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明政府建立之初，官僚机构基本上沿袭元代旧制，由中书省首长中书令，担任宰相，做为皇帝的助理。中书省内设立六部，负责全国行政。
一三八○年，胡惟庸案后，明太祖以此事为契机，下令撤销中书省编制和丞相职位，不再设“代天子理万机”的丞相。提升六部为一级中枢机构，六部直接向皇帝负责，皇帝不再设立助手，而直接向各部发号施令。
朱元璋下令从此之后不得再设置丞相这个职位，以后有敢于建议复设丞相者，全家处死。自秦汉以来，一千六百多年间，丞相一直是与君主相互依存又相互制约的力量。中国有史以来在政治上占重要位置的宰相制度，从此消失。
洪武十五年(公元一三八二年)，朱元璋另外成立一个秘书机构，称为“内阁”，所委派的秘书，即是“大学士”。大学士冠有某殿某阁字样，以资分别（殿阁都是宫廷中的建筑物）。大学士的职位很低，只正五品，比各部尚书（正二品）要低三级，等于各部最低的助理科员。
大学士原本属于文学侍从之臣。由于殿试时文理出众，名列前茅，进入翰林院，得到博览群书的深造机会。翰林几经升转，其中最突出的人物就可以被任命为大学士，供职于文渊阁，其职责是替皇帝在每一个奏章或案件上，签注意见，写出对该事的分析和应如何反应的建议，甚至皇帝颁发命令的草稿，都一并拟好呈上。——当时术语称为“票拟”和“条旨”。皇帝即根据这些签注，加以批示。于是，不久之后，大权遂渐渐滑入大学士之手。大学士成为没有宰相名义的宰相，内阁也成为没有中书省名义的中书省。
内阁大学士有数人之多，并不是每一位大学士都可签注意见，必须资格最高，深得皇帝信任的人，此人即世人所称的“首辅”。但大学士毕竟不同于正式宰相，正式宰相可以单独推行政令，大学士便无此权。他只能依靠“票拟”签注意见，以此行使权力，只有黑市地位，没有法定地位。
明朝的内阁大学士与前朝宰相的最大区别，就在于没有选才授官的权力。吏部掌理官员选拔考核，直接向皇帝负责，权位特重，居六部之首。万历以前，阁臣兼领吏部，只是偶然出现的特例。万历皇帝幼年即位，张居正独揽朝政，吏部才受命于内阁首辅。张居正死后，万历亲政，有意削弱内阁权力，但当时的吏部尚书杨巍遇事仍向内阁大学士请示。
万历十八年（一五九○年）户部尚书宋壎改任吏部，力求摆脱内阁的控制，恢复吏部的权位，遇事则从不请示内阁。次年，宋壎卒于官。继任吏部尚书陆光祖继承其志，对首辅申时行不予理会。按之前旧例，吏部尚书与大学士在途中相遇，不会避让。之后大学生权重，吏部尚书须引避。陆光祖据理力争，于是又恢复旧例，提高了吏部的地位。
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