变与免疫检查点抑制剂（ICI）疗效之间的关系，发现对ICI治疗有反应的患者富含EPHA7突变体。作者随后选取来自纪念斯隆·凯特琳癌症中心（MSKCC）的接受ICI治疗的独立队列作为验证队列，来验证这一发现，并得到一致结论。最后，作者还通过TCGA数据分析，发现EPHA7-MUT在肿瘤的生物学功能上发生了一些有意义的变化，包括细胞间通讯，血管生成和代谢等。 分析流程： 结果部分： 1.在探索队列中分析EPH7A突变与临床结局之间的关系； 作者研究了14个与Eph受体相关的基因，EPHA7-MUT是唯一一个在ORR和DCB患者中均显著聚集的基因，这表明EPHA7-MUT可能是预测ICI治疗疗效的潜在靶标。 探索队列中EPHA7突变患者未能有显著的生存获益。为了进一步研究ICI治疗的EPHA7突变患者的生存获益，作者选取更大样本量（n = 1144）的独立研究作为验证队列，进行了生存分析。 2.验证队列验证EPHA7-MUT的预测价值； 在验证队列中，接受ICI治疗的EPHA7-MUT患者的OS明显长于EPHA7-WT患者（图A）。在未经ICI治疗的队列中，EPHA7-MUT和EPHA7-WT患者之间无明显生存差异（图B,C）。 3.对验证队列进行亚组分析； 在亚组分析中，EPHA7-MUT的生存优势是突出且一致的。作者发现验证队列中，EPHA7-MUT患者表现出较高的TMB，于是作者根据EPHA7状态和TMB水平，将患者分为四组：EPHA7MUTTMBhigh, EPHA7MUTTMBlow, EPHA7WTTMBhigh和 EPHA7WTTMBlow，其中EPHA7MUTTMBhigh获得了最长的OS。同样的分析也适用于CAN，且即使在高CNA患者中，EPHA7-MUT仍然可以预测更好的生存率。 4.通过TCGA数据进行EPHA7突变状态与临床特征关系的分析； 5.利用TCGA数据对EPHA7状态进行免疫相关分析； 在EPHA7-MUT肿瘤中，细胞毒性淋巴细胞和细胞毒性T细胞浸润更为丰富；且与免疫细胞杀伤功能活性相关基因（GZMA，PRF1），趋化因子相关基因（CCL5，CXCL9）和检查点相关基因（PDCD1，LAG3，IDO1，CTLA-4，TIGHT）的表达也显著上调。这表明EPHA7-MUT可能增加肿瘤的免疫原性。 6.利用TCGA数据进行富集分析； 富集分析的结果表明，EPHA7-MUT和EPHA7-WT肿瘤在代谢，细胞通讯，免疫应答和血管生成等通路存在显著差异。 最后，作者给出模式图，阐明EPHA7-MUT和EPHA7-WT肿瘤之间可能的肿瘤免疫微环境。 文章到这里就结束了，这是第一项在多种癌症类型中，探讨EPH基因突变状态与ICI治疗疗效的研究。该研究中，作者系统地收集和合并了临床和基因组数据，以评估ICI治疗的癌症患者中EPH基因状态与临床反应之间的关系，发现EPHA7-MUT与接受ICI治疗患者更好的临床结局和抗肿瘤免疫显著相关。且EPHA7-MUT的预测价值独立于TMB和CNA。这种回顾性分析虽然存在一些局限性，但EPHA7-MUT值得在未来的前瞻性试验中验证其预测价值，并在进一步的分子研究中探索其分子机制。 基因集泛癌分析文章列表 11.6分，最热复合物泛癌纯生信分析！想发高分纯生信不容错过 11分+SCI 基因集泛癌纯生信分析，两个多月接受，可重复！ 单基因泛癌分析文章列表 被致谢！2021年7分+单基因泛癌纯生信，投稿到接受30天！ 单基因干湿结合发7.5分SCI，2个月接收，有实验条件的可轻易模仿 6.2分 生信+实验 经典套路，永不过时（一篇单基因泛癌的文章可以拆分成多个肿瘤单独发） 6.2分SCI，从投稿到接收仅38天！刚见刊的单基因泛癌纯生信 非肿瘤生信文章列表 非肿瘤生信+简单pcr验证 快速发3分+SCI 自噬，铁死亡，焦亡等都可以 最新7.5分非肿瘤纯生信，分析一点不难，这种思路你想到没有？ 肿瘤分型文章列表 |
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