![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2022/03/0121/240412117_1_20220301090940413.gif)
相信很多小伙伴在看miRNA相关的paper中都看到过如下图所示的miRNA成熟体序列和靶基因的序列比对结果。
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2022/03/0121/240412117_2_20220301090940632_wm.jpeg)
那么这样的比对结果是怎么来的呢?我们知道很多miRNA-target之间的结合都是根据序列互补配对预测出来的,因此每一个结合位点都应该能得到一个类似于上图的比对结果。
前面小编也给大家介绍过miRNA与靶基因结合的几种方式,具体可以参考前面的文章
☞miRNA 靶向预测软件targetscan ☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇 ![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2022/03/0121/240412117_3_20220301090940945_wm.png)
其实这张示意图,就是miRNA-target序列比对结果示意图了。接下来小编给大家演示一下,怎么从公共数据库中获取这些序列比对的信息。
1.miRNA-mRNA 我们使用Targetscan这个数据库来获取miRNA-mRNA之间的序列比对图。 1.1 打开Targetscan数据库网站http://www./vert_72/输入要查找的miRNA或者基因名字。关于这个数据库的详细视频介绍可以参考
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2022/03/0121/240412117_4_20220301090941257_wm.png) 1.2 找到感兴趣的基因,点击Sites in UTR![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2022/03/0121/240412117_5_20220301090941648_wm.png) 1.3 截图保存,miRNA-target序列比对信息![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2022/03/0121/240412117_6_2022030109094238_wm.png) 我们使用ENCORI这个数据库来获取miRNA-lncRNA之间的序列比对图。ENCORI这个数据库我们前面已经做过了很详细的介绍2.1 打开ENCORI数据库,选择miRNA-lncRNA
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2022/03/0121/240412117_7_20220301090942476_wm.png) 2.2 输入感兴趣的miRNA的名字,点击搜索。就可以得到miRNA-lncRNA之间的序列比对图了。![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2022/03/0121/240412117_8_20220301090942975_wm.png) 我们同样使用ENCORI这个数据库来获取miRNA-circRNA之间的序列比对图。3.1 打开ENCORI数据库,选择miRNA-circRNA
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2022/03/0121/240412117_9_20220301090943351_wm.png) 3.2 输入感兴趣的miRNA的名字,点击搜索。就可以得到miRNA-circRNA之间的序列比对图了![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2022/03/0121/240412117_10_20220301090943835_wm.png)
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